vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:28:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5094Report; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)2023-03-28T16:28:32+02:00Thonier FlorianReport; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4803Test segmenter page2023-03-28T16:25:28+02:00Mathieu GiraudTest segmenter pageSuite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou...Suite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou test unitaire avec mock ?Web 2023.10marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1614Faire une CSS de présentation / screenshot2023-03-28T16:21:06+02:00Vidjil TeamFaire une CSS de présentation / screenshotUtilisation : démo, mais aussi discussion patients autour d'une table. On se focalise sur le graphe, la grid, éventuellement sur les séquences.
- tous les textes plus gros (labels, séquences)
- masquer l'info / la liste des clones
...Utilisation : démo, mais aussi discussion patients autour d'une table. On se focalise sur le graphe, la grid, éventuellement sur les séquences.
- tous les textes plus gros (labels, séquences)
- masquer l'info / la liste des clones
(ou sinon, les compresser)
- masquer des boutons non essentiels
Comme ce sera dans le menu "palette", on pourra aisément basculer de la vue normale à cette vue.
***
@nobodyWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3332Client : aligner avec EndWithSomeDeletions pour l'alignement contre les germl...2023-03-28T16:19:43+02:00Mathieu GiraudClient : aligner avec EndWithSomeDeletions pour l'alignement contre les germlinesQuand le V se termine par 7 délétions, actuellement ces 7 nucléotides sont répartis de manière non optimale.
- Avoir un alignement comme il faut
- Améliorer l'affichage (grisés, barrés ?) #2599
(@mikael\-s: une telle issue existait p...Quand le V se termine par 7 délétions, actuellement ces 7 nucléotides sont répartis de manière non optimale.
- Avoir un alignement comme il faut
- Améliorer l'affichage (grisés, barrés ?) #2599
(@mikael\-s: une telle issue existait peut-être déjà)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4768beta: avoir dev déployé quelque part par ci2023-03-28T16:17:44+02:00Mathieu Giraudbeta: avoir dev déployé quelque part par ci(je pensais qu'il y avait déjà une issue, pas trouvé)
On a pour l'instant un serveur de dev où on change manuellement les branches et où on fait des essais. C'est utile mais pas très systématique.
Avoir donc toujours un serveur déployé...(je pensais qu'il y avait déjà une issue, pas trouvé)
On a pour l'instant un serveur de dev où on change manuellement les branches et où on fait des essais. C'est utile mais pas très systématique.
Avoir donc toujours un serveur déployé quelque part qui soit notre version de référence pour le dev. Cela servirait pour
- discuter de dev entre nous, notamment en audio
- pouvoir pointer dans des issues ou autre vers des URLs sur ce serveur
- montrer à des usagers les features arrivant
Vu tous les environnements de review qu'on déploie par ~"dev-ci"... on n'en est pas à un près :)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4868axis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labels2023-03-28T16:17:31+02:00Mikaël Salsonaxis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labelsDans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Qu...Dans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Quand on modifie un label, on ne s'attend pas à ce qu'il y ait des effets de bord
2. Il faut chercher tous les endroits où il est utilisé pour les modifier également (ex. 51c11e5f) (et puis avant cela il faut comprendre l'origine du problème… c'est du vécu)
3. Comme ces labels sont aussi des identifiants, ces labels sont aussi utilisés dans les URL. Toute modification d'un label rend donc obsolète les URL précédentes…
4. Comme les identifiants sont des chaînes de caractères, il y a toujours le risque de faire une typo à un endroit et donc d'indiquer un identifiant qui n'existe pas.
Je pense que la solution la plus propre serait que le nom des axes soient définis avec les autres propriétés des axes.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4975Récupérer les subsets ?2023-03-28T16:17:20+02:00Mathieu GiraudRécupérer les subsets ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4996Rapport : Ne pas enregistrer la sélection de clone dans le preset2023-03-28T16:15:40+02:00Mathieu GiraudRapport : Ne pas enregistrer la sélection de clone dans le presetDiscussion avec @mikael-s et @flothoni :
- sauvegarder aussi les clones sélectionnés permet d'avoir quelque chose d'absolument reproductible
mais
- quand on change de preset, on n'a plus les mêmes clones
Bref, pour l'instant on préfè...Discussion avec @mikael-s et @flothoni :
- sauvegarder aussi les clones sélectionnés permet d'avoir quelque chose d'absolument reproductible
mais
- quand on change de preset, on n'a plus les mêmes clones
Bref, pour l'instant on préfère ne pas sauvegarder cette sélection, on verra dans une itération suivanteWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5096Report; shortcut to hide all other sample2023-03-28T16:15:28+02:00Thonier FlorianReport; shortcut to hide all other sampleAs for locus, a shortcut shift+click to hide all other samples present in the report.
Also, if we choose to directly hide sample from graph-list, update export menu too.As for locus, a shortcut shift+click to hide all other samples present in the report.
Also, if we choose to directly hide sample from graph-list, update export menu too.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5097Report; include image in comment section or in other place2023-03-28T16:14:57+02:00Thonier FlorianReport; include image in comment section or in other placeA feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender ...A feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender that inside report... But it is another point.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5123Warning view; Ugly display on chrome2023-03-28T16:14:38+02:00THONIER FlorianWarning view; Ugly display on chromeWhile I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)While I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
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mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2891Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv2023-03-28T16:10:53+02:00Mathieu GiraudUpload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csvTâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, c...Tâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, cela simplifierait beaucoup certains usages... mais ce n'est pas si évident à faire :
- le "sampling date" peut ne pas être le même (mais on pourrait faire une passe manuelle ensuite)
- et surtout, si on décompresse, il faut le faire dans environnement sécurisé pour que cela ne mette pas le bazar dans nos fichiers
- et éduquer les utilisateurs pour que le .zip soit uniquement des fichier fasta (pas un fichier .txt ou je ne sais quoi en plus)...
En mode production MRD, ce n'est pas forcément nécessaire (un point à la fois).
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Mentionné par nos amis du NHS.
Pour eux, ce serait même *différents patients* ? Au passage, c'est vrai que c'est plus réaliste. En production, on a le(s) run(s) de la semaine, avec du diag, et des MRDs de patients existants
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Vraiment pas facile...
Début de réflexion : on uploade une archive, cela ajoute les fichiers, on arrive sur un tableau avec la liste des fichiers et des controles pour ajouter au patient qu'on veut ?
On suppose par contre que producer / sequencer sont le même pour tous...
Mais primers, non.
Pb: tant que le .zip n'est pas arrivé, on ne peut pas afficher le tableau.
Bof / bof...
Il faudrait expliciter le scénario avec nos users pour voir ce qu'ils veulent vraiment.
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Est-ce vraiment un problème de ne pas voir le tableau ? De toute façon on voit l'upload en cours dans le widget.
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Remis au goût du jour pour Lyon ?
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Après le R1+R2, il faudra voir si on remet cela au goût du jour.
Heinrik a exactement le problème d'uploader régulièrement >20 fichiers, il faudrait un moyen de le faire plus rapidement.
À voir comment cela pourrait marcher avec le R1+R2.
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Discuté lors de la Rando 2016.
Pas prioritaire. L'idée pour les prochains mois est déjà d'utiliser les "runs", de voir si nos utilisateurs aiment cela.
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Ping.
Henrik est revenu à la charge. La solution la plus simple est un upload de plusieurs fichiers pour *un même* patient. À mon avis on peut bidouiller un truc côté Javascript, à voir si c'est souhaitable (récupère tous les fichiers et les envoie 1 par 1 ou 2 par 2 au contrôleur).
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@nobody
cc @RyanHerbWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4482Avoir un process de déploiement / création d'images Docker2023-03-28T16:10:24+02:00Mathieu GiraudAvoir un process de déploiement / création d'images Docker
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5082Un preset pour mieux voir la contamination ?2023-03-28T16:09:52+02:00Mathieu GiraudUn preset pour mieux voir la contamination ?
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2015Compresser les fichiers .vidjil et .fused2023-03-28T16:09:20+02:00Vidjil TeamCompresser les fichiers .vidjil et .fusedLes fichiers prennent de la place sur disque mais se compressent très bien. Un gros fichier fused de 150Mo (Kiel inside) se compresse à environ 5 Mo avec gzip.
Cela nous permettrait d'économiser pas mal d'espace disque. Sur le réseau on ...Les fichiers prennent de la place sur disque mais se compressent très bien. Un gros fichier fused de 150Mo (Kiel inside) se compresse à environ 5 Mo avec gzip.
Cela nous permettrait d'économiser pas mal d'espace disque. Sur le réseau on ne devrait rien gagner puisque normalement les connexions sont déjà gzippées.
Je me souviens que ça avait été discuté à une époque avec Marc qui avait dit que ce n'était pas un problème. À voir comment. Peut-on décompresser côté client ? Faut-il décompresser côté serveur ? Peut-on avoir en parallèle des fichiers gzippés et d'autres non ?
***
Une autre manière de le voir : les sauvegardes de /mnt/result/results prennent à l'heure actuelle 14G alors que les données sur disque utilisent plus de 100G.
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Très bonne idée, idéalement il faudrait que le client puisse de manière transparente prendre un .vidjil ou un .vidjil.gz.
(Mais ce n'est pas si urgent, on arrive à libérer de la place, /results est petit comparé à d'autres choses.)
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@RyanHerb @DuezWeb 2023.10