vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-13T16:42:59+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2964Séquence non analysée avec la présence du gène constant2020-02-13T16:42:59+01:00Anne de SeptenvilleSéquence non analysée avec la présence du gène constantJ'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La re...J'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La reconnaissance du J est peut-être gênée par les mutations ?
Séquence attendue (obtenue en Sanger, et visible sans problème sur Arrest)
```
>CHA
caggtcaccttgaaggagtctggtcctgtactggttaaacccacagagaccctcacgctgacgtgcaccgtctctgggttctcactcaacagtgctagaatgggtgtgacctggatccgtcagtccccagggaaggccctggaatggcttgcacacatttcctcgaatgacgaaaaattgtatagtacatctctgaagaccaggctcaccatctccaaggacacctccagaagccaggtggtcctcaccgtgaccaacatggaccctgtggacacagccacatattactgtgcacggacacggggagtatatagttatgattctcttgagtactggggccagggagccctgatcaccgtctccgcag
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2298Plus de détéction des VD(D)J2020-04-28T12:42:00+02:00Thonier FlorianPlus de détéction des VD(D)JJe viens de tester d'analyser des runs et je m’aperçois que suivant la release, la détection des clones VDDJ, VDDDJ ne fonctionne plus (option -d).
Après une recherche avec des grosses mailles, je peux dire que l'erreur se situe entre l...Je viens de tester d'analyser des runs et je m’aperçois que suivant la release, la détection des clones VDDJ, VDDDJ ne fonctionne plus (option -d).
Après une recherche avec des grosses mailles, je peux dire que l'erreur se situe entre la release 2106.07 et 2016.08.
Est-ce normal ?
Si non, je ferai un bisect prochainement pour trouver l'origine.
@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florian