vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T16:43:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2210format_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profo...2022-06-20T16:43:52+02:00Mathieu Giraudformat_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profondeurPour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-im...Pour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-implement-custom-indentation-for-pretty-printing-in-python-s-json-module (mais la solution semble un peu trop complexe).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2189Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées2017-02-16T18:59:40+01:00Mathieu GiraudLever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappéesVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-sVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2183should-to-tap: Ne pas faire la shell-expansion sur la ligne "Launching"2018-04-18T12:14:06+02:00Mathieu Giraudshould-to-tap: Ne pas faire la shell-expansion sur la ligne "Launching"```
sh should-to-tap.sh should-get-tests/10-md5-germline.should-get
Launching ' (cd ../../..//germline ; md5sum out/Stanford_S22.rc.vdj.fa out/Stanford_S22.rc.windows.fa out/Stanford_S22.vdj.fa ...
```
Or le test en question demande `(...```
sh should-to-tap.sh should-get-tests/10-md5-germline.should-get
Launching ' (cd ../../..//germline ; md5sum out/Stanford_S22.rc.vdj.fa out/Stanford_S22.rc.windows.fa out/Stanford_S22.vdj.fa ...
```
Or le test en question demande `(cd ../../..//germline ; md5sum */*.fa)`.
`*/*.fa` est mal interprété ici (mais bien lancé en vrai): le mieux serait de ne pas faire l'expansion sur la ligne "Launching".Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2159Filtre plus flexible sur les germlines choisies par -g2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudFiltre plus flexible sur les germlines choisies par -gSuite à #2134, on aimerait avoir des filtres plus flexibles pour choisir les germlines dans l'algo, peut-être même des regexp (mais en faisant attention à ne pas demander trop d'échappements, `+` est un caractère qui nous sert dans les l...Suite à #2134, on aimerait avoir des filtres plus flexibles pour choisir les germlines dans l'algo, peut-être même des regexp (mais en faisant attention à ne pas demander trop d'échappements, `+` est un caractère qui nous sert dans les locus).
* [ ] Discuter sur ce que l'on voudrait `:IG*`, `:IGH*`, `:*+`, peut-être `:!*+` ?
* [ ] Comment l'implémenter ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2106Les décorateurs web2py fonctionneraient-ils ?2023-03-02T10:06:28+01:00Ryan HerbertLes décorateurs web2py fonctionneraient-ils ?Web2py fournit des décorateurs de fonction, notamment:
```python
@auth.requires_login()
@auth.requires_membership('group name')
@auth.requires_permission('read','table name',record_id)
```
Ces décorateurs pourraient-ils fonctionner...Web2py fournit des décorateurs de fonction, notamment:
```python
@auth.requires_login()
@auth.requires_membership('group name')
@auth.requires_permission('read','table name',record_id)
```
Ces décorateurs pourraient-ils fonctionner correctement avec le browser ? Pour avoir essayé avec `requires_login()` la fonction renvoi un code 303 et une erreur cross-origin arrive dans le terminal. Donc ça n'a pas l'air évident, mais je pense que si nous arrivions à trouver une solution simple, on pourrait enlever les redirections manuelles et parfois économiser un niveau d'indentation.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2039Le créateur de la notification ne l'a pas visitée2021-03-17T14:54:36+01:00Mikaël SalsonLe créateur de la notification ne l'a pas visitéeActuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre...Actuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre compte que cela a bien fonctionné.
Il faudrait donc marquer la notification comme non vue par son créateur (idem si on modifie la notification).
@RyanHerb @magiraudmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1995Export Krona pour la visualisation du répertoire2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamExport Krona pour la visualisation du répertoireun exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (contin...un exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (continuité utilisateur ? ).
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1845Mieux packager les releases algo, /README.md2020-08-27T13:00:38+02:00Vidjil TeamMieux packager les releases algo, /README.mdpour les releases algo :
doc/algo.org -> /README.org ?
CHANGELOG, LICENSE aussi dans / ?
Enlever browser/ ?
***
@magiraud @mikael-spour les releases algo :
doc/algo.org -> /README.org ?
CHANGELOG, LICENSE aussi dans / ?
Enlever browser/ ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1832Meilleur monitoring2021-02-09T16:24:12+01:00Vidjil TeamMeilleur monitoringUne vue par utilisateur ? Utilisateur loggués, qu'est-ce que chacun fait en nb de tâches ?
Un résumé des % de segmentation ? D'autres trucs ?
La question se pose pour le Vidjil morning comme pour l'onglet "admin".
***
@nobodyUne vue par utilisateur ? Utilisateur loggués, qu'est-ce que chacun fait en nb de tâches ?
Un résumé des % de segmentation ? D'autres trucs ?
La question se pose pour le Vidjil morning comme pour l'onglet "admin".
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1831Vidjil morning : le mettre dans les scripts d'install2017-10-27T12:25:34+02:00Vidjil TeamVidjil morning : le mettre dans les scripts d'install
***
@nobody
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1830Vidjil morning : /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo2018-04-16T16:29:15+02:00Vidjil TeamVidjil morning : /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfoOn a perdu /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo au passage
Voir si on peut changer des permissions / un sudo pour le récupérer.
***
@nobodyOn a perdu /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo au passage
Voir si on peut changer des permissions / un sudo pour le récupérer.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1776Génération de données simulées2018-04-16T16:54:14+02:00Vidjil TeamGénération de données simuléesIl y a notre programme Python maison mais aussi repgenHMM http://www.lps.ens.fr/~tmora/publi.html
***
@magiraud @mikael-sIl y a notre programme Python maison mais aussi repgenHMM http://www.lps.ens.fr/~tmora/publi.html
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1760Une séquence ambiguë à tort ? -42017-02-04T10:11:36+01:00Vidjil TeamUne séquence ambiguë à tort ? -4Hier, tu as dit à un moment "c'est bizarre que cette séquence soit ambigüe".
Tu te souviens de laquelle c'était ?
***
C'est quand tu faisais un -4 (sur les données de Florian ?), en xxx la séquence passait en unknown alors qu'il y avait ...Hier, tu as dit à un moment "c'est bizarre que cette séquence soit ambigüe".
Tu te souviens de laquelle c'était ?
***
C'est quand tu faisais un -4 (sur les données de Florian ?), en xxx la séquence passait en unknown alors qu'il y avait pas mal de delta à la fin qui était bien reconnu
***
Ah, ok, si c'est -4 c'est expérimental :-)
***
Euh… pourquoi le calcul de l'ambigu différerait entre le -4 et le reste ?
***
C'est une bonne question.
***
J’ai comparé 0ce12ff et 783d0b1 (diff: changements de la semaine dernière, plus de reads en ambiguous)
/vidjil -g germline/ -i -K ~/notable/data_translocation.fasta
Une séquence passe de only V en too few V/J, et c’est mieux ainsi.
Bref, pas de soucis avec les dernières modifs.
Avec -4, pas encore tout compris ce qu’il se passe, mais rien d’urgent de ce côté, on verra cela en janvier.
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1759cluster fait disparaître les smaller clones2019-01-18T18:24:55+01:00Vidjil Teamcluster fait disparaître les smaller clonesBug ou feature ? Clusteriser, dans le brower, par gène V ou J fait disparaître les pourcentages des smaller clones. La somme, du coup, ne fait plus 100%
***
@nobodyBug ou feature ? Clusteriser, dans le brower, par gène V ou J fait disparaître les pourcentages des smaller clones. La somme, du coup, ne fait plus 100%
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1734Conserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notification2017-11-09T12:15:30+01:00Vidjil TeamConserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notificationActuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des...Actuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des raisons de fluidité)
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1721Sauvegarde du tri de la liste des patients2021-08-26T14:02:05+02:00Vidjil TeamSauvegarde du tri de la liste des patients
***
@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud
***
@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1719Analyse en profondeur du comportement du DAL web2py2022-06-20T15:47:17+02:00Vidjil TeamAnalyse en profondeur du comportement du DAL web2pyL'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du D...L'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du DAL ou non.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/17080914-pap-IGH+.should-vdj.fa2022-06-20T11:29:49+02:00Vidjil Team0914-pap-IGH+.should-vdj.fadonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
***
@mikael-sdonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
***
@mikael-s