vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-02T20:33:40+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5036Avoir un système plus générique pour séparer les blocs de tags2022-06-02T20:33:40+02:00Mathieu GiraudAvoir un système plus générique pour séparer les blocs de tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5035API : une limite pour getAllSamplesets() ?2022-05-31T16:27:27+02:00Mathieu GiraudAPI : une limite pour getAllSamplesets() ?
Peut-on tout récupérer ? Pour l'instant c'est le cas.
Une limite en dur type `vidjil.MAX_ITEMS = 100 # Do not change unless you know what you are doing.`
et/ou page
Peut-on tout récupérer ? Pour l'instant c'est le cas.
Une limite en dur type `vidjil.MAX_ITEMS = 100 # Do not change unless you know what you are doing.`
et/ou pageThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5034La fenêtre pour coller la liste des patients à créer ne s'ouvre pas2022-05-31T16:21:08+02:00Anne de SeptenvilleLa fenêtre pour coller la liste des patients à créer ne s'ouvre pasBonjour, la fenêtre pour coller tous les patients à créer d'un coup ne s'ouvre pas quand je clique sur bouton. (ni celle des sets ou des runs). Ca fonctionne via l'accès vdb par contre...Bonjour, la fenêtre pour coller tous les patients à créer d'un coup ne s'ouvre pas quand je clique sur bouton. (ni celle des sets ou des runs). Ca fonctionne via l'accès vdb par contre...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5031germlines/ et python32024-01-31T18:10:53+01:00Mathieu Giraudgermlines/ et python3Les scripts dans germline/ ne se lancent pas sur une machine récente, sans explicitement rajouter des python2 partout.
Voir aussi #2257.Les scripts dans germline/ ne se lancent pas sur une machine récente, sans explicitement rajouter des python2 partout.
Voir aussi #2257.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5030fuse.py: se souvenir du numéro du sample duquel on prend une séquence2022-05-20T11:45:36+02:00Mathieu Giraudfuse.py: se souvenir du numéro du sample duquel on prend une séquence
puis l'afficher dans getHTMLinfo
à défaut de changer #3970, savoir d'où la séquence vient
puis l'afficher dans getHTMLinfo
à défaut de changer #3970, savoir d'où la séquence vienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5028À score égal, favoriser les allèles les plus communs2022-05-19T09:40:47+02:00Mathieu GiraudÀ score égal, favoriser les allèles les plus communsEt... est-ce que les *01 sont plus communs que les *02 ou *03 ?
(On pourrait dire "on favorise les mutations à un tel endroit", mais cela signifierait juste de changer le score.)
Cas très particulier: quand les séquences sont identiqu...Et... est-ce que les *01 sont plus communs que les *02 ou *03 ?
(On pourrait dire "on favorise les mutations à un tel endroit", mais cela signifierait juste de changer le score.)
Cas très particulier: quand les séquences sont identiques: #4640.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5026Comment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianComment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5025Pouvoir ajouter son propre fichier de primer dans le client2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter son propre fichier de primer dans le clientDepuis le client, ou pourrait imaginer ajouter son fichier de primers pour permttre d'en faire un trimming direct ou une visualisation genescan.
Autant je pense que le second cas n'est pas forcement une bonne raison, autant la première...Depuis le client, ou pourrait imaginer ajouter son fichier de primers pour permttre d'en faire un trimming direct ou une visualisation genescan.
Autant je pense que le second cas n'est pas forcement une bonne raison, autant la première me semble bonne.
Deux implémentation possible:
* pouvoir charger dans le client son fichier de primer et l'ajouter comme set de cette analyse. il faut avoir le fichier dans le bon format, être capable de le charger et de l'incorporer. Mais non persistant entre plusieurs analyses
* Avoir son propre set sur le serveur de fichier primer dans lequel on peut puisser. Je sais que l'on en a déjà parler mais je n'ai pas retrouver l'issue. Beaucoup plus complexe....https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5024Afficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionné2022-05-18T08:34:29+02:00Thonier FlorianAfficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionnéJe ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du w...Je ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du workshop.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5023Avoir le champs search des séquences dynamique2022-05-17T18:13:59+02:00Thonier FlorianAvoir le champs search des séquences dynamiqueUne demande/remarque d'une utilisatrice lors du workshop. J'ai évoqué la place pour mettre de nouvelles informations (cf #5022). Il est apparut que le champ filtre est peu souvent utilisé et que l'on pourrait le cacher lorsqu'il ne l'est...Une demande/remarque d'une utilisatrice lors du workshop. J'ai évoqué la place pour mettre de nouvelles informations (cf #5022). Il est apparut que le champ filtre est peu souvent utilisé et que l'on pourrait le cacher lorsqu'il ne l'est pas comme cela ce fait sur pas mal de site maintenant.
Cela libérerai de la place pour l'affichage du sélecteur d'axes de la clonelist ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5022Afficher le nombre des clonotypes non filtrés2022-05-18T10:08:54+02:00Thonier FlorianAfficher le nombre des clonotypes non filtrésLors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire ...Lors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire un drag sur le scatterplot (mais qui n'affiche que ceux qui ont une valeur pour la sample courant).
Je propose que l'on fasse dans ce cas un affichage flash avec ces 2 informations distinctes. Quoique l'on ne saura pas dans ce cas la donnée sample par sample...
On pourrait imaginer une zone pour l'afficher, mais ça me semble discutable d'y dédié une zone, et où ? dans le panel info ?
En écrivant ces lignes, je me demande si avoir dans la liste des samples depuis le menu du graph un nombre en bout de ligne avec le nombre de clonotypes restants qu'importe le nombre de filtre mis en place.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5019Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2023-06-30T11:13:41+02:00Mikaël SalsonAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsSuite de #2442.
Demande lors du VW. Certes on a un moyen de faire un "compare sample" sur chaque échantillon, mais ce n'est pas le plus pratique. Les utilisatrices aimeraient voir la même chose en visualisant leur run.
Aurait-on moyen ...Suite de #2442.
Demande lors du VW. Certes on a un moyen de faire un "compare sample" sur chaque échantillon, mais ce n'est pas le plus pratique. Les utilisatrices aimeraient voir la même chose en visualisant leur run.
Aurait-on moyen de restreindre la vue au top X de l'échantillon courant, sans avoir les autres clonotypes, donc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5017detection de primers - optimisatino pour les IGH J62022-05-17T09:57:13+02:00Thonier Floriandetection de primers - optimisatino pour les IGH J6JE me rends compte que les J6 ne sont pas corectement détécté.
On le voit particulièrement sur les demo lil-L3 ou ils represent la quasi totalité des clonotype du premier sample.
J'ai fait un petit alignement entre un clone, le germl...JE me rends compte que les J6 ne sont pas corectement détécté.
On le voit particulièrement sur les demo lil-L3 ou ils represent la quasi totalité des clonotype du premier sample.
J'ai fait un petit alignement entre un clone, le germline et les 2 primers.
Ils ont 4 nt en dehors de la séquence (sur primerset euroNGS).
Si on raccourci un peu la séquence, la fonction arrive à correctement placé les primers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5015Axes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec ...2022-05-12T10:24:46+02:00Mikaël SalsonAxes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec un axe continuQuand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les...Quand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les clones qui n'apparaissent que dans 1 sample ou uniquement les clones avec tel % d'identité, etc).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5008Analyses TIMEOUT2022-06-27T15:34:01+02:00Anne de SeptenvilleAnalyses TIMEOUTBonjour,
Une partie de mes analyses IGH lancées lundi soir affichent TIMEOUT.
Pour la plupart j'ai quand même un résultat qui s'affiche.
J'ai l'impression que certaines analyses déclenche des fused en cascade (je ne sais pas si je s...Bonjour,
Une partie de mes analyses IGH lancées lundi soir affichent TIMEOUT.
Pour la plupart j'ai quand même un résultat qui s'affiche.
J'ai l'impression que certaines analyses déclenche des fused en cascade (je ne sais pas si je suis claire).
Faut-il que je fasse quelque chose ? Est-ce un problème ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5007Avoir un message flash lorsque l'on tente d'envoyer un mix de locus à imgt2022-05-04T12:15:41+02:00Thonier FlorianAvoir un message flash lorsque l'on tente d'envoyer un mix de locus à imgtIMGT nécessite d'avoir déclaré en amont le locus (à minima IG/TR).
Si on envoi un mix de clones sélectionnés, nous n'avons pas d'erreur, mais seulement l'un des deux recevra une information.
Il faut soit envoyer deux requêtes distincte...IMGT nécessite d'avoir déclaré en amont le locus (à minima IG/TR).
Si on envoi un mix de clones sélectionnés, nous n'avons pas d'erreur, mais seulement l'un des deux recevra une information.
Il faut soit envoyer deux requêtes distinctes avec les TR d'un côté, puis les IG de l'autre, soit avoir un message flash indiquant qu'il faut modifier la sélection.
Au passage, je me suis aussi déjà posé la question d'envoyer plusieurs requêtes si nous avons plus de 10 clonotypes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5005Afficher quand même les segments d'un clonotype après renommage ?2022-05-03T15:29:00+02:00Thonier FlorianAfficher quand même les segments d'un clonotype après renommage ?Je m'aperçois que dans tuto, on test le renommage d'un clone. Après celui-ci, nous n'avons plus nul part afficher sa dénomination VDJ sans avoir à ouvrir la panel info (ou bien certains axe du scatterplot).
Est-il souhaitable d'avoir en...Je m'aperçois que dans tuto, on test le renommage d'un clone. Après celui-ci, nous n'avons plus nul part afficher sa dénomination VDJ sans avoir à ouvrir la panel info (ou bien certains axe du scatterplot).
Est-il souhaitable d'avoir en plus afficher ses VDJ sous forme courte après le nouveau nom ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5004Le filtre par locus doit-il être rappelé depuis le menu filter ?2022-05-03T15:19:02+02:00Thonier FlorianLe filtre par locus doit-il être rappelé depuis le menu filter ?Je m'aperçois que l'on a plusieurs affichage des filtres depuis le menu, mais le filtre par locus n'est pas présent.
Il fait peut-être doublon avec ce que l'on voit dans le panel info, mais j'ai la sensation que ce serait plus clair et ...Je m'aperçois que l'on a plusieurs affichage des filtres depuis le menu, mais le filtre par locus n'est pas présent.
Il fait peut-être doublon avec ce que l'on voit dans le panel info, mais j'ai la sensation que ce serait plus clair et explicite.
A discuter et possiblement fermer sans traiter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5003Desactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de r...2022-05-03T15:16:31+02:00Thonier FlorianDesactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de rechercheDe même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.De même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.