vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T15:25:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2281La génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonLa génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En rev...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En revanche hors ligne je n'ai pas de souci (mais c'est peut-être une question d'âge du fichier .vidjil…).
cc @magiraud @flothoni @RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
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Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
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@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1588Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autreLe serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/...Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
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Marc avait l'air motivé, merci :)
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Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL.
Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) :
./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
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Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande
L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)
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@DuezWeb 2017.03Ryan HerbertRyan Herbert