vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-06-04T10:24:06+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2222URL : clones non sélectionnés dans la liste après loadAnalysisURL2017-11-19T22:15:41+01:00Mikaël SalsonURL : clones non sélectionnés dans la liste après loadAnalysisURLLorsqu'on utilise `clone=XX,YY,ZZ` (voir #2097) le modèle est bien chargé et les clones sélectionnés, mais ensuite l'analysis est chargée, et à ce moment là les clones de la liste ne sont plus sélectionnés.
Il semble qu'au chargement de...Lorsqu'on utilise `clone=XX,YY,ZZ` (voir #2097) le modèle est bien chargé et les clones sélectionnés, mais ensuite l'analysis est chargée, et à ce moment là les clones de la liste ne sont plus sélectionnés.
Il semble qu'au chargement de l'analyse (`loadAnalysisURL` dans `model_loader.js`) les différentes vues soient rechargées (recréées ?) et à ce moment-là la fonction addToSegmenter est appelée avant que le segmenteur ait été créé ce qui affiche une erreur dans la console. Pourtant ce n'est pas le segmenteur qui pose problème mais la liste… Sont-ce deux problèmes séparés ?
cc @magiraud @aurelBZH @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2244Deux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sample2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudDeux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sampleDiscuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". ...Discuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". Ce serait particulièrement pertinent pour l'affichage par défaut d'un seul sample (où, pour l'instant, le graphe est minimisé)... et donnerait plus d'informations à nos usagers d'un premier coup d'oeil pour les échantillons type diagnostic.
- Cela ferait en fait trois zones à droites (un graphe, deux scatterplots). N'oublions pas que le graphe est présent mais minimisé quand il n'y a qu'un point. Comment gérer cela ? Aller jusqu'à quelque chose de générique (`n` vues stackées, penser en particulier au responsive #1740 ?)
- Pour ~"client-api", quelque chose comme `plot2=x,y`
cc @flothoniWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2698Multiple scatterplots: export et raccourcis claviers devraient concerner celu...2017-11-20T01:28:28+01:00Mathieu GiraudMultiple scatterplots: export et raccourcis claviers devraient concerner celui du basVu hier avec @mikael-s.Vu hier avec @mikael-s.Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2703Axes et value en string : bug lors du passage en « clone average read length ...2017-11-29T11:01:58+01:00Mikaël SalsonAxes et value en string : bug lors du passage en « clone average read length » en mode bar1. Aller sur un résultat quelconque : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=3241&config=32
2. Dans le menu plot, mettre l'axe des x à « clone average read length » (tout va bien)
3. Dans le menu plot, passer en mode « bar »
Aïe...1. Aller sur un résultat quelconque : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=3241&config=32
2. Dans le menu plot, mettre l'axe des x à « clone average read length » (tout va bien)
3. Dans le menu plot, passer en mode « bar »
Aïe. On a une erreur :
```
numerical_axis.js:273
TypeError: value.toFixed is not a function
```Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2704Remplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average len...2017-11-29T08:01:02+01:00Mikaël SalsonRemplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average length » ?La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.
Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar po...La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.
Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar pour tester, à cause de #2703) : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25317&config=2
Quand on regarde la longueur de la séquence consensus, on voit que le clone principal a une longueur un peu inférieure à ses sous-clones, ce qui pourrait donner l'impression d'une sous-population différente.
Mais en fait quand on passe en « clone average read length », on se rend compte que tous ont bien la même taille moyenne de reads.
La différence de longueur de séquence consensus est juste due à l'heuristique de calcul de la consensus et apporte plus de bruit que d'information.
Pour l'instant bloqué par #2703, mais à faire juste après.
cc @flothoniWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2705Tags: Charger les tags publics à l'édition/création d'un sample_set2020-09-23T17:36:15+02:00Ryan HerbertTags: Charger les tags publics à l'édition/création d'un sample_setActuellement, on regarde uniquement les tags du groupe du sample_set. On aimerait charger les tags du groupe public à tout moment.Actuellement, on regarde uniquement les tags du groupe du sample_set. On aimerait charger les tags du groupe public à tout moment.Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2751La selection par les labels de certains axes est fausse2018-08-09T14:12:06+02:00Thonier FlorianLa selection par les labels de certains axes est fausseSuite à #2116 et !107, je me suis aperçu que certaines séléctions (qu isont dorenavent misent en avant par le pointeur) ne retourne pas des séléctions adéquates.
* le preset 2 (Vgene/Nlength) selectionne par exemple l'ensemble des clones...Suite à #2116 et !107, je me suis aperçu que certaines séléctions (qu isont dorenavent misent en avant par le pointeur) ne retourne pas des séléctions adéquates.
* le preset 2 (Vgene/Nlength) selectionne par exemple l'ensemble des clones si on clique sur plus ou moins n'importe lequel des labels Nlength.
* Il en va de même pour l'ensemble des axes numériques, avec parfois un simple décalage (clone consensus length en histogramme), ou parfois une séléction completement aléatoire ().
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.11Thonier FlorianThonier Florian