vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-03T12:42:36+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3152Afficher les primers/amorces dans le client2021-10-08T11:45:30+02:00Mathieu GiraudAfficher les primers/amorces dans le clientDiscuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Discuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2021-07-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5055Add a basket of sample to manipulate2022-07-26T10:24:26+02:00Thonier FlorianAdd a basket of sample to manipulateFor statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to h...For statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to have a button that allow to add sample to a basket that can be accesed for batch modification (change tags, add them to the same set, ..) or to compare them with statsQC.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4901Erreur serveur lors de l'utilisation de QC-stats2022-05-03T15:34:53+02:00Mikaël SalsonErreur serveur lors de l'utilisation de QC-statsSur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File...Sur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1194, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1015, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 984, in getStatData
r[head] = model.decorate(r[head])
KeyError: 'pre process'
```
À corriger/tester.
Peut-être en lien avec #4840 ?Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4577qc-stats : Un même échantillon est présent plusieurs fois2022-07-19T15:36:08+02:00Mikaël Salsonqc-stats : Un même échantillon est présent plusieurs foisÀ l'heure actuelle on a pu constater sur des données de ~"Paris-Pitié" qu'un échantillon est présent dans la vue qc-stats autant de fois qu'il est présent dans un sample set.À l'heure actuelle on a pu constater sur des données de ~"Paris-Pitié" qu'un échantillon est présent dans la vue qc-stats autant de fois qu'il est présent dans un sample set.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4536Rendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciens2020-12-02T14:47:15+01:00Mathieu GiraudRendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciensDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x ...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x in data['samples']['original_names']]
result_index = basenames.index(os.path.basename(res['sequence_file']))
ValueError: 'sequence_file.data_file.b(...)7a.gz' is not in list
```
Est-ce un fichier non dispo / trop ancien ? On suppose que original_names est bien renseigné, mais... si ce n'est pas le cas ? Par exemple ignorer ce fichier et passer à la suite ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4533compare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de pa...2024-02-21T14:12:33+01:00Mathieu Giraudcompare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de patients sont accessibles ne devrait pas bloquer le serveurAppuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500...Appuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500 dernier sets ?) pour qu'un simple clic ne bloque pas toutWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4500Vue QC : accéder au sample2022-07-26T09:44:22+02:00Mikaël SalsonVue QC : accéder au sampleLorsqu'on est sur la vue QC, on aimerait ensuite passer à la vue du patient en question.Lorsqu'on est sur la vue QC, on aimerait ensuite passer à la vue du patient en question.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4291getFusedStats : récupère-t-on les bonnes infos ?2022-07-19T15:17:57+02:00Mikaël SalsongetFusedStats : récupère-t-on les bonnes infos ?
Suite à #4290 je me demande si on récupère toujours les bonnes infos, en particulier sur le clone principal pour lequel on fait (dans `sample_set.py`) :
```python
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
```
Or rien ne garantit ...
Suite à #4290 je me demande si on récupère toujours les bonnes infos, en particulier sur le clone principal pour lequel on fait (dans `sample_set.py`) :
```python
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
```
Or rien ne garantit que ce premier clone fasse partie du fichier résultat. Pour les autres infos on va chercher dans la liste des résultats à la bonne place (à l'indice `result_index`). Mais pour le clone principal le `top` n'est pas une liste. Il faudrait voir parmi les différents `"top": 1` d'un fichier `fused` lequel a le plus de reads pour le fichier concerné (mais pour connaître tous les `"top": 1` faut-il parcourir tous les clones ou a-t-on la garantie qu'ils sont au début ?).Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4290getFusedStats : erreur quand un clone n'a pas de nom2020-05-27T11:31:15+02:00Mikaël SalsongetFusedStats : erreur quand un clone n'a pas de nomPour #3530 j'ai lancé un essai qui a planté à cause de
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/s...Pour #3530 j'ai lancé un essai qui a planté à cause de
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1099, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 927, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 887, in getStatData
d = getFusedStats(fuse)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 756, in getFusedStats
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
KeyError: 'name'
```
En effet le clone dans ce fichier `fused` (`fused_file.fused_file.8b52253674a3c8e6.3034343635382d32383737302e6675736564.fused`) n'a pas de nom. Ça peut arriver.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4069Afficher les index de diversité en statistiques patient/run/set2024-02-06T16:58:36+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité en statistiques patient/run/setDemande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif ...Demande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif avec ces infos, ainsi que le % de reads appariés et le % de reads abalysés.
Voir #3171, #3496... toute la partie sur les ~"server-qc-stats" fait partie d'un point qui va être traité par @RyanHerb, entre janvier et mars 2020.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3539Export CSV de stats / qualité2024-01-18T15:28:01+01:00Mathieu GiraudExport CSV de stats / qualitéSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3528StatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)2018-10-05T18:19:40+02:00Mikaël SalsonStatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)Sur `dev` pour le run 26863Sur `dev` pour le run 26863https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3527Genescan et position y2018-10-05T19:24:07+02:00Mathieu GiraudGenescan et position yhttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3526Stats et genescan : ne pas décaler les valeurs2018-10-05T19:08:24+02:00Mathieu GiraudStats et genescan : ne pas décaler les valeursVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3525Stats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les...2018-10-05T19:09:17+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les pages des runs/patients/sets concernésRyan HerbertRyan Herbert