vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-10-12T09:40:26+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2612Algo 2017.092017-10-12T09:40:26+02:00Mathieu GiraudAlgo 2017.09Les tests passent, ainsi que valgrind + valgrind_should.
@mikael-s, si tu es motivé, on pourrait lancer les tests sur d'autres archis (Gitlab ? CI ? à la main ? vdj#454)... mais sinon je suis prêt à faire la release disons demain.
Les tests passent, ainsi que valgrind + valgrind_should.
@mikael-s, si tu es motivé, on pourrait lancer les tests sur d'autres archis (Gitlab ? CI ? à la main ? vdj#454)... mais sinon je suis prêt à faire la release disons demain.
Algo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2613make forcedep, bamopen.h, erreur fatale mais pas tant que cela2018-01-29T15:08:59+01:00Mathieu Giraudmake forcedep, bamopen.h, erreur fatale mais pas tant que cela`make valgrind_unit` sort à un moment `bam.h:10:31: fatal error: lib/unbam/bamopen.h: No such file or directory`
mais cela continue`make valgrind_unit` sort à un moment `bam.h:10:31: fatal error: lib/unbam/bamopen.h: No such file or directory`
mais cela continueAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2610Mettre data/chimera-fake-VJ-trim.g dans le git2017-11-20T00:53:50+01:00Mathieu GiraudMettre data/chimera-fake-VJ-trim.g dans le gitPour compléter 75b95db4.
Voir aussi vdj#386 :-)Pour compléter 75b95db4.
Voir aussi vdj#386 :-)Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2597Segfault en retirant delta_min2017-09-04T10:17:05+02:00Mathieu GiraudSegfault en retirant delta_minEn retirant `delta_min` (#1674), `should-get-tests/cdr3-stopcodon.should-get` est en segfault.En retirant `delta_min` (#1674), `should-get-tests/cdr3-stopcodon.should-get` est en segfault.Algo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2553Documenter légèrement BAM2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudDocumenter légèrement BAM@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads be...@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads beforehand.
>
> 1. In the case of paired-end sequencing, there is only one BAM file (but two FASTQ files). So the people could provide a single BAM file where reads have not been merged.
On pourrait mettre exactement ce type d'infos dans `doc/algo.org`, et ne pas en faire la pub dans `doc/user.org` et sur le serveur.Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2552Tester les programmes de `algo/tools`2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudTester les programmes de `algo/tools`#2551 vient du fait que tout cela n'est pas vraiment testé.
Si ces programmes sont vraiment utiles, faire des tests fonctionnels.#2551 vient du fait que tout cela n'est pas vraiment testé.
Si ces programmes sont vraiment utiles, faire des tests fonctionnels.Algo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2254Vitesse des tests et lancement Stanford2017-08-28T12:59:53+02:00Mathieu GiraudVitesse des tests et lancement StanfordUne tripotée de tests `should-get` utilisent `Stanford_S22.fasta` (et aussi `bugs/bug2224.should-get`). Au moins 15 d'entre eux n'ont aucun `-x` ou `-X`, et pourtant tous n'auraient pas besoin de tourner sur 13 000 reads. Pourrait-on met...Une tripotée de tests `should-get` utilisent `Stanford_S22.fasta` (et aussi `bugs/bug2224.should-get`). Au moins 15 d'entre eux n'ont aucun `-x` ou `-X`, et pourtant tous n'auraient pas besoin de tourner sur 13 000 reads. Pourrait-on mettre ces tests avec des `-x 100` (ou même `-x 1000`) ? Cela pourrait améliorer considérablement la vitesse de l'ensemble.
Voir par exemple e963e16.
cc @mikael-sAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2224Segmentation fault lorsque la représentative est plus courte que la graîne2017-08-28T13:00:13+02:00Mikaël SalsonSegmentation fault lorsque la représentative est plus courte que la graînePas creusé plus que ça mais un commit suit, montrant le problème.
%"Algo 2017.03" ?
cc @magiraudPas creusé plus que ça mais un commit suit, montrant le problème.
%"Algo 2017.03" ?
cc @magiraudAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2156Les paramètres passés en ligne de commande devraient avoir la priorité sur le .g2018-06-18T09:53:34+02:00Mathieu GiraudLes paramètres passés en ligne de commande devraient avoir la priorité sur le .gDans `stanford-k-14.should-get` (et plein d'autres, voir xxsha1xx), on ne peut pas remplacer `-V`/`-J` par `-g`, car on utilise des paramètres type `-k`.
Cela a toujours été comme cela, mais ce n'est pas optimal. On attendrait qu'un `-k...Dans `stanford-k-14.should-get` (et plein d'autres, voir xxsha1xx), on ne peut pas remplacer `-V`/`-J` par `-g`, car on utilise des paramètres type `-k`.
Cela a toujours été comme cela, mais ce n'est pas optimal. On attendrait qu'un `-k` soit prioritaire par rapport à ce qui est dans le `.g`.
@mikael-sAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2016Charger des fichiers BAM2017-07-07T15:46:09+02:00Vidjil TeamCharger des fichiers BAMLes fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les li...Les fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les lire… Il existe par exemple htslib mais elle fait plein d'autres choses https://github.com/samtools/htslib (il y en a probablement d'autres)
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1674FineSegmenter donne UNSEG < delta_min sur des belles séquences -> supprimer d...2017-11-24T10:04:37+01:00Vidjil TeamFineSegmenter donne UNSEG < delta_min sur des belles séquences -> supprimer delta_min
@flothoni : J'ai quelques séquences qui sont retrouvées dasn vidjil mais qui n'ont pas de noms définis.
En investigants un peu sur celles-ci (via imgt-quest), il semblerait que vidjil n'ai pas assez d'informations pour discriminer les ...
@flothoni : J'ai quelques séquences qui sont retrouvées dasn vidjil mais qui n'ont pas de noms définis.
En investigants un peu sur celles-ci (via imgt-quest), il semblerait que vidjil n'ai pas assez d'informations pour discriminer les segments, en general entre les alleles.
J'ai essayé de jouer sur la eval pour discriminer grossièrement, mais ça ne marche pas non plus.
Je ne sais aps si vous avez déjà eu le cas ou non.
Du coup, il faudrait que vidjil retourne au moins le nom du seg, même si il ne peut pas discriminer l'allele quand ceux qu'il identifie son similaires.
Vous voyez une autre raison ou méthode pour "recupérer" ces séquences ?
Ps , les fichiers vidjil sont en pj.
@magiraud : L'algo parfois segmente certaines séquences par l'heuristique des k-mers (`SEG_+`/`SEG_-`) mais n'arrive pas à faire la désignation V(D)J (ce qu'on appelle le "FineSegmenter"), par exemple si les séquences sont vraiment bizarres (et dans ce cas on garde quand même la séquence dans le .vidjil, un clone est identifié, mais on ne sait pas le désigner)
... mais ici c'est clairement un bug, ce sont des beaux réarrangements.
`algo/tests/bugs/bug20150909.fa`
@magiraud : c5c781e. On enlève le test, tout se passe bien.
(Les séquences ont d'autres bugs, autre tâche)
@magiraud @mikael-s @flothoniAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1673Valeur de -m par défaut pas très claire2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil TeamValeur de -m par défaut pas très claireDoc: "Note that it is even possible to set `-m -10`
(meaning that V and J could overlap 10 bp). This is the default for VJ recombinations."
En fait c'est le cas... sauf en cas de `-g germline`, ou c'est 0 pour tous.
On retrouve l...Doc: "Note that it is even possible to set `-m -10`
(meaning that V and J could overlap 10 bp). This is the default for VJ recombinations."
En fait c'est le cas... sauf en cas de `-g germline`, ou c'est 0 pour tous.
On retrouve la même ambiguité que ce qu'on avait pour les fenêtres.
Solution : si on a envie de conserver des réglages différents, les mettre dans "parameters" de germline.data.
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07