vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-24T10:04:37+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1674FineSegmenter donne UNSEG < delta_min sur des belles séquences -> supprimer d...2017-11-24T10:04:37+01:00Vidjil TeamFineSegmenter donne UNSEG < delta_min sur des belles séquences -> supprimer delta_min
@flothoni : J'ai quelques séquences qui sont retrouvées dasn vidjil mais qui n'ont pas de noms définis.
En investigants un peu sur celles-ci (via imgt-quest), il semblerait que vidjil n'ai pas assez d'informations pour discriminer les ...
@flothoni : J'ai quelques séquences qui sont retrouvées dasn vidjil mais qui n'ont pas de noms définis.
En investigants un peu sur celles-ci (via imgt-quest), il semblerait que vidjil n'ai pas assez d'informations pour discriminer les segments, en general entre les alleles.
J'ai essayé de jouer sur la eval pour discriminer grossièrement, mais ça ne marche pas non plus.
Je ne sais aps si vous avez déjà eu le cas ou non.
Du coup, il faudrait que vidjil retourne au moins le nom du seg, même si il ne peut pas discriminer l'allele quand ceux qu'il identifie son similaires.
Vous voyez une autre raison ou méthode pour "recupérer" ces séquences ?
Ps , les fichiers vidjil sont en pj.
@magiraud : L'algo parfois segmente certaines séquences par l'heuristique des k-mers (`SEG_+`/`SEG_-`) mais n'arrive pas à faire la désignation V(D)J (ce qu'on appelle le "FineSegmenter"), par exemple si les séquences sont vraiment bizarres (et dans ce cas on garde quand même la séquence dans le .vidjil, un clone est identifié, mais on ne sait pas le désigner)
... mais ici c'est clairement un bug, ce sont des beaux réarrangements.
`algo/tests/bugs/bug20150909.fa`
@magiraud : c5c781e. On enlève le test, tout se passe bien.
(Les séquences ont d'autres bugs, autre tâche)
@magiraud @mikael-s @flothoniAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1673Valeur de -m par défaut pas très claire2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil TeamValeur de -m par défaut pas très claireDoc: "Note that it is even possible to set `-m -10`
(meaning that V and J could overlap 10 bp). This is the default for VJ recombinations."
En fait c'est le cas... sauf en cas de `-g germline`, ou c'est 0 pour tous.
On retrouve l...Doc: "Note that it is even possible to set `-m -10`
(meaning that V and J could overlap 10 bp). This is the default for VJ recombinations."
En fait c'est le cas... sauf en cas de `-g germline`, ou c'est 0 pour tous.
On retrouve la même ambiguité que ce qu'on avait pour les fenêtres.
Solution : si on a envie de conserver des réglages différents, les mettre dans "parameters" de germline.data.
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@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07