vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-01T10:34:53+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3032Faire passer vidjil-h-examples.should-get2018-02-01T10:34:53+01:00Mikaël SalsonFaire passer vidjil-h-examples.should-getDepuis 6433a3586 `vidjil-h-examples.should-get` est testé. Il se trouve qu'il ne passe pas sur Jenkins (chez moi non plus). Je ne pense pas que ce soit dû à eb6678e5 (cela ne passait pas sans ça non plus chez moi).
Cela bloque #3031.Depuis 6433a3586 `vidjil-h-examples.should-get` est testé. Il se trouve qu'il ne passe pas sur Jenkins (chez moi non plus). Je ne pense pas que ce soit dû à eb6678e5 (cela ne passait pas sans ça non plus chez moi).
Cela bloque #3031.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3023Segmentation fault sous CentOS6.3 avec g++4.82018-01-31T11:55:09+01:00Mikaël SalsonSegmentation fault sous CentOS6.3 avec g++4.8```
==27296== Use of uninitialised value of size 8
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCl...```
==27296== Use of uninitialised value of size 8
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCluster.cpp:29)
==27296== by 0x405FC4: main (tests.cpp:28)
==27296==
==27296== Invalid read of size 4
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCluster.cpp:29)
==27296== by 0x405FC4: main (tests.cpp:28)
==27296== Address 0x22611570 is not stack'd, malloc'd or (recently) free'd
==27296==
==27296==
==27296== Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
==27296== Access not within mapped region at address 0x22611570
==27296== at 0x4C662C: WindowsStorage::add(std::string, read_t, int, Germline*, std::list<int, std::allocator<int> >) (windows.cpp:167)
==27296== by 0x43C0AC: testCluster() (testCluster.cpp:29)
==27296== by 0x405FC4: main (tests.cpp:28)
```Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3018La sortie XML de Valgrind doit être dans un fichier différent pour chaque sho...2018-01-31T10:06:47+01:00Mikaël SalsonLa sortie XML de Valgrind doit être dans un fichier différent pour chaque should_getÀ l'heure actuelle le job `Vidjil-valgrind` écrase à chaque fois le même fichier ce qui fait que nous n'avons les résultats de Valgrind que pour le dernier test lancé !À l'heure actuelle le job `Vidjil-valgrind` écrase à chaque fois le même fichier ce qui fait que nous n'avons les résultats de Valgrind que pour le dernier test lancé !Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3014Faire passer all-slaves sur Jenkins2018-01-31T14:10:56+01:00Mathieu GiraudFaire passer all-slaves sur JenkinsLancé à la main. N'avait pas été lancé depuis... juillet 2017 !
(Je n'ai pas le temps de regarder, je m'y remets ce soir.)Lancé à la main. N'avait pas été lancé depuis... juillet 2017 !
(Je n'ai pas le temps de regarder, je m'y remets ce soir.)Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3013Warnings compilation sur Jenkins et ailleurs2018-01-30T15:50:25+01:00Mathieu GiraudWarnings compilation sur Jenkins et ailleurs- Deux warnings Jenkins https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-coverage/752/warnings24Result/ que je n'ai pas chez moi, viennent de #2989 ? C'est pour cela que le build est jaune ?
- Par contre, j'ai beaucoup de warnings (je pensais qu'o...- Deux warnings Jenkins https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-coverage/752/warnings24Result/ que je n'ai pas chez moi, viennent de #2989 ? C'est pour cela que le build est jaune ?
- Par contre, j'ai beaucoup de warnings (je pensais qu'on en avait déjà discuté et que c'était que de mon côté, mais je ne retrouve pas l'issue) :
```
lib/json.hpp:1834:64: warning: unsequenced modification and access to 'range' [-Wunsequenced]
if (JSON_LIKELY(*range <= current and current <= *(++range)))
```Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3012Fichiers qui trainent dans la release2018-01-31T13:07:13+01:00Mathieu GiraudFichiers qui trainent dans la releaseSuite à #2255, il reste quelques fichiers fantômes :
- algo/germline/split-from-imgt.py (devrait être dans germline/)
- browser/cgi/{align,similarity}.cgi (tools/ ? ailleurs ?)
- browser/js/germline.js (pas utile pour l'algo)Suite à #2255, il reste quelques fichiers fantômes :
- algo/germline/split-from-imgt.py (devrait être dans germline/)
- browser/cgi/{align,similarity}.cgi (tools/ ? ailleurs ?)
- browser/js/germline.js (pas utile pour l'algo)Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3011Short / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdout2018-01-29T20:08:49+01:00Mathieu GiraudShort / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdoutSuite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof...Suite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof).
Retirer "100-" ? Mettre une autre formulation ?Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3010Vérifier que les codes/champs `warn` du C++ sont compatibles avec la liste so...2018-06-22T09:57:03+02:00Mathieu GiraudVérifier que les codes/champs `warn` du C++ sont compatibles avec la liste souhaitée dans le futurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_71653 :
> pour %"Algo 2017.11", on a juste besoin de s'arrêter sur certains codes pour les warnings existants (et les garder ensuite), voire enlever les codes si on n'arrive pas à a...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_71653 :
> pour %"Algo 2017.11", on a juste besoin de s'arrêter sur certains codes pour les warnings existants (et les garder ensuite), voire enlever les codes si on n'arrive pas à avoir de vue d'ensemble.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3003Makefile et Makefile.algo, séquence de make2018-02-01T10:01:27+01:00Mathieu GiraudMakefile et Makefile.algo, séquence de makeEt retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Et retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2999Release 2018.01 -> 2018.022018-04-05T12:16:02+02:00Mathieu GiraudRelease 2018.01 -> 2018.02Comment faire la release 2018.01 ?
- soit aller au bout de #2255 (peut-être pas si complexe). Je vais y rejeter un coup d'oeil
- soit faire un truc complètement manuel et/ou réverter des choses
- soit, intermédiaire, utiliser #2255 / !97...Comment faire la release 2018.01 ?
- soit aller au bout de #2255 (peut-être pas si complexe). Je vais y rejeter un coup d'oeil
- soit faire un truc complètement manuel et/ou réverter des choses
- soit, intermédiaire, utiliser #2255 / !97 et rajouter à la main s'il manque des choses. Cela va peut-être dans le bon sens (en tout cas la simplification de #2255 / !97, quand cela fonctionnera, est indéniable...)
Repasser dans tous les cas sur la fin de #2630.
Au passage, on devrait avoir un test de release ? #2720Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2989Réécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUAL2018-01-30T08:22:26+01:00Mathieu GiraudRéécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUALSuite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Suite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2983Shorter / shifted w: Refaire passer les tests2018-01-16T21:25:11+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: Refaire passer les tests@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pa...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pas à faire passer !132, je dupliquerais peut-être le fichier (ce qui serait dommage) ou lui dirais qu'il ne faut pas lancer les tests should-vdj dessus.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2982Shorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)2018-01-31T09:21:21+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)Suite à #2913/!141.Suite à #2913/!141.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2916Sortir des champs `warn` dans le C++2018-01-27T22:15:42+01:00Mathieu GiraudSortir des champs `warn` dans le C++Voir #2247.
Chaque clone peut avoir un `warn`, et un `warn` global peut être mis.
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2247 pour cela.
Voir #2247.
Chaque clone peut avoir un `warn`, et un `warn` global peut être mis.
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2247 pour cela.
Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2913Diminuer ou décaler dynamiquement, par seuil, la taille de la fenêtre2020-04-15T09:18:25+02:00Mikaël SalsonDiminuer ou décaler dynamiquement, par seuil, la taille de la fenêtreDans #2910 on manque un clone car il y a une grosse délétion dans le V, consuisant à une séquence très courte (~129nt) empêchant de bien positionner une fenêtre de 60nt.
C'est très grave puisqu'on peut manquer des clones majoritaires. U...Dans #2910 on manque un clone car il y a une grosse délétion dans le V, consuisant à une séquence très courte (~129nt) empêchant de bien positionner une fenêtre de 60nt.
C'est très grave puisqu'on peut manquer des clones majoritaires. Une solution est de décaler la fenêtre #1580 (soit en encodant directement le décalage, dans la config, mais cela signifie que c'est systématique, soit dynamiquement mais c'est compliqué).
Une autre solution simple serait de prendre une fenêtre plus petite si on n'arrive pas à placer la fenêtre de 60nt. On pourrait essayer différentes longueurs, par ordre décroissant, par seuils (60, 50, 40, 30…) et on prend la première qui passe. Cela permet d'avoir quelque chose de reproductible. Et cela éviterait de passer à côté d'un gros clone.Algo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2910Clone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)2021-01-26T13:29:14+01:00Anne de SeptenvilleClone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)IGH https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=2
multi+inc https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=26IGH https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=2
multi+inc https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=26Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2851Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut2024-02-06T09:55:42+01:00Mikaël SalsonCoût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défautHistoriquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effect...Historiquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effectivement de passer beaucoup plus facilement à côté de ce genre de séquences.
Il n'y a pas de raison qu'on conserve ce coût spécifique.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2720Tester `make release`2018-01-31T10:06:47+01:00Mathieu GiraudTester `make release`Après #2255 et #1491.
On pourra avoir une règle qui teste la release. On l'avait sur Jenkins.Après #2255 et #1491.
On pourra avoir une règle qui teste la release. On l'avait sur Jenkins.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2635Mettre des jeux de démo dans demo/2018-02-01T10:01:26+01:00Mathieu GiraudMettre des jeux de démo dans demo/Suite à #2611, on souhaiterait mettre dans `demo/` des jeux de séquences pertinents biologiquement, et en parler dans `doc/algo.org`. Par exemple déjà `Demo X5`.
Cela pourrait être aussi des jeux de données mis sur le serveur, voir vdj#...Suite à #2611, on souhaiterait mettre dans `demo/` des jeux de séquences pertinents biologiquement, et en parler dans `doc/algo.org`. Par exemple déjà `Demo X5`.
Cela pourrait être aussi des jeux de données mis sur le serveur, voir vdj#195.Algo 2017.11