vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-03-21T19:04:38+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3073Multi-upload : les pre-process ne sont pas lancés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonMulti-upload : les pre-process ne sont pas lancésLors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Lors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3071retour ecran lors d'une erreur de champs pour l'ajout d'un sample2018-03-14T11:20:13+01:00Thonier Florianretour ecran lors d'une erreur de champs pour l'ajout d'un sampleLoi des séries oblige, je suis tombé aujourd'hui sur un bug qui m'a été reporté aussi par un utilisateur.
Lors de l'ajout de sample, j'ai rentré une valeur aberrante dans le champs run. Lorsque je clique sur save, j'ai l’icône `wait`, ...Loi des séries oblige, je suis tombé aujourd'hui sur un bug qui m'a été reporté aussi par un utilisateur.
Lors de l'ajout de sample, j'ai rentré une valeur aberrante dans le champs run. Lorsque je clique sur save, j'ai l’icône `wait`, alors que le serveur est en erreur face à cette valeur inexistante.
Coté log, on a bine une erreur qui s'affiche, mais pour l'utilisateur l'interface est bloquée a mouliner sans que l'on sache pourquoi.
Il faudrait donc penser à avoir un retour en mettant en rouge le fond de la ligne mal renseigné (Je présume en faisant un croiser de l'information et/ou de son type avec la BDD.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3017Multi création de sets : pouvoir retirer un set2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonMulti création de sets : pouvoir retirer un setLorsqu'on crée plusieurs sets on peut s'emballer et en avoir cliqué trop de fois sur « add patient ». Il faut donc avoir moyen d'en retirer.
Il faut aussi pouvoir retirer n'importe quel set (pas forcément le dernier), car avec la créatio...Lorsqu'on crée plusieurs sets on peut s'emballer et en avoir cliqué trop de fois sur « add patient ». Il faut donc avoir moyen d'en retirer.
Il faut aussi pouvoir retirer n'importe quel set (pas forcément le dernier), car avec la création batch de sets (#2878), on pourrait vouloir retirer un des sets qui pourrait être une erreur.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3016Autocomplétion patient/run/set : trier par id décroissant2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonAutocomplétion patient/run/set : trier par id décroissantIl pourrait être bon de trier les patients par ID décroissants pour d'abord avoir accès aux derniers créés (une autre possibilité est de les trier par dernier modifié, mais plus compliqué).Il pourrait être bon de trier les patients par ID décroissants pour d'abord avoir accès aux derniers créés (une autre possibilité est de les trier par dernier modifié, mais plus compliqué).Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2963Auto-complétion au clic avec les derniers set modifiés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion au clic avec les derniers set modifiésUne suggestion faite dans #2961 : lors de l'ajout d'un sample, on pourrait fournir des suggestions dès qu'on clique (ou focus) sur le champ avec les derniers sets ajoutés/modifiés.Une suggestion faite dans #2961 : lors de l'ajout d'un sample, on pourrait fournir des suggestions dès qu'on clique (ou focus) sur le champ avec les derniers sets ajoutés/modifiés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2961Choix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillon2017-12-20T11:52:01+01:00Anne de SeptenvilleChoix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillonJe ne sais pas si c'est voulu, mais lors de l'import d'un nouvel échantillon, l'affichage des derniers sets/runs utilisés sur simple clic dans la case a disparu.
Ce qui oblige à taper du texte et ajoute donc une étape à chaque nouvel éch...Je ne sais pas si c'est voulu, mais lors de l'import d'un nouvel échantillon, l'affichage des derniers sets/runs utilisés sur simple clic dans la case a disparu.
Ce qui oblige à taper du texte et ajoute donc une étape à chaque nouvel échantillon d'un même set/run.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2896Upload d'un sample : choix de n sample sets2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudUpload d'un sample : choix de n sample setsUn seul champ avec #2895.
(Pour l'instant, on oblige au moins 1 set, #2727 à travailler)Un seul champ avec #2895.
(Pour l'instant, on oblige au moins 1 set, #2727 à travailler)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2878Création batch de plusieurs patients/runs/sets2020-10-21T08:26:03+02:00Mathieu GiraudCréation batch de plusieurs patients/runs/setsÀ voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.À voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2764Erreur lors de la suppression d'un sample2018-03-13T15:52:59+01:00Mikaël SalsonErreur lors de la suppression d'un sampleUn utilisateur a eu des erreurs serveurs lors de la suppression d'un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-10-27.14-19-19.1155f8b0-c89a-4a13-b33b-28ecdd947f3fUn utilisateur a eu des erreurs serveurs lors de la suppression d'un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-10-27.14-19-19.1155f8b0-c89a-4a13-b33b-28ecdd947f3fRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2736fuse avec un fichier inexistant (deleted)2021-11-16T16:44:40+01:00Thonier Florianfuse avec un fichier inexistant (deleted)Demande de ~"Paris-Pitié" sur un de leur sample.
Après diverse manipulations sur leurs samples (erreur de fichier loadé et autre), ils ont tenté de supprimer tous les fichiers qui étaient présent et de relancer l'analyse.
Le souci c'e...Demande de ~"Paris-Pitié" sur un de leur sample.
Après diverse manipulations sur leurs samples (erreur de fichier loadé et autre), ils ont tenté de supprimer tous les fichiers qui étaient présent et de relancer l'analyse.
Le souci c'est que le fuse se lance avec en argument une liste entière de fichiers de résultats. Et parmi ceux-ci, il y en a un qui n'existe pas.
Deux points :
* Je ne sais pas pourquoi la liste est longue de près de 36 fichiers (qui existe toujours). Il s'agit des fichiers du set auquel il appartient, mais si on lance par la vue patient il ne devrait pas les inclure non ?
* Je ne sais pas pourquoi ce fichier qui n'existe plus est toujours dans la liste.
@mikael-s ou @RyanHerb : Vous qui avez un accès "direct" à la base vous pouvez m'éclairer svp ?
* Le patient : https://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25216&config=26
* Le fichier inexistant incriminé : `/mnt/data/prod/result/results/results_file.data_file.8527084d8ad5abb9.3033303730332e7669646a696c.txt`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2470Deletion de sample : les résultat reste malgré le choix "delete sequences and...2017-05-22T15:25:32+02:00Thonier FlorianDeletion de sample : les résultat reste malgré le choix "delete sequences and results"Je viens de faire un petit test pour une autre tâche, et je m'aperçoit que le bouton "delete sequences and results" ne donne pas l'effet escompté.
Si je réouvre ce patient, le sample deleté est toujours présent dans le résultat, mais ...Je viens de faire un petit test pour une autre tâche, et je m'aperçoit que le bouton "delete sequences and results" ne donne pas l'effet escompté.
Si je réouvre ce patient, le sample deleté est toujours présent dans le résultat, mais sous la forme "deleted".
Il semble y avoir un souci sur la fonction qui appel le fuse non ?
J'ai essayé de remonter jusqu'a db.call("file/delete, ...), je retombe sur controller/file et la focntion delete() , mais de là, je ne suis pas certain de comprendre la manœuvre.
On supprime une à une les entrées, mais on ne ressource pas l'analyse avec un nouveau fuse, donc l'appel au "results" retourne l'ancien ? correcte ?
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2290Un run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppression2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonUn run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppressionJe ne sais pas si l'erreur est systématique pour le premier run de la liste, mais en tout cas sur app le premier run est inaccessible et provoque une erreur.
L'adresse à laquelle on essaie d'accéder est `https://vda.vidjil.org/vidjil/sa...Je ne sais pas si l'erreur est systématique pour le premier run de la liste, mais en tout cas sur app le premier run est inaccessible et provoque une erreur.
L'adresse à laquelle on essaie d'accéder est `https://vda.vidjil.org/vidjil/sample_set/index?id=None&config_id=-1&` ce qui, évidemment, pose problème.
ID du run en question : 218
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2284SampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILE2017-06-08T11:19:16+02:00Mathieu GiraudSampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILESuite à #2282, on se rend compte qu'il y a du code pour un type `sequence_file`.
@RyanHerb : "@Duez a fait cela à un moment (pour transition, ou pas ?), chaque sample a son sample set."
Est-ce toujours utilisé ou à supprimer ?
...Suite à #2282, on se rend compte qu'il y a du code pour un type `sequence_file`.
@RyanHerb : "@Duez a fait cela à un moment (pour transition, ou pas ?), chaque sample a son sample set."
Est-ce toujours utilisé ou à supprimer ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2234Éditer les samples sets d'un sample : ajouter, supprimer une association à un...2019-03-11T15:05:07+01:00Mikaël SalsonÉditer les samples sets d'un sample : ajouter, supprimer une association à un setSi on fait une erreur et qu'on met le fichier dans le mauvais sample set, il faut pouvoir le déplacer. Là on doit supprimer puis réuploader, c'est lourd.Si on fait une erreur et qu'on met le fichier dans le mauvais sample set, il faut pouvoir le déplacer. Là on doit supprimer puis réuploader, c'est lourd.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2198patient/index et run/index sont-ils encore utiles ?2017-04-28T11:33:05+02:00Mikaël Salsonpatient/index et run/index sont-ils encore utiles ?Lors des modifications pour #2150 (cf. !8), j'ai commencé par modifié les pages index pour patient et run (fonctions `index` dans `controllers/{patient,run}.py` et les vues correspondantes). Après avoir testé je me suis rendu compte que ...Lors des modifications pour #2150 (cf. !8), j'ai commencé par modifié les pages index pour patient et run (fonctions `index` dans `controllers/{patient,run}.py` et les vues correspondantes). Après avoir testé je me suis rendu compte que ça ne se passait plus du tout là (mais en fait dans la fonction `all` de `controllers/sample_set.py`).
Ce code est-il encore utilisé quelque part ? Si non peut-on le virer ? Et peut-on virer tous les contrôleurs de ces fichiers ou juste les contrôleurs `index` ?
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2150Voir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateurs2017-03-16T15:14:55+01:00Mathieu GiraudVoir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateursCe serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there b...Ce serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there be a possibility of only viewing the samples of for example VLK 2014. Now, I see all the patients - of both projects - and *can’t see which patient belongs to which project.*
Mais... n'est-ce pas ce que nous voyons déjà, en tant qu'admin ?
Bref, ne suffirait-il pas de mettre la colonne visible pour tous, quitte à retravailler un peu ce qu'il y a dedans (ne pas afficher les groupes uXX) ?
@RyanHerb @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2102Téléchargement des fichiers fused et analyse2017-03-22T13:11:46+01:00Mikaël SalsonTéléchargement des fichiers fused et analyseIl est possible de télécharger un fichier fused depuis l'interface d'un sample set. Quand on sélectionne une config, un lien apparaît en bas à droite afin de télécharger le fichier fused ou son analyse. Or le fichier qui est proposé au t...Il est possible de télécharger un fichier fused depuis l'interface d'un sample set. Quand on sélectionne une config, un lien apparaît en bas à droite afin de télécharger le fichier fused ou son analyse. Or le fichier qui est proposé au téléchargement est celui directement stocké sur disque alors que le fichier proposé au client (lors de la visualisation à travers le browser) passe par le contrôleur `get_data` (de même que le fichier analyse passe par le contrôle `get_analysis`).
Il serait cohérent que les fichiers téléchargés soient les mêmes que ceux servis par le client et donc, que dans tous les cas les fichiers passent par le contrôleur correspondant (`get_data` ou `get_analysis`).
Discuté avec @flothoni et @RyanHerb en débuggant #2101.
@magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2090Erreur de chargement de fichier sans association à un sample set2017-03-14T11:18:27+01:00Ryan HerbertErreur de chargement de fichier sans association à un sample setAu moment de charger un fichier ou d'éditer un fichier existant il est possible de ne sélectionner aucun patient/run/sample set. Actuellement cela ne renvoi pas sur le formulaire avec un message approprié, mais provoque à la place une er...Au moment de charger un fichier ou d'éditer un fichier existant il est possible de ne sélectionner aucun patient/run/sample set. Actuellement cela ne renvoi pas sur le formulaire avec un message approprié, mais provoque à la place une erreur serveur.
@magiraud @mikael-s