vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-24T12:24:51+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3008Mettre les séquences downstream des J dans les germlines ?2018-07-24T12:24:51+02:00Mikaël SalsonMettre les séquences downstream des J dans les germlines ?Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 ...Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 152 0.163
UNSEG only V/5' -> 34235 223.2
```
Il se trouve que le J (TRGJ2*01) est fortement grignoté (il n'en reste que 11nt, la graine s'étend sur 11 nucléotides…).
Si je mets les fichiers J_downstream dans les germlines, on trouve le clone sans problème :
```
TRG -> 31674 222.2 391 0.012
UNSEG only V/5' -> 3266 237.6
```
Ajouter les J downstream dans les germlines permettrait peut-être d'améliorer la situation pour #1971.
Est-ce que cela pourrait avoir des effets indésirables ? %"Algo 2017.11" ou %"Algo 2018.03" ?Algo 2018.08