vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-29T08:01:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2704Remplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average len...2017-11-29T08:01:02+01:00Mikaël SalsonRemplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average length » ?La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.
Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar po...La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.
Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar pour tester, à cause de #2703) : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25317&config=2
Quand on regarde la longueur de la séquence consensus, on voit que le clone principal a une longueur un peu inférieure à ses sous-clones, ce qui pourrait donner l'impression d'une sous-population différente.
Mais en fait quand on passe en « clone average read length », on se rend compte que tous ont bien la même taille moyenne de reads.
La différence de longueur de séquence consensus est juste due à l'heuristique de calcul de la consensus et apporte plus de bruit que d'information.
Pour l'instant bloqué par #2703, mais à faire juste après.
cc @flothoniWeb 2017.11