vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-12T14:03:15+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3725Savoir si une germline est incomplète ou pas ?2019-02-12T14:03:15+01:00Mathieu GiraudSavoir si une germline est incomplète ou pas ?Il y a des occurrences de `code.find("+")` dans `core/germlines.cpp` et dans `core/segment.cpp` (et 5bc753ee).
Avoir explicitement un attribut `Germlines.regular` ?
Voir vieille tâche #2153 ? Dépassé par #1169 voire #3377 ?Il y a des occurrences de `code.find("+")` dans `core/germlines.cpp` et dans `core/segment.cpp` (et 5bc753ee).
Avoir explicitement un attribut `Germlines.regular` ?
Voir vieille tâche #2153 ? Dépassé par #1169 voire #3377 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3710Ascenseur de la liste des clones curieux sous FF2019-02-05T19:09:49+01:00Mathieu GiraudAscenseur de la liste des clones curieux sous FFJ'ai un léger liseré rouge au lieu de l'ascenseur sous FF. Mais on le voit tout de même, et au `:hover` on le voit normalement. Je ne suis même pas sûr que ce soit un bug, c'est peut-être juste le style de FF.J'ai un léger liseré rouge au lieu de l'ascenseur sous FF. Mais on le voit tout de même, et au `:hover` on le voit normalement. Je ne suis même pas sûr que ce soit un bug, c'est peut-être juste le style de FF.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3685algo: sortir {} dans le .vidjil quand il n'y a pas de clones2019-12-03T08:52:30+01:00Mathieu Giraudalgo: sortir {} dans le .vidjil quand il n'y a pas de clonesSuite à #3555 / !329
Sortir `clones: {}` au lieu de `clones: null`.
Suite à #3555 / !329
Sortir `clones: {}` au lieu de `clones: null`.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3680id des groupes, admin des configs2019-01-15T13:36:20+01:00Mathieu Giraudid des groupes, admin des configsLa colonne "id" dans la vue pour changer les permissions des configs est trompeuse : ce n'est pas l'id des users en question (voir par exemple user 62 sur app). Est-ce l'id des groupes ? (On n'affiche nulle part cet id.)La colonne "id" dans la vue pour changer les permissions des configs est trompeuse : ce n'est pas l'id des users en question (voir par exemple user 62 sur app). Est-ce l'id des groupes ? (On n'affiche nulle part cet id.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3631Utiliser .gitlab/route-map.yml ?2018-11-26T07:48:45+01:00Mathieu GiraudUtiliser .gitlab/route-map.yml ?On pourrait avoir des liens à la "View app" plus flexible... mais pas sûr que cela nous serve, on n'a pas facilement une correspondance un fichier / une url à reviewer.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/environments.html#go-directly-from-so...On pourrait avoir des liens à la "View app" plus flexible... mais pas sûr que cela nous serve, on n'a pas facilement une correspondance un fichier / une url à reviewer.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/environments.html#go-directly-from-source-files-to-public-pages-on-the-environmenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3613Rajouter Demo-X5 au menu file des environnements de review2018-11-07T14:17:35+01:00Mathieu GiraudRajouter Demo-X5 au menu file des environnements de reviewhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3604vmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de trois2018-11-02T10:45:08+01:00Mathieu Giraudvmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de troisDiscuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.Discuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3580Étendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudÉtendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus ...@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus difficile à définir
Serait-ce des calculs similaires à !268 ?
En tout cas ~"priority\-1\-low", on peut déjà expérimenter un peu ce que donne le W69 et en reparler dans quelques temps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3579Rafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.2018-11-21T12:16:51+01:00Mathieu GiraudRafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-ê...Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-être un doublon.
C'est peut-être complexe si on ne sait pas si l'utilisateur a modifié des choses sur la page.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3576Page de connexion sur serveurs externes2021-02-09T18:14:05+01:00Mathieu GiraudPage de connexion sur serveurs externes"You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne."You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3574Tutorial en .md2020-10-31T10:25:56+01:00Mathieu GiraudTutorial en .md- soit en le passant en .md
- soit en configurant ce qu'il faut si c'est possible- soit en le passant en .md
- soit en configurant ce qu'il faut si c'est possiblehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3394BinReadStorage : Pertinence de 30 bins, tests ?2019-03-15T18:21:55+01:00Mathieu GiraudBinReadStorage : Pertinence de 30 bins, tests ?Extrait depuis #3393.
@magiraud :
> Au passage, voir e977c03c :
> > We increase the number of bins to make sure that the better quality reads will be in a different bin than medium quality reads.
> b9c934b4 juste pour voir (mais peut...Extrait depuis #3393.
@magiraud :
> Au passage, voir e977c03c :
> > We increase the number of bins to make sure that the better quality reads will be in a different bin than medium quality reads.
> b9c934b4 juste pour voir (mais peut-être que les tests ne couvrent pas les cas souhaités avec suffisament de reads pour remplir les bins).
Il se trouve donc que les tests passent sur b9c934b4. Est-ce que cela ne vaudrait pas le coup d'expliciter dans un test un cas difficile pour être pleinement convaincu de cette valeur 30 ?
@mikael\-s :
> J'en suis complètement convaincu qu'elle est pertinente. De là à savoir faire un test simple, c'est autre chose. Voici plusieurs jeux de données où cela a permis d'avoir une séquence consensus convenable (où on gagne une à deux centaines de nucléotides) :
>
> - http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=10040&config=35
>
> - http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11812&config=35
>
> - http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7520&config=35
>
> - http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7575&config=26
>
> Ce n'était pas la seule raison de l'amélioration, cela faisait plus largement partie de ddd48c77e, mais c'était bien un élément nécessaire.
> Pour autant ce n'est pas pleinement satisfaisant car il reste des consensus trop courtes voire des cas où ça ne change rien : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11808&config=35
>
> Voir mes mails du 2016/10/04 14h44 et du 2016/12/02 16h14https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3256Export csv depuis fuse.py2019-01-10T16:11:03+01:00Mathieu GiraudExport csv depuis fuse.pyVoir #2828Voir #2828https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3114Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire2018-04-03T17:03:11+02:00Mathieu GiraudFiltrage de BioReader sans re-réserver de la mémoireÉchange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va re...Échange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va recréer un autre `BioReader` en O(répertoire filtré) avec *réservation mémoire* et écritures, c’est un peu bourrin… on pourrait certes dire que c’est peu comparé au O(répertoire filtré x taille read) de `align_against_collection` (qui réserve aussi de la mémoire au passage).
>- y aurait-il sinon une manière de le faire avec une méthode d’un `BioReader` qui, à partir d’une liste d’identifiant, itère et renvoie les séquences ? Même si c’est en O(répertoire initial) au début, il pourrait y avoir ensuite des changements dans `BioReader` qui fait cela en O(répertoire filtré)
@mikael-s :
> Oui ça serait possible mais pas sûr que cela change grand chose : l'utilisation mémoire restera négligeable par rapport à celle de la programmation dynamique.
Bref on fait #3080 comme prévu, pas de soucis pour cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3000Option pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus i...2018-01-19T11:16:30+01:00Mathieu GiraudOption pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus intéressantPlusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela d...Plusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela dans `format_json` ? Ou bien dans le ~cpp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2879Pouvoir changer la couleur affectée à chaque tag2019-12-10T13:51:47+01:00Mathieu GiraudPouvoir changer la couleur affectée à chaque tagPas sûr que ce soit demandé ou utile.Pas sûr que ce soit demandé ou utile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2713Déployer automatiquement les tags par défaut sur une nouvelle installation2022-06-24T14:30:41+02:00Mathieu GiraudDéployer automatiquement les tags par défaut sur une nouvelle installationVoir #2683 et doc/tags.org.Voir #2683 et doc/tags.org.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2709Support des langages LTR et concaténation de chaînes2017-10-17T08:38:53+02:00Mathieu GiraudSupport des langages LTR et concaténation de chaînesPouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.Pouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2608N'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par ...2017-10-17T16:49:57+02:00Thonier FlorianN'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par l'utilisateurOriginalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs ...Originalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs en attente sur ce patient.
Je me demande si il ne serait aps possible de filtrer la liste des patients avec uniquement les patients (ou runs/sets, comme d'hab) qui ont reçu une update non encore vue par l'utilisateur.
@RyanHerb @magiraud @mikael-s