vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-03T14:41:26+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4169Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés2020-02-03T14:41:26+01:00Anne de SeptenvilleAjout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importésParfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !Parfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4157En mode édition d'un sample, mieux indiquer la zone d'édition du lien patient...2020-01-23T17:47:00+01:00Thonier FlorianEn mode édition d'un sample, mieux indiquer la zone d'édition du lien patient/runNe fonctionne pas : testé et reproductible.
Si on ouvre pour édition un sample, nous ne pouvons pas modifié la liste des lien patient/run.Ne fonctionne pas : testé et reproductible.
Si on ouvre pour édition un sample, nous ne pouvons pas modifié la liste des lien patient/run.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3865Pouvoir supprimer la première ligne d'un formulaire de création d'un sample s...2019-03-28T14:00:33+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer la première ligne d'un formulaire de création d'un sample set (patient/run/set)Au final, qu'importe si on clique sur ce bouton depuis patient, run ou sets, on arrive sur la même page.
Dans ce cas autant les dénommé pareil, pourquoi pas "create patient/run/set" ? Mieux ? Plus court ?
Pour la petite histoire, un ut...Au final, qu'importe si on clique sur ce bouton depuis patient, run ou sets, on arrive sur la même page.
Dans ce cas autant les dénommé pareil, pourquoi pas "create patient/run/set" ? Mieux ? Plus court ?
Pour la petite histoire, un utilisateur a sous mes yeux preferer cliquer sur runs pour en creer un alors qu'il avait le bouton create patient sous les yeux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3781Association de samples à sample sets : documenter, mieux indiquer2020-01-23T17:47:24+01:00Mathieu GiraudAssociation de samples à sample sets : documenter, mieux indiquerÉditer le texte du bouton pour dire que cela permet de changer les associations d'un set.
Documenter dans `user.md` comment gérer ces associations.Éditer le texte du bouton pour dire que cela permet de changer les associations d'un set.
Documenter dans `user.md` comment gérer ces associations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3753Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set2019-03-11T16:20:36+01:00Anne de SeptenvilleAffichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/setPour des samples déjà analysés, si j'associe ce sample à un patient à posteriori, le lien vers l'analyse n'apparait pas sur la page principale de la liste des patients.Pour des samples déjà analysés, si j'associe ce sample à un patient à posteriori, le lien vers l'analyse n'apparait pas sur la page principale de la liste des patients.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3407Décoration des champs du contrôleur multi samples2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonDécoration des champs du contrôleur multi samplesPour #2235, #2875Pour #2235, #2875Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3306Vue générique multi-samples : récupérer la liste des sample sets, factoriser ...2018-07-18T18:32:07+02:00Mathieu GiraudVue générique multi-samples : récupérer la liste des sample sets, factoriser les sample sets communsPour arriver à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2235#note_84725, alors qu'on part d'un ensemble de samples :
- récupérer tous les sample sets
- factoriser ce qu'il faut pour afficher les sample sets communsPour arriver à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2235#note_84725, alors qu'on part d'un ensemble de samples :
- récupérer tous les sample sets
- factoriser ce qu'il faut pour afficher les sample sets communsRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3255Ajout de samples : interdire de mettre en « specific set » le sample set qui ...2020-01-24T09:40:10+01:00Mikaël SalsonAjout de samples : interdire de mettre en « specific set » le sample set qui est déjà « common set »Cela évitera des doublons dans la base de données, et dans le sample set. Voir #3253Cela évitera des doublons dans la base de données, et dans le sample set. Voir #3253https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3183Un sample devrait appartenir à au plus un patient et au plus un run2018-06-18T10:49:11+02:00Mathieu GiraudUn sample devrait appartenir à au plus un patient et au plus un runVu de la db, les patients/runs/sets sont la même chose. Pas pour les utilisateurs et le ~"bio-control".
On pourrait limiter l'appartenance d'un set à au plus un patient et un run.
Cette limitation ne serait pas "dure" dans la DB (on ne ...Vu de la db, les patients/runs/sets sont la même chose. Pas pour les utilisateurs et le ~"bio-control".
On pourrait limiter l'appartenance d'un set à au plus un patient et un run.
Cette limitation ne serait pas "dure" dans la DB (on ne change pas les tables), uniquement soft sur les formulaires qui font l'assignation (voire sur les contrôleurs derrière).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3179incohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillon2018-06-13T17:40:07+02:00Thonier Florianincohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillonA l'usage et suite à une demande de ~"LIL-Lille" , je me rend compte que nous avons un comportement contre-intuitive lors de la modification d'un échantillon.
![Screenshot_20180417_100607](/uploads/a34ad91fcbb112260b29de3935e7943b/Scree...A l'usage et suite à une demande de ~"LIL-Lille" , je me rend compte que nous avons un comportement contre-intuitive lors de la modification d'un échantillon.
![Screenshot_20180417_100607](/uploads/a34ad91fcbb112260b29de3935e7943b/Screenshot_20180417_100607.png)
Sur l'image présente, on peux voir l'ajout multiple d'échantillons. Pour spécifier les sets, nous avons deux champs: le premier en haut permet de spécifier les champs communs à tous les échantillons; le second, en bout de chaque ligne d'échantillon, permet d'ajouter une donnée spécifique à cet échantillon.
Lorsque l'on passe en modification d'un échantillon, on retrouve la même disposition. En revanche, celui qui est tout en haut devient le champ `sets` (pour un seul échantillon, nous n'avons plus besoin du champ `common sets`). Celui en bout de ligne (précédemment `sets`) est désactivé.
Je pense que l'on peux intervertir les deux dans cette vue.
Ps: prévenir ~"LIL-Lille"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3124La touche TAB valide l'autocomplétion du set2019-02-28T12:38:03+01:00Mikaël SalsonLa touche TAB valide l'autocomplétion du setLorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez su...Lorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez sur TAB a pour effet de valider le premier élément de la liste (pour peu qu'elle ait déjà été chargée). Rappuyer sur TAB… renouvelle le processus. Si bien qu'il n'est pas possible de quitter ce champ en appuyant sur TAB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3098Un sample peut apparaître deux fois dans un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudUn sample peut apparaître deux fois dans un setVu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être jus...Vu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être juste au niveau du controlleur qui reçoit qu'une seule association soit créée et pas deux.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3070Mise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jour2020-01-23T19:37:52+01:00Thonier FlorianMise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jourAujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont ...Aujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont été changées est toujours proposé sous l'ancienne dénomination et non pas la nouvelle, par laquelle il est inaccessible.
@RyanHerb @magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2941Affichage du nombre de patients/runs/sets2018-03-22T14:50:48+01:00Mathieu GiraudAffichage du nombre de patients/runs/setsDepuis la pagination, l'info sur le nombre de patients est généralement fausse (ou elle montre ce qui est sur la page).
@mikael-s : "C'est tout de même parfois pertinent, en résultat de recherche"
Corriger si possible (pas sûr, ~"serve...Depuis la pagination, l'info sur le nombre de patients est généralement fausse (ou elle montre ce qui est sur la page).
@mikael-s : "C'est tout de même parfois pertinent, en résultat de recherche"
Corriger si possible (pas sûr, ~"server-speed") ou sinon l'enlever pour la vue par défaut.
@mikael-s : "On a bien une bonne info quelque part, voir la page des users."
Voir aussi #1682.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2937Savoir quand on a mis à jour les sets2019-02-28T12:40:32+01:00Mathieu GiraudSavoir quand on a mis à jour les setsDiscuté avec @RyanHerb, je me l'étais aussi souvent dit récemment.
Quand on arrive sur une liste de patients/runs/sets, on aimerait savoir quand a été mis à jour chaque set. Que ce soit quand on fait du ~"server-admin" (savoir quand est...Discuté avec @RyanHerb, je me l'étais aussi souvent dit récemment.
Quand on arrive sur une liste de patients/runs/sets, on aimerait savoir quand a été mis à jour chaque set. Que ce soit quand on fait du ~"server-admin" (savoir quand est-ce que l'on a touché à tel ou tel set)... mais même en routine. Si on a travaillé récemment sur certains sets en ajoutant des fichiers, c'est normal qu'on aie à en discuter en réunion patients ou autre juste après. Au passage, sur ~"dev-gitlab", ma vue par défaut est souvent le `Last updated`...
Le tri actuel, par ordre de création de patient, est peu pertinent dans le passé (surtout qu'on ne voit pas quand les patients ont été créés, ce qui pourrait aussi être une info intéressante.)
Pistes à discuter :
- avoir une colonne `last updated` qui indique la dernière action faite sur un set (upload, run, save analysis, et même un ~"server-fuse" implicite ?). Est-ce que cette colonne devrait être calculée à partir de notres infos (hum, ~"server-speed" ?) ou une nouvelle colonne ?
- l'afficher sur la liste des sets
- pouvoir trier par la colonne
- et peut-être même que... le tri par cette colonne pourrait être la vue par défaut ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2893Erreur serveur à la suppression de sample sets2018-09-24T15:53:02+02:00Mikaël SalsonErreur serveur à la suppression de sample setsRennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db....Rennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/149.132.237.26.2017-11-22.14-58-43.1e393560-8065-4d7f-9485-b3deb6e57993) et de [Necker](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-11-22.09-26-23.aef4127b-ec25-4be1-a641-45bdf3c6e5dc) il y a quelques jours.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2888Création batch de plusieurs patients: vérification d'erreurs, doublons, et de...2020-09-16T15:25:20+02:00Mathieu GiraudCréation batch de plusieurs patients: vérification d'erreurs, doublons, et demande de confirmation@flothoni, dans #1362 :
> Pour avoir accéder à des base de données hospitalières, il n'est pas rare de voir des fautes de frappe, des noms mal orthographiés, ... Si la création du patient passe par ce procédé, on risque d'ouvrir la port...@flothoni, dans #1362 :
> Pour avoir accéder à des base de données hospitalières, il n'est pas rare de voir des fautes de frappe, des noms mal orthographiés, ... Si la création du patient passe par ce procédé, on risque d'ouvrir la porte à des erreurs.
Même dans le cas d'une création de patients séparée #2878, il faut faire attention à ne pas créer `Dupont` si `Dupond` est déjà là, si c'est une erreur, mais l'autoriser si ce sont deux patients vraiment différents. Et deux patients différents peuvent avoir le même nom !
Cette issue réfléchit donc à que faire lors de la création d'un patient (que ce soit depuis #1362 ou #2878) :
- Afficher un tableau avec "this request will create the following patients :"
- Détecter des erreurs potentielles (type distance proche), mettre un warning
- Demander confirmation avant de réellement créer les patients.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2875Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)2024-02-14T10:49:13+01:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.