vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-03-29T19:45:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2239`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`2017-03-29T19:45:07+02:00Mathieu Giraud`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il...Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il s'arrête au `-z 5` et qu'on a ensuite uniquement les fenêtres. À vérifier.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2217Algo: trimSequence ne fait pas ce qu'on attend d'elle2017-03-08T12:19:06+01:00Mikaël SalsonAlgo: trimSequence ne fait pas ce qu'on attend d'elleLe bug #2214 a mis un coup de projecteur sur la fonction `trimSequence`, qui ne fonctionne pas comme elle devrait. Son but : obtenir le plus long facteur dont chaque préfixe et suffixe contient moins de RATIO_TOO_MANY_N % de N. Les (nouv...Le bug #2214 a mis un coup de projecteur sur la fonction `trimSequence`, qui ne fonctionne pas comme elle devrait. Son but : obtenir le plus long facteur dont chaque préfixe et suffixe contient moins de RATIO_TOO_MANY_N % de N. Les (nouveaux) tests montrent que ce n'est pas le cas. Il faut revoir l'algo complètement.
cc @magiraudAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2214Boucle infinie dans le calcul de la représentative2017-03-08T12:19:06+01:00Mikaël SalsonBoucle infinie dans le calcul de la représentativeQuatre Vidjil tournent depuis plus d'un jour (cf. #2213). Il s'agit du même fichier de séquences dans les quatre cas. Le processus boucle sur le 91è clone à segmenter. Ce clone est composé de trois reads (de toute beauté), en voici un :
...Quatre Vidjil tournent depuis plus d'un jour (cf. #2213). Il s'agit du même fichier de séquences dans les quatre cas. Le processus boucle sur le 91è clone à segmenter. Ce clone est composé de trois reads (de toute beauté), en voici un :
```
>M02707:35:000000000-AYHTM:1:1118:11403:1189
CCCNNNNNNNCTCCTGTNNNNNNNCTGGATTNNNNNNNAGTAGCTNNNNNNNGAACTGGNNNNNNNAGGCTCCNNNNNNNGGGCTGGNNNNNNNCTCATCCNTTNNNNGTAGTAGNNNNNNNATATACTNNNNNGACTCAGTGANNNNNNGATTCACCATCTCCNNAGACNACGCCAAGNNCTCACTGTATCNNNNNNNGAACAGCCTGAGAGCCGAGCCACGGGGCTGAGAATACTATTACGATTTTTGGAGTGGTTATCAACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGT
```
C'est bien le calcul de la représentative qui pose problème car le problème est toujours présent avec un `-z 0 -y 100`.
Un test suit dans un commit.
cc @magiraudAlgo 2017.03