vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-23T10:32:17+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4702Productivité et pseudo-gènes2024-02-23T10:32:17+01:00Mathieu GiraudProductivité et pseudo-gènes
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou d...
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou des discordances avec des pseudo-gènes ?
On devrait probablement vérifier cela, ce qui impliquer de parser un peu plus les headers... et/ou, dans `split-germlines.py`, extraire deux fichiers différents, les gènes et les pseudos ?
Y a-t-il un lien avec #3654 ?Algo 2024.04