vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:17:20+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4975Récupérer les subsets ?2023-03-28T16:17:20+02:00Mathieu GiraudRécupérer les subsets ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2238Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo2017-12-13T07:22:14+01:00Ryan HerbertAvoir une doc au format manpage pour le paquet algoOn pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/On pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2039Le créateur de la notification ne l'a pas visitée2021-03-17T14:54:36+01:00Mikaël SalsonLe créateur de la notification ne l'a pas visitéeActuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre...Actuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre compte que cela a bien fonctionné.
Il faudrait donc marquer la notification comme non vue par son créateur (idem si on modifie la notification).
@RyanHerb @magiraudmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5242VDJaffine avec gaps multiples de 32024-02-06T09:51:29+01:00Mathieu GiraudVDJaffine avec gaps multiples de 3
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5058.gitlab-ci.yml: ajouter `release*` aux jobs de release ?2022-08-23T10:42:44+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml: ajouter `release*` aux jobs de release ?https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#release
En particulier, depuis Gitlab 15.3, on peut spécifier tag git/description/...https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#release
En particulier, depuis Gitlab 15.3, on peut spécifier tag git/description/...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5046API : savoir que c'est l'API qui a envoie certaines requêtes2022-06-24T12:41:15+02:00Mathieu GiraudAPI : savoir que c'est l'API qui a envoie certaines requêtes
Déjà logguer ces accès, peut-être un jour mettre des limites...
@flothoni : "lors du login, avoir un champ qui n'est mis que par le web"
Déjà logguer ces accès, peut-être un jour mettre des limites...
@flothoni : "lors du login, avoir un champ qui n'est mis que par le web"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4987mkdocs : autre thème et/ou retravail css2022-04-07T17:14:18+02:00Mathieu Giraudmkdocs : autre thème et/ou retravail cssSuite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.Suite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4982Color by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?2022-04-07T09:22:10+02:00Mathieu GiraudColor by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4981Rapports : retour UI pas clair sur clic sur monter/descendre2022-10-03T17:40:51+02:00Mathieu GiraudRapports : retour UI pas clair sur clic sur monter/descendreQuand on bouge un bloc, le bloc courant disparaît instatanément, ce n'est pas très aisé de se rendre compte de ce qu'il se passe.
cc @duezQuand on bouge un bloc, le bloc courant disparaît instatanément, ce n'est pas très aisé de se rendre compte de ce qu'il se passe.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4958Tutorial en cypress2022-03-23T13:48:02+01:00Mathieu GiraudTutorial en cypress
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4956Récupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?2022-02-23T15:02:23+01:00Mathieu GiraudRécupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4939CLI11 : utiliser les Validators2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudCLI11 : utiliser les Validators
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4938Use nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudUse nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?Suite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraitSuite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraithttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4895Interleaved R1&R2 fastq.gz2021-11-04T17:17:19+01:00Mathieu GiraudInterleaved R1&R2 fastq.gzMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoniMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4878validate-links.py: asynchrone ?2021-10-12T12:27:49+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: asynchrone ?
On pourrait probablement gagner du temps de build.
On pourrait probablement gagner du temps de build.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4854Plusieurs -g avec des espèces différentes ?2021-09-21T08:28:54+02:00Mathieu GiraudPlusieurs -g avec des espèces différentes ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4847Un preprocess sans sortie json devrait être accepté2021-09-17T16:55:57+02:00Mathieu GiraudUn preprocess sans sortie json devrait être acceptéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4822URL et sliders du sp12021-08-10T16:54:52+02:00Mathieu GiraudURL et sliders du sp1https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4777Rationaliser les appels à build_from_json2021-04-28T12:10:42+02:00Mathieu GiraudRationaliser les appels à build_from_jsonVu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?Vu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?