vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-18T10:15:25+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4810Passer le runner cypress via docker directement2024-01-18T10:15:25+01:00Thonier FlorianPasser le runner cypress via docker directementThe following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner D...The following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner Docker, au moins pour le côté client. Mais bon, cela pourrait être dans une prochaine MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4809Slider des bornes axe X2021-09-15T17:30:35+02:00Mathieu GiraudSlider des bornes axe X
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4808Focus ne doit pas sélectionner les clones non-visibles2021-09-15T19:34:58+02:00Mathieu GiraudFocus ne doit pas sélectionner les clones non-visiblesDiscuté ensemble à l'occasion de #4376.
En faisant cela, on va perdre la possibilité "focus puis plus de clones", mais sinon ce sera plus prévisible et on aura du zoom quand il le faut.Discuté ensemble à l'occasion de #4376.
En faisant cela, on va perdre la possibilité "focus puis plus de clones", mais sinon ce sera plus prévisible et on aura du zoom quand il le faut.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4806Les icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un cluster2021-07-01T12:17:40+02:00Thonier FlorianLes icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un clusterhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4805Le lien assign subset n'a pas d'event lié2022-05-12T09:58:29+02:00Thonier FlorianLe lien assign subset n'a pas d'event liéLe bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.Le bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4801Impossible d'ouvrir un clone en passant par l'ouverture custom détachée2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianImpossible d'ouvrir un clone en passant par l'ouverture custom détachéeLe problème vient de la variable `m.samples.sequence_file_id` qui n'est pas définie dans ce cas.Le problème vient de la variable `m.samples.sequence_file_id` qui n'est pas définie dans ce cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4799Grande zone blanche sur la page du serveur2021-05-18T14:21:45+02:00Mikaël SalsonGrande zone blanche sur la page du serveurCela me semble nouveau. Suite à la mise à jour ?
@flothoni @magiraud chez vous aussi ?
![Screenshot_20210518_114823](/uploads/6dc0645d3981af6e7bd49d0ed33e8a6d/Screenshot_20210518_114823.png)Cela me semble nouveau. Suite à la mise à jour ?
@flothoni @magiraud chez vous aussi ?
![Screenshot_20210518_114823](/uploads/6dc0645d3981af6e7bd49d0ed33e8a6d/Screenshot_20210518_114823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4793Erreur de vidjil/segmenter2021-06-15T10:09:47+02:00Mikaël SalsonErreur de vidjil/segmenterSignalé par un utilisateur. Après avoir perdu son adresse d'origine (vdj#1103), la segmenter page ne fonctionne plus du tout.
La requête à `vidjil/segmenter` renvoie comme réponse : `Error while processing the file`. Cela date probablem...Signalé par un utilisateur. Après avoir perdu son adresse d'origine (vdj#1103), la segmenter page ne fonctionne plus du tout.
La requête à `vidjil/segmenter` renvoie comme réponse : `Error while processing the file`. Cela date probablement du déploiement.
Notons que cela casse également les jobs CI puisque la segmenter page de app est utilisée pour les tests.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4792Qu'est-ce qu'un bon test fonctionnel browser/server ? Améliorer les tests uni...2021-10-08T11:41:39+02:00Mathieu GiraudQu'est-ce qu'un bon test fonctionnel browser/server ? Améliorer les tests unitaires ?Discuté avec @flothoni et @duez : que ce soit watir ou cypress, que doit être un bon test fonctionnel pour ne pas être juste du "clique-bouton" + "parse" ?
Marc: "les choses intelligentes devraient être surtout dans les tests unitaires,...Discuté avec @flothoni et @duez : que ce soit watir ou cypress, que doit être un bon test fonctionnel pour ne pas être juste du "clique-bouton" + "parse" ?
Marc: "les choses intelligentes devraient être surtout dans les tests unitaires, le test fonctionnel pourrait juste vérifier que les choses sont au bonne endroit. Vouloir avoir trop de scénarios complexe ne couvre pas de toute façon"
Mathieu: "Ok en général, mais par contre les scénarios type tutorial/doc sont intéressants à être testés"
Marc: "Oui, le scénarion utilisé 90% du temps doit être testé. Mais pas le scénario ultra-bizarre de composition de deux fonctionnalités, tester plutôt au plus près de la fonctionnalité en cause, et donc unitaire."
Florian: "Autre perspective: qu'a-t-on envie avoir comme test échoués ? Le but d'un test est qu'il échoue quand il le faut pour nous aider. Et dans le passé, a-t-on eu beaucoup de tests ainsi ?"
Marc: "On devrait faire plus de chose en tests unitaires (et pas de parse à faire). Typique fonction de reset, loading. Et d'ailleurs quand un test QUnit échoue, je sais que c'est problème majeur"
Florian: "Absolument !"
Discussion sur un cas particulier: bug sur clone de distribution #4789. Marc: "Un bon réflexe est de faire des tests... mais si on le fait fonctionnel, c'est trop loin, on s'intéresse à une interaction trop particulière sur des millions de combinaisons. Rajouter plutôt un test unitaire au bon endroit sur le comportement fautif." Point très intéressant à creuser.
Si vous voyez des liens/posts là-dessus, n'hésitez pas à les mettre.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4788L'affichage n'utilise pas toute la place disponible2022-03-21T11:14:16+01:00Anne de SeptenvilleL'affichage n'utilise pas toute la place disponibleMerci pour la mise à jour, je n'ai pas encore testé tout mais la refonte des accès en bas a l'air bien.
J'ai juste un problème avec l'affiche de la liste des patients qui n'utilise plus tout l'espace disponible dans la fenêtre du navi...Merci pour la mise à jour, je n'ai pas encore testé tout mais la refonte des accès en bas a l'air bien.
J'ai juste un problème avec l'affiche de la liste des patients qui n'utilise plus tout l'espace disponible dans la fenêtre du navigateur. Est-ce normal ? Est-ce voulu ? Cela n'est pas très agréable de devoir scroller alors qu'il reste de l'espace.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4787Faire les screenshots par cypress2022-04-25T17:37:54+02:00Mathieu GiraudFaire les screenshots par cypress
Suite à !962
Suite à !962Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4786Screenshot aligner2021-07-13T11:58:59+02:00Mathieu GiraudScreenshot alignerdepuis #4224 :
> trouvé avec Florian: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=5,25,104,112,124
@flothoni, merci pour tes screenshots dans !962. Pour l'aligner, est-ce que ce serait plutôt possible d'avoir une capture de cette u...depuis #4224 :
> trouvé avec Florian: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=5,25,104,112,124
@flothoni, merci pour tes screenshots dans !962. Pour l'aligner, est-ce que ce serait plutôt possible d'avoir une capture de cette url ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4784Le message d'alerte est en plein milieu2021-04-30T14:08:42+02:00Mathieu GiraudLe message d'alerte est en plein milieuJe ne sais pas si c'était voulu ou pas, mais, sur un *client* de rescue, le but est tout de même... de pouvoir s'en servir, ce qui est difficile en ce moment. Avoir la même div en haut serait déjà très visible mais permettrait de le fair...Je ne sais pas si c'était voulu ou pas, mais, sur un *client* de rescue, le but est tout de même... de pouvoir s'en servir, ce qui est difficile en ce moment. Avoir la même div en haut serait déjà très visible mais permettrait de le faire.
![Screenshot_2021-04-30_at_13.31.34](/uploads/2a18032e65d52090166da5e90a3b8b25/Screenshot_2021-04-30_at_13.31.34.png)
(Et si on veut complètement couper, on coupe #3482)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4783focus on selected clones modifie l'ordre des samples2021-07-27T09:02:57+02:00Mikaël Salsonfocus on selected clones modifie l'ordre des samplesSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothoniSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4781Intégrer des mécanismes venant des tests Cypress de 2020 ?2021-10-18T11:32:37+02:00Mathieu GiraudIntégrer des mécanismes venant des tests Cypress de 2020 ?
Comme on a décidé de partir avec Cypress pour au moins les screenshots se pose maintenant la question de quoi garder dans !671 (que @mikael-s devait connaître en partie) :
- Il y avait a priori 19 tests (qui [passaient](https://gitlab....
Comme on a décidé de partir avec Cypress pour au moins les screenshots se pose maintenant la question de quoi garder dans !671 (que @mikael-s devait connaître en partie) :
- Il y avait a priori 19 tests (qui [passaient](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/692358) jusqu'à ce que je rebase à l'instant), essaie-t-on de les prendre ?...
- ... mais surtout une infrastructure avec des `fixtures` et autres, est-ce toujours pertinent ? (@flothoni, il ne faudrait pas que tu sois embêté par la suite par des choses que tu ne sentirais pas)
- Cette MR contient un déploiement Docker avec `image: cypress/browsers:node12.13.0-chrome80-ff74`.
@flothoni, ne serait-ce pas ce que tu cherches (à terme, pas obligé que ce soit pour %"Web 2021.05") pour lancer cypress par ~"dev-ci" ? @mikael-s, étais-tu satisfait de ce lancement ~"dev-ci" dans !671 ?
- Si on garde tout ou partie, @mikael-s, faudrait-il garder l'historique de !671 ou pourrait-on tout squasher en 2-3 commits ?Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4780Rétablir CloneDB2022-06-15T11:17:07+02:00Mikaël SalsonRétablir CloneDBSuite à !836, le bouton pour lancer CloneDB n'apparaît plus dans l'aligneur alors qu'il était auparavant créé avec les autres dans le segmenteur. Il était néanmoins affiché que si config.clonedb vaut true ou en dev-mode.
Il faut remettr...Suite à !836, le bouton pour lancer CloneDB n'apparaît plus dans l'aligneur alors qu'il était auparavant créé avec les autres dans le segmenteur. Il était néanmoins affiché que si config.clonedb vaut true ou en dev-mode.
Il faut remettre CloneDB dans l'aligneur.Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4778User question2022-05-12T09:58:55+02:00Mathieu GiraudUser question... from 2017, not sure it's still applicable (https://github.com/vidjil/vidjil/issues/6)
Thanks for your time and help.
I have spent some time to try to follow your advice but I still have some questions.
I have tried to use tools...... from 2017, not sure it's still applicable (https://github.com/vidjil/vidjil/issues/6)
Thanks for your time and help.
I have spent some time to try to follow your advice but I still have some questions.
I have tried to use tools/fuse.py with the command,
python tools/fuse.py --output mrd.vidjil --top 100 out/BCR01-01.fq.vidjil out/BCR23-01.fq.vidjil
it gives me an error code :
File "", line 1
python tools/fuse.py --output mrd.vidjil --top 100 out/BCR01-01.fq.vidjil out/BCR23-01.fq.vidjil
^
SyntaxError: invalid syntax
BUT besides the error code, the more important concern to me is, fuse.py is a merge process of 2 vidjil files with top 100 clones, maybe we can make it to top 10,000 or even more(what if the target clone we are tracking is at very low concentration, maybe, let's say, number 10,000). After I got the mrd.vidjil file and I feed it to the web client, I still can only see the first 200, right? If the target clone is at number 30,000 in the after-treatment sample, I still can not see it in the web app. I didn't get the merged vidjil file due the above error, so I was just thinking in this way.
1. For a full repertoire analysis, you have introduced me an -A option and this will process all the clones. I guess I could use the command like,
```
./vidjil -A -r 1 -g germline/homo-sapiens.g:IGH,IGH+,IGK data1/BCR01-01.fq.gz
```
I still could not use this vidjil output with the web client, right? Because it only can analysis top 200. So I have to use vdjtools by converting the vidjil file into vdjtools format and analysis from there. Because VDJtools will only use top clonotypes which have V/D/J detalization in the output, some clones lacking of V/D/J detalization will be dropped. So if our target clone is in this range, we can not see it, right?
2. VDJtools supports parsing output Json files, what's Json file produced by vidjil, I only have .fa, .vidjil and a .windows.fa files.
I have tried
```
Convert \ -S Vidjil BCR01-01.fq.vidjil output
```
the error messeges are,
```
Executing com.antigenomics.vdjtools.misc.Convert -S Vidjil BCR01-01.fq.vidjil output
[Wed May 10 00:33:25 CDT 2017 Convert] Reading sample(s)
[Wed May 10 00:33:25 CDT 2017 Convert] 1 sample(s) loaded
[Wed May 10 00:33:25 CDT 2017 SampleStreamConnection] Loading sample BCR01-01.fq
[ERROR] java.lang.NullPointerException, see _vdjtools_error.log for details
```
Thank you so much!https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4775vidjil-algo: segfault sur germline inexistante dans un .g2021-04-28T14:40:56+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: segfault sur germline inexistante dans un .g```
./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g:FOO demo/Stanford_S22.fasta
``````
./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g:FOO demo/Stanford_S22.fasta
```Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4773Tester des versions récentes de clang2021-09-22T16:33:07+02:00Mathieu GiraudTester des versions récentes de clangOn a bien `clang` dans nos compilateurs, mais cela ne suffisait pas.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/241191 est passé alors que cela ne compile pas sur un OS X 10.14 (2018) dans !953.
`Apple LLVM version 10.0.1 (clang...On a bien `clang` dans nos compilateurs, mais cela ne suffisait pas.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/241191 est passé alors que cela ne compile pas sur un OS X 10.14 (2018) dans !953.
`Apple LLVM version 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)`, des versions de `clang` à mettre à jour ?Algo 2022.01Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4769Message plus explicite quand un pre-process est cours2021-09-21T18:42:14+02:00Mathieu GiraudMessage plus explicite quand un pre-process est cours
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le l...
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le lancement de Vidjil est mis en pause (indiqué comme STOPPED). Une fois les fichiers fusionnés, cela reprend son cours normal : QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED.
Affiche-t-on déjà clairement que le ~"server-fuse" est en cours ?
Renommer le `STOPPED` dans ces cas-là ?Web 2021.11