vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-29T14:32:55+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4498Création multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est vide2020-09-29T14:32:55+02:00Mikaël SalsonCréation multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est videJe suis dans cette situation-là
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Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets...Je suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets quelque chose sur une des lignes de la dernière colonne c'est ok.
Même problème si c'est la 1è colonne.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4392Sample apparaissant en double dans la vue database2020-07-01T11:32:05+02:00Thonier FlorianSample apparaissant en double dans la vue databaseJ'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (...J'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (`default` par exemple), je me retrouve alors avec une seule occurrence de chaque sample.
Le nombre de fois ou un sample est visible n'est pas constant non plus. Certain apparaissent 2 fois, d'autre 3 et enfin un 4fois.
![Screenshot_20200701_105823](/uploads/db698ee347b8f5b24b250f263471905f/Screenshot_20200701_105823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4229Il n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coup2020-04-09T16:02:07+02:00Thonier FlorianIl n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coupEn voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en lo...En voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en local sur une branche de travail, j'ai aussi testé sur dev. Et le problème est le même. En revanche, sur app, pas de souci.
Je ne sais pas encore si c'est côté serveur ou client. Je penche quand même pour e second car je ne vois pas d'échange avec le serveur dans la console. Je vais faire un bisect pour retrouver l'origine.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4158Il est possible d'avoir plusieurs fois le même run pour un sample2020-01-24T09:40:11+01:00Thonier FlorianIl est possible d'avoir plusieurs fois le même run pour un sampleLorsque l'on assigne des liens vers des patients/runs, il est possible d'avoir plusieurs fois la même entrée. Dans ce cas, à la validation, nous nous retrouvons avec des entrées multiples dans la liste des samples du run par exemple.
Si ...Lorsque l'on assigne des liens vers des patients/runs, il est possible d'avoir plusieurs fois la même entrée. Dans ce cas, à la validation, nous nous retrouvons avec des entrées multiples dans la liste des samples du run par exemple.
Si on est inattentif au fait qu'un lien vers un run est déjà présent dans le `common sets` l'erreur est possible.
Il faudrait que la liste des liens apparaissant tiennent compte du contenu du common set et des sets déjà ajoutés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3972Supprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur2020-06-25T16:35:23+02:00Thonier FlorianSupprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me s...~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me suis aperçu que l'on passait de la ligne 11 à 13.
J'ai réessayé de provoquer l'erreur sur dev et il l'erreur est parfaitement reproductible.
J'ai localisé une ligne dans un fichier du serveur qui iter sur le nombre d’élément passé en POST je crois, et en déduisait des noms de lignes/div (ou une approche similaire). Comme elle était incapable de trouver la 12, il y avait une erreur.
Je recherche la ligne incriminée.
Ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3622set_token est présent à trop d'endroits2018-11-13T17:09:41+01:00Mikaël Salsonset_token est présent à trop d'endroitsDepuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui do...Depuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui donne une tête bizarre. Il est également présent dans le lien de téléchargement du `.vidjil`, ce qui donne au fichier un nom non désiré. Il est également présent dans le menu *patients* (tout en haut), si jamais on a visité plusieurs patients différents.
J'imagine qu'il y a peut-être d'autres endroits.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3491Numerotation samples lors de l'ajout2018-10-01T16:19:56+02:00Anne de SeptenvilleNumerotation samples lors de l'ajoutJe veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, cel...Je veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, celui-ci prend en compte la suppression.
Pour les 2 samples qui ont le même numéro, je peux leur choisir des fastq différents, mettre des informations différentes, mais pas les associer à des patients/sets/runs différents dans le dernier champ de la ligne. Quand je clique dans le champ du 2e sample, cela fait revenir le pointeur dans la case du 1er sample.
![Sample_list](/uploads/a177762ce4e44368ba6f7c120f4a9cf6/Sample_list.png)
Visiblement si la numérotation n'est pas correcte, une fenêtre "error" s'ouvre et l'import ne se fait pas.
(c'est bête vu le temps que j'ai passé à remplir toutes les lignes !!)
J'ai supprimé toutes les lignes mal numérotées (à partir du sample 6 pour mon run) et redemandé l'import -> cette fois les fastq sont bien importés. Mais j'ai 5 samples "fantômes" qui sont apparus dans le run. Je les ai supprimé mais le merge des R1 et R2 semble toujours en pause...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3280Les nouveaux samples sont ajoutés de multiple fois2022-12-20T13:40:26+01:00Thonier FlorianLes nouveaux samples sont ajoutés de multiple foisIl s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 ...Il s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 l'est 3 fois, ...).
Il me semble qu'il y avait déjà eu ce souci et que nous l'avions corrigé. Je ne me souviens pas si il s'agit d'une erreur dans l'entrée dans la base de données, ou bien d'une boucle dans le script d'affichage.
@RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3255Ajout de samples : interdire de mettre en « specific set » le sample set qui ...2020-01-24T09:40:10+01:00Mikaël SalsonAjout de samples : interdire de mettre en « specific set » le sample set qui est déjà « common set »Cela évitera des doublons dans la base de données, et dans le sample set. Voir #3253Cela évitera des doublons dans la base de données, et dans le sample set. Voir #3253https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3140Les flèches < > sur un sample set amènent à un autre sample set complètement ...2018-04-06T07:07:21+02:00Mikaël SalsonLes flèches < > sur un sample set amènent à un autre sample set complètement randomUn problème peut-être similaire à #3138 ?
En attendant une correction je vais virer à la main les flèches…Un problème peut-être similaire à #3138 ?
En attendant une correction je vais virer à la main les flèches…https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3138Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets ...2018-04-05T19:00:00+02:00Mikaël SalsonLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets créésConstaté sur les comptes 48 ou 70 qui ont utilisé la nouvelle fonctionnalité.Constaté sur les comptes 48 ou 70 qui ont utilisé la nouvelle fonctionnalité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3098Un sample peut apparaître deux fois dans un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudUn sample peut apparaître deux fois dans un setVu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être jus...Vu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être juste au niveau du controlleur qui reçoit qu'une seule association soit créée et pas deux.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3092Edit information sur un sample set renvoie une 4042018-03-22T09:59:19+01:00Mikaël SalsonEdit information sur un sample set renvoie une 404Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3077Erreur serveur en visualisant des résultats sur la branche feature-w/multi_up...2018-04-05T17:26:31+02:00Mikaël SalsonErreur serveur en visualisant des résultats sur la branche feature-w/multi_uploadL'accès à ces données : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=42&config=3 produit une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.19-11-26.f7e19838-ecf0-4300-a717-4295f8f075e8) si...L'accès à ces données : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=42&config=3 produit une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.19-11-26.f7e19838-ecf0-4300-a717-4295f8f075e8) si dev est sur la branche `feature-w/multi_upload` mais pas si elle est sur la branche `dev` :
```
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group_id'
```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3073Multi-upload : les pre-process ne sont pas lancés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonMulti-upload : les pre-process ne sont pas lancésLors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Lors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3070Mise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jour2020-01-23T19:37:52+01:00Thonier FlorianMise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jourAujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont ...Aujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont été changées est toujours proposé sous l'ancienne dénomination et non pas la nouvelle, par laquelle il est inaccessible.
@RyanHerb @magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerb