vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-11T18:21:08+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3311Test du filtrage : faire des tests négatifs2018-07-11T18:21:08+02:00Mikaël SalsonTest du filtrage : faire des tests négatifsDiscuté avec @boreec : suite à #3250 les tests passent toujours, ce qui est surprenant.
En regardant un peu le code, on pense qu'en demandant le filtrage d'une séquence bidon elle sera filtrée comme étant la première séquence du germlin...Discuté avec @boreec : suite à #3250 les tests passent toujours, ce qui est surprenant.
En regardant un peu le code, on pense qu'en demandant le filtrage d'une séquence bidon elle sera filtrée comme étant la première séquence du germline. La raison à cela est que les k-mers `UNKNOWN` et les k-mers de la 1è séquence ont tous deux le numéro 1 qui leur est affecté. La séquence bidon aura donc des k-mers `UNKNOWN` ui seront interprétés comme provenant de la séquence 1.
Il faudrait donc vérifier que si on filtre avec une séquence qui n'a rien à voir, on obtient bien en sortie le germline complet. Attention en attendant #3187 si on le fait sur de vraies données il est possible qu'une séquence bidon est malgré tout 1 ou 2 k-mers partagés avec un IGHV. On peut très bien faire ce test sur des données fabriquées à la main pour être sûr que la séquence « bidon » n'ait aucun k-mer partagé avec les séquences de nos germlines.Algo 2018.08Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1696Avoir des tests de couverture algo, coveralls ou autre2018-11-20T08:47:01+01:00Vidjil TeamAvoir des tests de couverture algo, coveralls ou autremake should-coveralls segfaulte sur Travis depuis juin
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ping. Voir si c'est réparable, sinon virer le badge sur github.
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Depuis 07ea431, ne segmente faute plus.
Mais l'upload ne fonctionne pas. Badge sur github enlevé en attendant....make should-coveralls segfaulte sur Travis depuis juin
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ping. Voir si c'est réparable, sinon virer le badge sur github.
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Depuis 07ea431, ne segmente faute plus.
Mais l'upload ne fonctionne pas. Badge sur github enlevé en attendant.
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@magiraudAlgo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salson2018-06-05