vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:31:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1081Utiliser le nouveau format .analysis2016-11-29T14:31:34+01:00Vidjil TeamUtiliser le nouveau format .analysissur branche à part
***
La semaine prochaine? On essaie déjà de mettre en prod le server avant
***
- s'assurer que les fichiers sur bx.vidjil.org sont au nouveau format
- message d'erreur si le fichier est à l'ancien format
***
le format...sur branche à part
***
La semaine prochaine? On essaie déjà de mettre en prod le server avant
***
- s'assurer que les fichiers sur bx.vidjil.org sont au nouveau format
- message d'erreur si le fichier est à l'ancien format
***
le format analysis '2014.09' est ok
TODO : supprimer le fallback '2014.02'
***
Euh... je ne vois plus les fichiers analysis d'avant (testé pour Van Cel, Lec Lec...)
Est-ce parce que le parser 2014.02 ne marche plus trop ?
Uncaught TypeError: Cannot read property 'length' of undefined model.js:694
***
fallback '2014.02' retiré
les fichiers analysis sur la db sont tous au format '2014.09'
***
Désolé d'insister, mais je ne vois toujours pas les .analysis (Van Cel par exemple)
(Safari: TypeError: 'undefined' is not an object (evaluating 'c.length'))
***
Mikaël, est-ce que cela marche pour toi ?
***
Ah, cela commence à fonctionner. C'est de ma faute, je n'avais pas tout rafraîchi ?
On fera ensemble une passe sur les patients mardi
***
Que fait-on pour les fichiers existants sur bioinfo.lifl.fr ? Est-ce qu'on reste avec ces vieux fichiers (ce qui va nous poser problème un jour ou l'autre) ? Ou est-ce qu'on les convertit et si oui comment ?
Par exemple pour le run de Necker qui a tourné avec une version récente de Vidjil, sauf que bioinfo n'a pas la dernière version du browser. Si je passe à la dernière version du browser, je casse tout pour les autres utilisateurs… (qui ont des vieux fichiers)
***
Proposition :
- on ne casse pas bioinfo, on le laisse à la vieille version, jusqu'à ce que tout nos utilisateurs soient migrés vers rbx.
Et donc pour Necker, deux solutions :
- on relance le run avec la vieille version (branche vidjil.org)
- un jour, on les met sur le serveur
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1173Nouveau format .data : discuter, implémenter, réparer les unit tests :)2016-11-29T14:32:45+01:00Vidjil TeamNouveau format .data : discuter, implémenter, réparer les unit tests :)Branche "data"
Pourquoi haute priorité ?
Avant de faire une migration de tout le monde vers rbx.vidjil.org (et donc de tout relancer), on a intérêt a avoir un .data aussi stable (et pensé pour le multi-germline qui arrive).
***
DL au 15...Branche "data"
Pourquoi haute priorité ?
Avant de faire une migration de tout le monde vers rbx.vidjil.org (et donc de tout relancer), on a intérêt a avoir un .data aussi stable (et pensé pour le multi-germline qui arrive).
***
DL au 15/10 → pour ensuite envoyer la doc à Jack
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1244versions 2014.10 et .09 : deux limites différentes2016-11-29T14:33:41+01:00Vidjil Teamversions 2014.10 et .09 : deux limites différentesdescendu, on arrive à vivre avec
***
@Duezdescendu, on arrive à vivre avec
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1370export du C++ vers le fichier .vidjil (comme pour "seg" ?)2016-11-29T14:35:26+01:00Vidjil Teamexport du C++ vers le fichier .vidjil (comme pour "seg" ?)
***
#1369
***
#1369https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1371détecter Cys, Phe/Trp, "vers le bon endroit" (pas trop loin de la window)2016-11-29T14:35:26+01:00Vidjil Teamdétecter Cys, Phe/Trp, "vers le bon endroit" (pas trop loin de la window)
***
#1369
***
#1369https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1602Sauvegarder les changements de germline et gènes dans le fichier .analysis2016-11-29T14:38:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder les changements de germline et gènes dans le fichier .analysisLorsque les tâches « changer les gènes V/D/J d'un clone », « changer le germline d'un clone » seront faites il faudra conserver les modifications dans le fichier .analysis pour les rejouer lors du rechargement du fichier.
***
=== save
mo...Lorsque les tâches « changer les gènes V/D/J d'un clone », « changer le germline d'un clone » seront faites il faudra conserver les modifications dans le fichier .analysis pour les rejouer lors du rechargement du fichier.
***
=== save
model_loader: strAnalysis()
=== load
model_loader: parseJsonAnalysis() -> appelle initClones(), puiis model:
===> applyAnalysis() (devrait être renommé applyCloneAnalysis)
***
=== save
model_loader: strAnalysis() : fait; utilisation de la var manuallyChanged pour identifier les clones concernés.
***
Si c'est bon, tu peux fermer la tâche :-)
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1882C++2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamC++
***
#1881
***
#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1883Fuse2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamFuse
***
#1881
***
#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1884Browser2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser
***
#1881
***
#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1885doc/analysis-format.org2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil Teamdoc/analysis-format.org
***
#1881
***
#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1886Browser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant
***
#1881
***
#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1881Sortie JSON : remplacer 5end / ... par 5->end / ...2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamSortie JSON : remplacer 5end / ... par 5->end / ...Marc: "Cela va tout casser".
Oui, on laissera juste ce qu'il faut dans le browser pour lire les anciens fichiers.
***
fuse: on confirme que cela passe ?
***
#1882, #1883, #1884, #1885, #1886
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-sMarc: "Cela va tout casser".
Oui, on laissera juste ce qu'il faut dans le browser pour lire les anciens fichiers.
***
fuse: on confirme que cela passe ?
***
#1882, #1883, #1884, #1885, #1886
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1903Le log est celui d'analysis et pas celui du fuse2016-11-29T14:41:57+01:00Vidjil TeamLe log est celui d'analysis et pas celui du fuseJe ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
***
Reproduit : j'ai lancé, avec un...Je ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
***
Reproduit : j'ai lancé, avec une nouvelle config, mais le log affiché n'est pas celui du nouveau run mais d'un ancien. C'est très gênant (informations non pertinente affichées).
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3314&config=2
***
Ryan, pourrais-tu regarder cela s'il te plaît ? Merci.
***
bd90e00102bb7e4
***
@nobody @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
***
C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
***
Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
***
b354da2, suite à audio du 7 juillet.
***
Pris en compte dans le browser : 987b107
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1987Ajouter l'organisme dans le fichier .vidjil2017-02-02T12:39:25+01:00Vidjil TeamAjouter l'organisme dans le fichier .vidjilUn fichier .vidjil donne le locus mais pas l'espèce. Impossible alors de savoir si un fichier avec un germline IGH provient d'un humain ou d'une souris.
***
@nobodyUn fichier .vidjil donne le locus mais pas l'espèce. Impossible alors de savoir si un fichier avec un germline IGH provient d'un humain ou d'une souris.
***
@nobodyAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2211Ajout de séquence externe : séquences non segmentables2017-03-07T09:48:19+01:00Mathieu GiraudAjout de séquence externe : séquences non segmentablesUn utilisateur peut rentrer une séquence qui ne se segmente pas : par exemple un Sanger avec un J court, un truc vraiment bizarre… Que fait ~segmenter-app dans ce cas ? Ajoute-t-on bien le clone en ?/? ?
@mikael-s : non, même le c...Un utilisateur peut rentrer une séquence qui ne se segmente pas : par exemple un Sanger avec un J court, un truc vraiment bizarre… Que fait ~segmenter-app dans ce cas ? Ajoute-t-on bien le clone en ?/? ?
@mikael-s : non, même le cpp ne renvoie pas dans le json ce qu'il faut
cc @RyanHerbMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2239`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`2017-03-29T19:45:07+02:00Mathieu Giraud`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il...Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il s'arrête au `-z 5` et qu'on a ensuite uniquement les fenêtres. À vérifier.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2130Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudChamp 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défautEn faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on fa...En faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on faire de champ `germlines` ? Sert-il déjà au ~client ? Devrait-on toujours le peupler avec les infos venant de `homo-sapiens.germlines`/`germlines.data` ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2195Inclure le .g dans le .vidjil2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudInclure le .g dans le .vidjilSuite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourra...Suite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourrait-on pas être plus général et embarquer le `.g`dans le `.vidjil` (et générer ce qu’il faut quand on vient de la ligne de commande) ? Mais cela ajouterait 5 Ko à chaque fichier `.vidjil`… Ou bien tout sauf `systems` (ce qui est dommage quand même).
cc @mikael-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2176Sauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysis2017-05-18T10:06:17+02:00Thonier FlorianSauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysisBug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'a...Bug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'analysis est chargé, il y a une inversion du nom entre plusieurs samples.
![bug_ordre_liste](/uploads/2e7bbe44e1babc09f9e5eacca48df698/bug_ordre_liste.png)
![bug_ordre_liste2](/uploads/a0aace27f9957e28bb589afe01f04d3c/bug_ordre_liste2.png)
L'origine du bug est reproductible, d'ailleurs observable sur un second patient.
Lors de la création du patient, 5 samples ont été chargés, 3 ech réels, et deux "témoins", avec les bonnes date d'analyses renseignées.
Suite a une inversion entre deux patients, le point sample 3 de ces deux patients a été retiré et remplacé par le nouveau fichier.
Maintenant, lorsque l'on recharge l'analyse, on a dans un premier temps le bon affichage.
Je n'ai pas encore eu le temps de localiser l'origine de l'erreur, ni de la reproduire moi-même. Je présume cela dit qu'il y a une réassignation du titre dasn l'axe sur une liste non sorted par la date d'analyse (supposition)
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
PS : le bug est assez grave car on peux ainsi intervertir les observations entre deux dates, et n'est pas forcement facilement visualisable et a déjà pu passer inaperçu.Web 2017.05Thonier FlorianThonier Florian