vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-18T18:24:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1759cluster fait disparaître les smaller clones2019-01-18T18:24:55+01:00Vidjil Teamcluster fait disparaître les smaller clonesBug ou feature ? Clusteriser, dans le brower, par gène V ou J fait disparaître les pourcentages des smaller clones. La somme, du coup, ne fait plus 100%
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@nobodyBug ou feature ? Clusteriser, dans le brower, par gène V ou J fait disparaître les pourcentages des smaller clones. La somme, du coup, ne fait plus 100%
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4939CLI11 : utiliser les Validators2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudCLI11 : utiliser les Validators
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4729Ouvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlines2021-03-22T09:24:59+01:00Mathieu GiraudOuvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlinesL'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.L'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4590My Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/set2020-12-10T09:20:01+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/sethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4589My Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Persona...2020-12-10T09:20:16+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Personal group user_XX"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4507À la création d'un serveur, demander deux fois le mot de passe admin2020-10-06T09:24:48+02:00Mathieu GiraudÀ la création d'un serveur, demander deux fois le mot de passe adminSinon on peut se tromper et ensuite avoir à relancer un serveur ;)
cc @duezSinon on peut se tromper et ensuite avoir à relancer un serveur ;)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4483Afficher le sha1 dans le client2020-09-23T20:13:25+02:00Mathieu GiraudAfficher le sha1 dans le clientIl est déjà dans la console (!52), mais il devrait pouvoir s'afficher quelque part dans un menu aide et/ou à l'ouvertureIl est déjà dans la console (!52), mais il devrait pouvoir s'afficher quelque part dans un menu aide et/ou à l'ouverturehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4233Avoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une config2020-06-25T20:35:22+02:00Mikaël SalsonAvoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une configSuite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.Suite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3776app/analyze: info sur ligne de commande, version vidjil-algo, log...2019-03-15T19:58:52+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: info sur ligne de commande, version vidjil-algo, log...Avoir un bouton "info" similaire à celui du ~clientAvoir un bouton "info" similaire à celui du ~clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3680id des groupes, admin des configs2019-01-15T13:36:20+01:00Mathieu Giraudid des groupes, admin des configsLa colonne "id" dans la vue pour changer les permissions des configs est trompeuse : ce n'est pas l'id des users en question (voir par exemple user 62 sur app). Est-ce l'id des groupes ? (On n'affiche nulle part cet id.)La colonne "id" dans la vue pour changer les permissions des configs est trompeuse : ce n'est pas l'id des users en question (voir par exemple user 62 sur app). Est-ce l'id des groupes ? (On n'affiche nulle part cet id.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2039Le créateur de la notification ne l'a pas visitée2021-03-17T14:54:36+01:00Mikaël SalsonLe créateur de la notification ne l'a pas visitéeActuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre...Actuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre compte que cela a bien fonctionné.
Il faudrait donc marquer la notification comme non vue par son créateur (idem si on modifie la notification).
@RyanHerb @magiraudmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1680Export fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germline2021-08-27T11:06:14+02:00Vidjil TeamExport fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germlinepar exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs foi...par exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs fois ? Faire une option ?
à réfléchir avant de s'y lancer
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On aurait aussi pu faire un équivalent de junction analyser:
atcgatcgatcgtagcatcatc
atcgAtcaAAA
TATTatcatc
... mais non, il faut résister à l'envie, le but est que le segmenter avec l'affichage des germline fasse cela.
Bref, on se limite pour cette tâche à un truc simple, qui garde la compatibilité avec un .fa
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Discuté aussi vendredi dernier.
On pourrait aller vers deux exports :
1) Un export fasta brut, comme actuellement (avec en particulier les V/D/J à la fin, groupés). Utilisation bioinfo derrière.
2) Un export avec alignement du read contre germline V/D/J, avec espaces / tiret, et majuscules/minuscules dans les germlines V/D/J pour mutations. Éventuellement avec des infos de score, e-value... Et même avec couleurs (on se rapproche du rapport...), mais en restant basé texte pour copie facile.
Le 2) est très tentant, mais fera peut-être doublon avec le segmenter ? Pas si sûr, et ce serait très agréable d'avoir cela pour nous aider à faire les .should-vdj et discuter ensemble de segmentation. D'ailleurs, même une fois que le segmenter fera ce qu'on veut, une fonctionnaité d'export du segmenter sera la bienvenue !
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1395Mettre à jour la BIL2017-12-04T14:55:50+01:00Vidjil TeamMettre à jour la BILInformation extraite automatiquement pour le RAWEB, à mettre à jour.
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j'ai fait une passe mais il reste des choses à compléter
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Fait une passe à l'instant.
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@magiraud @mikael-sInformation extraite automatiquement pour le RAWEB, à mettre à jour.
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j'ai fait une passe mais il reste des choses à compléter
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Fait une passe à l'instant.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1386Sauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/set2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/setQuand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir ...Quand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir de la position de l'ascenseur ?
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moins important, avec patients récents en hauthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5046API : savoir que c'est l'API qui a envoie certaines requêtes2022-06-24T12:41:15+02:00Mathieu GiraudAPI : savoir que c'est l'API qui a envoie certaines requêtes
Déjà logguer ces accès, peut-être un jour mettre des limites...
@flothoni : "lors du login, avoir un champ qui n'est mis que par le web"
Déjà logguer ces accès, peut-être un jour mettre des limites...
@flothoni : "lors du login, avoir un champ qui n'est mis que par le web"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4343Blancs dans .vidjil ?2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu GiraudBlancs dans .vidjil ?Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.