vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-09-07T08:06:04+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2155Tracer la version de germlines utilisée dans l'algo2018-09-07T08:06:04+02:00Mathieu GiraudTracer la version de germlines utilisée dans l'algoSuite à #2154 :
De la même manière qu'on fait attention à la version de l'algo, ne faudrait-il pas stocker le `germline_id` dans le `.vidjil` ?
Je pinaille, mais bon...
@mikael-sSuite à #2154 :
De la même manière qu'on fait attention à la version de l'algo, ne faudrait-il pas stocker le `germline_id` dans le `.vidjil` ?
Je pinaille, mais bon...
@mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2239`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`2017-03-29T19:45:07+02:00Mathieu Giraud`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il...Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il s'arrête au `-z 5` et qu'on a ensuite uniquement les fenêtres. À vérifier.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1987Ajouter l'organisme dans le fichier .vidjil2017-02-02T12:39:25+01:00Vidjil TeamAjouter l'organisme dans le fichier .vidjilUn fichier .vidjil donne le locus mais pas l'espèce. Impossible alors de savoir si un fichier avec un germline IGH provient d'un humain ou d'une souris.
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@nobodyUn fichier .vidjil donne le locus mais pas l'espèce. Impossible alors de savoir si un fichier avec un germline IGH provient d'un humain ou d'une souris.
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@nobodyAlgo 2017.03