vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-15T18:38:01+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4993Pouvoir exporter un alignement dans le rapport2023-06-14T14:50:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir exporter un alignement dans le rapportÉvoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Évoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2710Méta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitair...2024-01-25T14:15:00+01:00Mathieu GiraudMéta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitaire qui vérifient vraiment les réponsesJe suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera ...Je suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera fait, on essaie de récupérer les tags pour une série de screenshots.
```
Florbela Espanca 1894-12-08
Paulina Wilkońska 1815
Camilla Collett 1813-01-23
Διονύσιος Σολωμός 1798-04-08
Vasile Alecsandri 1801-07-21
Sophia Elisabet Brenner 1659-04-29
Marin Držić 1508
老子 6 BCE
Emil Aarestrup 1800-12-04
Božena Němcová 1820-02-04
ابن خلدون (Ibn Khaldoûn), 1332-05-27
Willem Bilderdijk 1756-09-07
Johann Wolfgang Goethe, 1749-08-28
George Sand 1804-02-01
Dante Alighieri 1265
Friedrich von Schiller 1759
Miguel de Cervantes 1547-09-29
Jane Austeen 1775-12-16
```Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3171Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille2024-02-21T14:12:12+01:00Mathieu GiraudStatistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de batailleDiscuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vid...Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vidjil` #3041
- qui récupère des infos des `.vidjil` #3172 (donc #2240)
- puis vue générique #2235 (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)
Premier but: commencer déjà par infos présentes dans `.vidjil`, typiquement *nombre de reads segmentées* et *clone principal avec son abondance*.
**Puis**
- (Jouable) Plus d'infos dans le `.vidjil`, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo
- les `UNSEG` triés #3049
- warnings par clone / sample #3086 #3060. Documenter, en faire de nouveaux
- (Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 pour QC, contrôles
- ~"!-hard" plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168
- Présence des primers #3152 #1253
- ~"!-hard" (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054)Web 2024.04CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5131Algo: Limit or warn clustering of sequences of too different lengths2023-04-03T12:34:58+02:00Mathieu GiraudAlgo: Limit or warn clustering of sequences of too different lengths
Very interesting cases reported by @Anne.
Some clones merged sequences with very different lengths, two peaks (biological ? artefact ?).
"no-clonality" already allows to check that, but we need some mechanism to prevent that or at leas...
Very interesting cases reported by @Anne.
Some clones merged sequences with very different lengths, two peaks (biological ? artefact ?).
"no-clonality" already allows to check that, but we need some mechanism to prevent that or at least to warn the userhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2730EC-NGS Lille : social / repas du mardi soir2017-10-17T17:35:15+02:00Mathieu GiraudEC-NGS Lille : social / repas du mardi soirFlore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)Flore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2334cloneDB : ontologie des maladies2017-12-04T11:46:13+01:00Thonier FloriancloneDB : ontologie des maladiesDiscussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/ch...Discussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/chercheurs et ne pas flooder la DB en meta-data.
Exemple : World Health Organization et NCBO en fournissent au niveau international.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2333EC-NGS in Lille, April 20182017-04-05T10:41:55+02:00Mathieu GiraudEC-NGS in Lille, April 2018Le 15è meeting d'EuroClonality-NGS aura lieu à Lille, "debut avril 2018".
La date devrait être fixée dans les semaines à venir.
cc @vidjilLe 15è meeting d'EuroClonality-NGS aura lieu à Lille, "debut avril 2018".
La date devrait être fixée dans les semaines à venir.
cc @vidjilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2332clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences2017-12-04T11:47:21+01:00Mathieu Giraudclonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquencesÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothoniÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1437Spécificité / P-value / E-value d'une recombinaison2019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil TeamSpécificité / P-value / E-value d'une recombinaisonPrend en compte nb de délétions, mutations V/J, N... Normalement cela devrait se voir dans les scores de FineSegmentation.
Détecter ces probabilités depuis nos jeux de données (mais cela suppose d'avoir des segmentations VDJ de référe...Prend en compte nb de délétions, mutations V/J, N... Normalement cela devrait se voir dans les scores de FineSegmentation.
Détecter ces probabilités depuis nos jeux de données (mais cela suppose d'avoir des segmentations VDJ de référence...)
Lien avec génération aléatoire.
Faire cela dans notre coin ? Mettre quelqu'un dans la boucle ? (Laurent ?)
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De manière empirique, pas nécessairement besoin de segmentations VDJ de réf. Ne peut-on pas le faire directement depuis les fenêtres ? On sait où est censé se terminer le V et commencer le J. Et donc on peut retrouver si on trouve une fenêtre à distance 0 ou 1.
Et si on va sur la génération aléatoire, le problème est la probabilité qu'on affecte à des délétions, insertions (et cela dépend des chaînes et des récepteurs, la dTd et la bouffeuse de nucléotides ne sont pas aussi actives partout). Ou alors on part de nos données, mais là pour le coup on a besoin de segmentations VDJ de références.
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On en parle donc un jour avec Laurent. Voir quand.
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On a donc maintenant une e-valeur d'une découpe left/right, mais la question reste toujours ouverte pour une recomb VDJ, à partir d'exemples, d'estimer les paramètres. On en avait aussi parlé avec Nikos.
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(copié depuis tâche "Taille de fenêtre en multi-système") Si on a un V/J collé avec 0 zone de N, ce sera très limite même avec une fenêtre de taille 100 :-) On doit mettre un gros warning dessus, et permettre de revenir sur les reads.
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Remonté, car l'heuristique peut regrouper des choses curieuses si la fenêtre n'est pas spécifique. (mais bon, contrôle par le coverage ?). Devient légèrement différent : quelle est la P/E-valeur d'une fenêtre ?
- compter les N (après Fine Segmenter)
- un bidule dans le FineSegmenter qui compte en plus les mutations de la fenêtre
- ... ou bien un truc magique à base de k-mers (y compris des D) ?
(Voir par exemple notable/0481)
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euh... on maintenant a un warning si faible e-valeur ?
toujours d'actualité ?
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Cela a été fait très sérieusement par Thierry Mora et Aleksandra Walczak
-> Quantifying lymphocyte receptor diversity
http://arxiv.org/abs/1604.00487
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Et il y a un article qui utilise cela pour calculer la p-value de clones identifiés au diag : http://www.nature.com.sci-hub.cc/bmt/journal/vaop/ncurrent/full/bmt2016148a.html « Reliability of immune receptor rearrangements as genetic markers for minimal residual disease monitoring »
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@magiraud @mikael-s