vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-17T11:50:31+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3356genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *012018-10-17T11:50:31+02:00Mathieu Giraudgenes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01Depuis !182 :
> > plus généralement, vérifier que cela qu'on extrait du chromosome comprend bien ce qu'on avait dans le gène ?
> Pas encore fait, c'est bien cela ?
`get_updownstream_sequences()` ou d'autres choses autour pourraient v...Depuis !182 :
> > plus généralement, vérifier que cela qu'on extrait du chromosome comprend bien ce qu'on avait dans le gène ?
> Pas encore fait, c'est bien cela ?
`get_updownstream_sequences()` ou d'autres choses autour pourraient vérifier que ce que l'on a dans le génome correspond à notre séquence (ou presque, voir aussi #3301).Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3009Les séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer le...2018-09-01T16:35:50+02:00Mikaël SalsonLes séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer les positions dans le génome, coller up/downCas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la sé...Cas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la séquence (40 de upstream plus 8 de D, 48 en théorie moins les 28 délétions). Hors dans le fichier upstream la séquence ne fait que 42 nt, ce qui ne laisse que 14 nt et la jonction n'est pas détectée (e-valeur trop élevée).
Or nous n'avons que 42 nt car la séquence que nous récupérons est au début du locus de `M22153.1` et l'API du NCBI ne permet pas de récupérer les positions qui précèdent (avec des positions négatives, par exemple).Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3366CI ne lance pas shouldlocus2018-07-12T19:01:19+02:00Mikaël SalsonCI ne lance pas shouldlocusLes tests sur les locus ne sont actuellement pas lancés.
Or des tests peuvent échouer en `shouldlocus` et pas en `shouldvdj`Les tests sur les locus ne sont actuellement pas lancés.
Or des tests peuvent échouer en `shouldlocus` et pas en `shouldvdj`Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3148split-from-imgt.py: garder le tri d'origine pour les germlines up/down2018-07-12T18:26:08+02:00Mikaël Salsonsplit-from-imgt.py: garder le tri d'origine pour les germlines up/downDepuis #3035 (je pense), les germlines ne sont plus dans l'ordre d'origine dans leur fichier final.
Il y avait un côté pratique à avoir les allèles côté à côte quand on regarde un fichier à la main.
Mais il y a surtout ce que fait Cypri...Depuis #3035 (je pense), les germlines ne sont plus dans l'ordre d'origine dans leur fichier final.
Il y avait un côté pratique à avoir les allèles côté à côte quand on regarde un fichier à la main.
Mais il y a surtout ce que fait Cyprien #3080 qui repose sur l'hypothèse que les fichiers sont triés.
Fait-on en sorte que les fichiers soient triés ou fait-on en sorte d'être robuste à cela ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3296L'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affecta...2018-07-12T18:26:07+02:00Mikaël SalsonL'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affectations before et after.Dans !148 un test sur les locus échoue mais ce n'est pas imputable à la MR (voir le job en question : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/117114).
La séquence n'est pas segmentée dans le sens + mais elle est segmentée en xxx da...Dans !148 un test sur les locus échoue mais ce n'est pas imputable à la MR (voir le job en question : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/117114).
La séquence n'est pas segmentée dans le sens + mais elle est segmentée en xxx dans le sens -, ce qui n'est pas forcément choquant. En revanche ce qui est choquant c'est que la séquence ne soit pas segmentée de la même manière dans les deux sens.
Ce type de cas se produit lorsqu'il y a chevauchement entre la fin d'une affectation `before` et le début d'une affectation `after` alors qu'on a atteint la valeur maximale (celle qui sert à déterminer le point de jonction). On a alors un plateau de valeurs maximales.
Le problème c'est que dans un sens les affectations `before` rencontrées sur ce plateau seront comptées comme « à gauche ». Ensuite le ratio entre le nombre à gauche et le nombre à droite risque d'être trop élevé et risque de provoquer une absence de segmentation.Algo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2732Traitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI112018-06-27T16:54:12+02:00Mathieu GiraudTraitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI11Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Algo 2018.08