vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-12-04T14:55:54+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2134Permettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlines2017-12-04T14:55:54+01:00Mikaël SalsonPermettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlinesActuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J ...Actuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J » (et éventuellement D) sur la ligne de commande. Dans ce dernier cas, il s'agit d'un germline « custom » qui n'est donc pas assimilé à un germline reconnu et n'a pas d'espèces.
Il serait pratique de ne pouvoir sélectionner que quelques germlines au sein d'un fichier `.germlines`. Par exemple si je veux analyser les kappa avec les incomplets je pourrais faire `-g germline/homo-sapiens.germlines -? IGK,IGK+` (où le `?` est à remplacer par une lettre adéquate). Si je voulais préciser les fichiers V et J sur la ligne de commande, je perdrais la possibilité de séparer les complets des « inhabituels »
@magiraudAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2248Tests should-vdj2017-03-13T19:12:21+01:00Mathieu GiraudTests should-vdj@mikael-s : sauf si tu es dessus, je m'y mets.
Ce sont mes commits du 14 février qui ont mis le bazar (alors que le but était justement de montrer que certains tests passent.)@mikael-s : sauf si tu es dessus, je m'y mets.
Ce sont mes commits du 14 février qui ont mis le bazar (alors que le but était justement de montrer que certains tests passent.)Algo 2017.03Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2179Mettre à jour l'aide2017-02-14T22:56:53+01:00Mathieu GiraudMettre à jour l'aideEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sAlgo 2017.03