vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-14T22:56:53+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2179Mettre à jour l'aide2017-02-14T22:56:53+01:00Mathieu GiraudMettre à jour l'aideEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2157Test should-get-tests/vidjil-error-w-small.should-get2017-03-08T12:19:06+01:00Mathieu GiraudTest should-get-tests/vidjil-error-w-small.should-getVoir d4d6e18f0.
Voir d4d6e18f0.
Algo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2134Permettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlines2017-12-04T14:55:54+01:00Mikaël SalsonPermettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlinesActuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J ...Actuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J » (et éventuellement D) sur la ligne de commande. Dans ce dernier cas, il s'agit d'un germline « custom » qui n'est donc pas assimilé à un germline reconnu et n'a pas d'espèces.
Il serait pratique de ne pouvoir sélectionner que quelques germlines au sein d'un fichier `.germlines`. Par exemple si je veux analyser les kappa avec les incomplets je pourrais faire `-g germline/homo-sapiens.germlines -? IGK,IGK+` (où le `?` est à remplacer par une lettre adéquate). Si je voulais préciser les fichiers V et J sur la ligne de commande, je perdrais la possibilité de séparer les complets des « inhabituels »
@magiraudAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1642-w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la s...2020-04-15T09:18:24+02:00Vidjil Team-w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la séquencePeut-être pas tout le read.
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Si, si, tout le read ! Je veux au moins essayer un `-w all`.
Si les données viennent de PCR, on peut avoir des reads débutant / finissant au nucléotide près.
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Discuté à ~"PAN-Necker" :
> Si les ...Peut-être pas tout le read.
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Si, si, tout le read ! Je veux au moins essayer un `-w all`.
Si les données viennent de PCR, on peut avoir des reads débutant / finissant au nucléotide près.
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Discuté à ~"PAN-Necker" :
> Si les données viennent de PCR, on peut avoir des reads débutant / finissant au nucléotide près.
"C'est peu probable, si 1% d'erreur et > 100 bp, et bien rien ne va se ressembler"
"Sauf si le 1% est biaisé vers toujours les même erreurs"
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@magiraud @mikael-sAlgo 2017.03