vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-07-26T10:24:26+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5055Add a basket of sample to manipulate2022-07-26T10:24:26+02:00Thonier FlorianAdd a basket of sample to manipulateFor statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to h...For statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to have a button that allow to add sample to a basket that can be accesed for batch modification (change tags, add them to the same set, ..) or to compare them with statsQC.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4536Rendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciens2020-12-02T14:47:15+01:00Mathieu GiraudRendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciensDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x ...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x in data['samples']['original_names']]
result_index = basenames.index(os.path.basename(res['sequence_file']))
ValueError: 'sequence_file.data_file.b(...)7a.gz' is not in list
```
Est-ce un fichier non dispo / trop ancien ? On suppose que original_names est bien renseigné, mais... si ce n'est pas le cas ? Par exemple ignorer ce fichier et passer à la suite ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4533compare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de pa...2024-02-21T14:12:33+01:00Mathieu Giraudcompare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de patients sont accessibles ne devrait pas bloquer le serveurAppuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500...Appuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500 dernier sets ?) pour qu'un simple clic ne bloque pas toutWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4290getFusedStats : erreur quand un clone n'a pas de nom2020-05-27T11:31:15+02:00Mikaël SalsongetFusedStats : erreur quand un clone n'a pas de nomPour #3530 j'ai lancé un essai qui a planté à cause de
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/s...Pour #3530 j'ai lancé un essai qui a planté à cause de
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1099, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 927, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 887, in getStatData
d = getFusedStats(fuse)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 756, in getFusedStats
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
KeyError: 'name'
```
En effet le clone dans ce fichier `fused` (`fused_file.fused_file.8b52253674a3c8e6.3034343635382d32383737302e6675736564.fused`) n'a pas de nom. Ça peut arriver.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4069Afficher les index de diversité en statistiques patient/run/set2024-02-06T16:58:36+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité en statistiques patient/run/setDemande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif ...Demande de @Anne, initialement dans #4038 :
> Est-ce que ça serait possible d'avoir un bouton sur la page du run ou du set ? Qui donnerait cette valeur pour tous les patients du run/set. Ce serait super d'avoir un tableau récapitulatif avec ces infos, ainsi que le % de reads appariés et le % de reads abalysés.
Voir #3171, #3496... toute la partie sur les ~"server-qc-stats" fait partie d'un point qui va être traité par @RyanHerb, entre janvier et mars 2020.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3539Export CSV de stats / qualité2024-01-18T15:28:01+01:00Mathieu GiraudExport CSV de stats / qualitéSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3510StatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaire2022-07-26T10:04:14+02:00Thonier FlorianStatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaireL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentagesL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentageshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3493Stats et icône de relance2024-02-14T10:49:13+01:00Mathieu GiraudStats et icône de relanceÀ terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentair...À terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentaire.
Vérifier aussi qu'elle fait un ~"server\-fuse" en sortie.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3456Widget liste des locus2018-10-08T10:59:19+02:00Mathieu GiraudWidget liste des locusVoir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.Voir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3454Afficher le nombre de clones supérieur à 5%2022-07-26T11:54:36+02:00Mathieu GiraudAfficher le nombre de clones supérieur à 5%Voir #3407.
On se demande si c'est redondant ou pas. Peut-être pas le plus important ? Bof, à faire quand même.Voir #3407.
On se demande si c'est redondant ou pas. Peut-être pas le plus important ? Bof, à faire quand même.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3409Modéliser / représenter la "read distribution"2023-06-28T18:17:49+02:00Mathieu GiraudModéliser / représenter la "read distribution"Voir #3408 et #3407.
> reads distrbution : l'histogramme montre le % de reads dans des clones ≥ 10%, compris entre 1% et 10%, compris entre 0,1% et 1%, etc. La hauteur peut être relative au nombre de reads du sample
Tous les 10%, propo...Voir #3408 et #3407.
> reads distrbution : l'histogramme montre le % de reads dans des clones ≥ 10%, compris entre 1% et 10%, compris entre 0,1% et 1%, etc. La hauteur peut être relative au nombre de reads du sample
Tous les 10%, proportion des reads ? Est-ce qu'on arrive à mettre dessus l'info sur le nombre de clones ?
En gros voir d'un coup d'oeil si c'est monoclonal / polyclonal / autre.
Autre option (peut-être aussi issue), le nombre de reads pour le top 20/50 clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3216Utilisation des séquences "cibles"2023-06-28T16:58:04+02:00Thonier FlorianUtilisation des séquences "cibles"Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra...Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra d’avoir des critères d’acceptation du run.
Pour ce faire, il faut faire une recherche de cette cible sur l’ensemble des samples sélectionnées:
* Premier point : il faut déjà pouvoir spécifier la cible.
* Pouvons-nous nous contenter de le faire sur la liste des clones disponible dans les fichiers vidjil ? Nous pourrions alors passer à côté d'une séquence qui ne correspond pas à un clone du top 100, mais qui pourrait avoir son intérêt quand même.
* Rechercher sur le fichier source de séquençage ? Certainement plus long d'un point de vue informatique, mais cela reste-t-il de l'ordre du raisonnable ?
* Faudra-t-il utiliser des séquences dégénérées ?
Autre solution: passer par cloneDB. Serait-ce plus simple d'un point de vue technique ? Cela permettrai-t-il la même granulométrie dans la recherche pour l'inclusion des divers échantillons ?
@Patrick : Aurais-tu un exemple de cible que tu cherches , les samples associés, et ce que tu as (ou t'attends) a retrouver stp ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3171Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille2024-02-21T14:12:12+01:00Mathieu GiraudStatistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de batailleDiscuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vid...Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vidjil` #3041
- qui récupère des infos des `.vidjil` #3172 (donc #2240)
- puis vue générique #2235 (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)
Premier but: commencer déjà par infos présentes dans `.vidjil`, typiquement *nombre de reads segmentées* et *clone principal avec son abondance*.
**Puis**
- (Jouable) Plus d'infos dans le `.vidjil`, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo
- les `UNSEG` triés #3049
- warnings par clone / sample #3086 #3060. Documenter, en faire de nouveaux
- (Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 pour QC, contrôles
- ~"!-hard" plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168
- Présence des primers #3152 #1253
- ~"!-hard" (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054)Web 2024.04CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3168Warnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateur2018-09-14T12:07:14+02:00Mathieu GiraudWarnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateurPlus fort que #2875.
Profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateurPlus fort que #2875.
Profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3049Mettre en json structué des infos pour l'instant dans le log2022-07-26T09:51:51+02:00Mathieu GiraudMettre en json structué des infos pour l'instant dans le log@flothoni dans #2235 :
> Discuté hier: pose la question d'avoir les données au format structuré dans le json et non plus en string.@flothoni dans #2235 :
> Discuté hier: pose la question d'avoir les données au format structuré dans le json et non plus en string.json-exporthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2875Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)2024-02-14T10:49:13+01:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.