vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-27T14:29:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3064Stats : controlleur 'stats' vs controlleur 'compare patients' vs controlleur ...2018-02-27T14:29:40+01:00Mathieu GiraudStats : controlleur 'stats' vs controlleur 'compare patients' vs controlleur 'set'A-t-on besoin de trois controlleurs différents ?
cc @RyanHerbA-t-on besoin de trois controlleurs différents ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3075Contrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.py2018-03-07T15:22:55+01:00Mikaël SalsonContrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.pyJe suis tombé par hasard sur le contrôleur `results_file/index`. On y a accès via le lien `.vidjil file list` dans l'interface d'administration mais évitez de cliquer cela prend du CPU et cela fait une [erreur serveur](https://db.vidjil....Je suis tombé par hasard sur le contrôleur `results_file/index`. On y a accès via le lien `.vidjil file list` dans l'interface d'administration mais évitez de cliquer cela prend du CPU et cela fait une [erreur serveur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.18-08-25.6f217564-6a46-4f7a-aa98-95dd871b4ad1).
```
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'status'
```
Dans le fichier `results_file.py` j'ai également vu un contrôleur `run_all_patients`. Je ne sais pas s'il fonctionne encore mais je frémis à l'idée qu'il puisse être lancé !
Soit ces contrôleurs sont utiles et on doit les mettre à jour et les tester. Soit ils ne le sont pas et autant supprimer ce code.
@RyanHerb, @magiraud vos avis ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2990Quand on se déconnecte, long message arrivant dans la console2018-03-08T14:54:35+01:00Mathieu GiraudQuand on se déconnecte, long message arrivant dans la consoleVu par @Aurelie, je l'ai aussi vu. Un grand message d'erreur arrive (et ce n'est pas sûr qu'on se déconnecte bien quand même).
Lien avec #2571 ?
cc @RyanHerbVu par @Aurelie, je l'ai aussi vu. Un grand message d'erreur arrive (et ce n'est pas sûr qu'on se déconnecte bien quand même).
Lien avec #2571 ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2980Couleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleurs2018-03-13T15:55:37+01:00Mathieu GiraudCouleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleursSuite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727...Suite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727).
Faire déjà une proposition graphique.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3081Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion2018-03-15T13:34:45+01:00Thonier FlorianComment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunionUn trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau group...Un trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau groupe partagé (fait) et il faut ensuite permettre le changement de propriété de toutes les données déjà présentes (cf vidjil/vdj#402). Cependant on n'a pas de méthode pour changer en lot l'appartenance de données. Comment faire ça ?
Solution proposée:
On passe par un contrôleur ? Telle que je le vois, il faudrait avoir la liste de tous les données, pouvoir les sélectionner au cas par cas ou en select all comme pour le contrôleur stat (cf #3041).
Ensuite avoir la liste des groupes accessibles, limitée aux seuls groupes de l'utilisateur (pour limiter les erreurs), et ensuite un bouton validation ( et pourquoi pas un popup de rappel de la manip pour les admins extérieurs).
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
A terme, ce contrôleur pourrait être aussi accessible par les utilisateurs eux même ? Nécessiterait peut-être un nouveau niveau de droits pour faire de retropartage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3090Refaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin2018-03-20T14:27:33+01:00Mathieu GiraudRefaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2782Compare patients et URL API2018-03-21T18:50:45+01:00Mathieu GiraudCompare patients et URL APIWeb 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3095Le compare samples ne fonctionne pas sur dev2018-03-21T18:59:24+01:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur devCliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server...Cliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 792, in <module>
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/globals.py", line 419, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 624, in custom
row.string = [row.names, row.sequence_file.filename, str(row.sequence_file.sampling_date), str(row.sequence_file.pcr), str(row.config.name), str(row.results_file.run_date), info]
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 111, in __getattr__
raise AttributeError
AttributeError
```
À quoi est-elle due ? Est-ce grave ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2941Affichage du nombre de patients/runs/sets2018-03-22T14:50:48+01:00Mathieu GiraudAffichage du nombre de patients/runs/setsDepuis la pagination, l'info sur le nombre de patients est généralement fausse (ou elle montre ce qui est sur la page).
@mikael-s : "C'est tout de même parfois pertinent, en résultat de recherche"
Corriger si possible (pas sûr, ~"serve...Depuis la pagination, l'info sur le nombre de patients est généralement fausse (ou elle montre ce qui est sur la page).
@mikael-s : "C'est tout de même parfois pertinent, en résultat de recherche"
Corriger si possible (pas sûr, ~"server-speed") ou sinon l'enlever pour la vue par défaut.
@mikael-s : "On a bien une bonne info quelque part, voir la page des users."
Voir aussi #1682.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3108should: bikeshedding2018-03-27T17:51:46+02:00Mathieu Giraudshould: bikeshedding`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3110ajouter des exceptions aux timeout2018-03-28T14:56:46+02:00Thonier Florianajouter des exceptions aux timeoutDepuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker sp...Depuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker spécifique pour lequel le timeout serait bien plus élevé, ou bien d'assigner dynamiquement un timeout plus long quand on peux prévoir qu'un tel job est en cours ?
Tel que je le vois, il faudrait être capable de détecter avant son lancement si un job risque le timeout :
* Poids des fichiers en entrée (automatique pour tous) ?
* Déclaration de l'utilisateur dans une liste blanche ?
* une case à cocher par l'utilisateur pour signifier qu'un fichier risque d'être lourd (j'y crois pas trop). Cependant, on pourrait alors avoir une liste des jobs pour lesquels nous validons les lancements avec exceptions.
Ensuite, il ne faut pas non plus bloquer le serveur :
* n'autoriser qu'un seul jobs sans timeout, 2 max ?
Que faire d'un job long qui finalement dépasserait le timeout sans être prévu:
* si le seul en cours, le laisser et le passer en exception à la volée (laisserai 2 ou 3 workers pour les jobs plus rapide) ?
* si déjà d'autres jobs en exception il faudrait le tuer et le relancer automatiquement dès qu'un place en exception de timeout se libère ?
Voilà, beaucoup de questions. Je ne sais pas si c'est aisé ou non, et ça demande peut-être beaucoup mise au point.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2762Sauvegarder la db à la fois en .csv et en .sql2018-03-29T17:47:38+02:00Mathieu GiraudSauvegarder la db à la fois en .csv et en .sqlcc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3114Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire2018-04-03T17:03:11+02:00Mathieu GiraudFiltrage de BioReader sans re-réserver de la mémoireÉchange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va re...Échange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va recréer un autre `BioReader` en O(répertoire filtré) avec *réservation mémoire* et écritures, c’est un peu bourrin… on pourrait certes dire que c’est peu comparé au O(répertoire filtré x taille read) de `align_against_collection` (qui réserve aussi de la mémoire au passage).
>- y aurait-il sinon une manière de le faire avec une méthode d’un `BioReader` qui, à partir d’une liste d’identifiant, itère et renvoie les séquences ? Même si c’est en O(répertoire initial) au début, il pourrait y avoir ensuite des changements dans `BioReader` qui fait cela en O(répertoire filtré)
@mikael-s :
> Oui ça serait possible mais pas sûr que cela change grand chose : l'utilisation mémoire restera négligeable par rapport à celle de la programmation dynamique.
Bref on fait #3080 comme prévu, pas de soucis pour cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3109should: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`2018-04-04T08:19:44+02:00Mathieu Giraudshould: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:`...À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:` ? Ne pourrait-on pas avoir une syntaxe avec rien ? Pas sûr du tout : on ne saurait plus distinguer les lignes avec un test ou sans test. Peut-être autoriser simplement `:` (ou `+:`) pour dire "au moins une occurrence".
Voir #3105.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3123Création d'utilisateurs avec unicode impossible2018-04-04T14:54:25+02:00Mathieu GiraudCréation d'utilisateurs avec unicode impossibleOn ne peut plus créer d'utilisateurs dont le nom contient de l'unicode.
Au moins sur `app` (sur `dev`, pas sûr).
Peut-être cela vient-il de 1894f954 ?
Ping #1345.On ne peut plus créer d'utilisateurs dont le nom contient de l'unicode.
Au moins sur `app` (sur `dev`, pas sûr).
Peut-être cela vient-il de 1894f954 ?
Ping #1345.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3030Implémenter le warning sur CDR3 sur séquences non gappées2018-04-05T10:09:39+02:00Mathieu GiraudImplémenter le warning sur CDR3 sur séquences non gappéesOu même interdire `-3` quand on a des séquences non gappées ?
Aurait été utile pour #2187 et #3008.Ou même interdire `-3` quand on a des séquences non gappées ?
Aurait été utile pour #2187 et #3008.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2819Export : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?2018-04-05T10:22:40+02:00Mikaël SalsonExport : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?Évoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGTÉvoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGThttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3132Renommer des infos / tags et/ou opérations de maintenance2018-04-05T10:30:36+02:00Mathieu GiraudRenommer des infos / tags et/ou opérations de maintenanceDes utilisateurs peuvent nous demander de faire des renommages massifs. À voir si on fait cela directement par du SQL en db ou si on se fait des scripts autour.Des utilisateurs peuvent nous demander de faire des renommages massifs. À voir si on fait cela directement par du SQL en db ou si on se fait des scripts autour.