vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-31T15:50:14+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2436Axes, colonnes, pretty, fillAxisBox et DOM2017-05-31T15:50:14+02:00Mathieu GiraudAxes, colonnes, pretty, fillAxisBox et DOMEn faisant #2396, notamment 4253885d, j'ai du mettre `.outerHTML` à la fin de fonctions `pretty()`.
Ne pourrait-on pas remplacer le `span.innerHTML = clone.getPrettyAxisValue(axOpts[i]);` par des manipulations de DOM pour ne pas avoir à...En faisant #2396, notamment 4253885d, j'ai du mettre `.outerHTML` à la fin de fonctions `pretty()`.
Ne pourrait-on pas remplacer le `span.innerHTML = clone.getPrettyAxisValue(axOpts[i]);` par des manipulations de DOM pour ne pas avoir à faire de `inner/outerHTML` ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2364axes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)2021-09-29T17:21:04+02:00Mathieu Giraudaxes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Web 2021.11marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2289Utilisateurs: avoir une colonne "groups" plus explicite2023-10-26T16:16:07+02:00Mathieu GiraudUtilisateurs: avoir une colonne "groups" plus expliciteLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2232Tagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulière2023-08-14T17:11:26+02:00Mathieu GiraudTagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulièreOn a reparlé des D7-J1 lors de la discussion avec ~"Paris-Pitié". Y aurait-il une manière de tagguer ces séquences ? Directement via le ~cpp, qui mettrait un `warning` affiché dans le client ?
Se feriat par une nouvelle germline non rec...On a reparlé des D7-J1 lors de la discussion avec ~"Paris-Pitié". Y aurait-il une manière de tagguer ces séquences ? Directement via le ~cpp, qui mettrait un `warning` affiché dans le client ?
Se feriat par une nouvelle germline non recombinée #1724 (avec la question de la priorité par rapport à l'heuristique habituelle ?)
cc @mikael-s @flothoni
(au passage, #1548 parlait aussi de D7-J1)Algo 2018.08Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2221Faire un mock pour window pour les tests QUnit bidouillant l'url2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudFaire un mock pour window pour les tests QUnit bidouillant l'urlOn aimerait mieux tester `url_obs.js` fait par @aurelBZH, pour être plus robuste par rapport au comportement de QUnit vis-à-vis de l'url.
@RyanHerb propose de faire un "mock". Par exemple un mock de `window`, utilisé dans notre code com...On aimerait mieux tester `url_obs.js` fait par @aurelBZH, pour être plus robuste par rapport au comportement de QUnit vis-à-vis de l'url.
@RyanHerb propose de faire un "mock". Par exemple un mock de `window`, utilisé dans notre code comme `window.history.pushState('plop', 'plop', new_url);` et `window.location`.
Voir par exemple http://stackoverflow.com/questions/14627367/mock-window-location-reload-using-qunit
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2210format_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profo...2022-06-20T16:43:52+02:00Mathieu Giraudformat_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profondeurPour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-im...Pour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-implement-custom-indentation-for-pretty-printing-in-python-s-json-module (mais la solution semble un peu trop complexe).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2183should-to-tap: Ne pas faire la shell-expansion sur la ligne "Launching"2018-04-18T12:14:06+02:00Mathieu Giraudshould-to-tap: Ne pas faire la shell-expansion sur la ligne "Launching"```
sh should-to-tap.sh should-get-tests/10-md5-germline.should-get
Launching ' (cd ../../..//germline ; md5sum out/Stanford_S22.rc.vdj.fa out/Stanford_S22.rc.windows.fa out/Stanford_S22.vdj.fa ...
```
Or le test en question demande `(...```
sh should-to-tap.sh should-get-tests/10-md5-germline.should-get
Launching ' (cd ../../..//germline ; md5sum out/Stanford_S22.rc.vdj.fa out/Stanford_S22.rc.windows.fa out/Stanford_S22.vdj.fa ...
```
Or le test en question demande `(cd ../../..//germline ; md5sum */*.fa)`.
`*/*.fa` est mal interprété ici (mais bien lancé en vrai): le mieux serait de ne pas faire l'expansion sur la ligne "Launching".Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2180Faire au moins un test avec souris et rat2017-02-15T20:00:10+01:00Mathieu GiraudFaire au moins un test avec souris et ratcc @mikael-scc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2120Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil2020-06-11T07:35:25+02:00Mikaël SalsonGénération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de VidjilVoici en pièce jointe un graphique montrant la consommation mémoire de Vidjil sur un jeu de données. Le jeu de données n'est pas choisi au hasard, c'est celui qui a provoqué le plus grand pic de consommation mémoire sur vda depuis le déb...Voici en pièce jointe un graphique montrant la consommation mémoire de Vidjil sur un jeu de données. Le jeu de données n'est pas choisi au hasard, c'est celui qui a provoqué le plus grand pic de consommation mémoire sur vda depuis le début. Le jeu a cependant été restreint au premier million de séquences.
Le problème n'est ni dû à l'étape de KmerSegmentation (croissance régulière de la consommation mémoire, mais faible, due au stockage de nouvelles fenêtres) ni à celle de FineSegmentation (stabilité de l'utilisation mémoire), mais après :
* comparaison des fenêtres entre elles ?
* création du JSON ?
* …
Ce jeu de données se caractérise par une très grande proportion de fenêtres différentes (393 000 fenêtres pour 491 000 reads segmentés ou, pour le jeu complet 1,5M de fenêtres pour 1,9M de reads). Le jeu de données avec 1M de reads est sur le cloud (`data/vidjil_bug/issue-2120.fastq.gz`)
![mem](/uploads/d331ccbd532dce7f25e162c217b68a7c/mem.png)
@magiraudjson-exporthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1832Meilleur monitoring2021-02-09T16:24:12+01:00Vidjil TeamMeilleur monitoringUne vue par utilisateur ? Utilisateur loggués, qu'est-ce que chacun fait en nb de tâches ?
Un résumé des % de segmentation ? D'autres trucs ?
La question se pose pour le Vidjil morning comme pour l'onglet "admin".
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@nobodyUne vue par utilisateur ? Utilisateur loggués, qu'est-ce que chacun fait en nb de tâches ?
Un résumé des % de segmentation ? D'autres trucs ?
La question se pose pour le Vidjil morning comme pour l'onglet "admin".
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1831Vidjil morning : le mettre dans les scripts d'install2017-10-27T12:25:34+02:00Vidjil TeamVidjil morning : le mettre dans les scripts d'install
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1830Vidjil morning : /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo2018-04-16T16:29:15+02:00Vidjil TeamVidjil morning : /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfoOn a perdu /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo au passage
Voir si on peut changer des permissions / un sudo pour le récupérer.
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@nobodyOn a perdu /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo au passage
Voir si on peut changer des permissions / un sudo pour le récupérer.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1776Génération de données simulées2018-04-16T16:54:14+02:00Vidjil TeamGénération de données simuléesIl y a notre programme Python maison mais aussi repgenHMM http://www.lps.ens.fr/~tmora/publi.html
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@magiraud @mikael-sIl y a notre programme Python maison mais aussi repgenHMM http://www.lps.ens.fr/~tmora/publi.html
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1721Sauvegarde du tri de la liste des patients2021-08-26T14:02:05+02:00Vidjil TeamSauvegarde du tri de la liste des patients
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1676Séparateurs milliers/décimal2022-06-20T18:16:57+02:00Vidjil TeamSéparateurs milliers/décimalActuellement nous sommes incohérents :
- séparateur décimal : "." (car javascript)
- mais model.js: toStringThousands : séparateur milliers " "
Cela me fait mal au coeur à mettre "," comme séparateur de milliers, mais ce serait plus...Actuellement nous sommes incohérents :
- séparateur décimal : "." (car javascript)
- mais model.js: toStringThousands : séparateur milliers " "
Cela me fait mal au coeur à mettre "," comme séparateur de milliers, mais ce serait plus cohérent à court terme
Et on peut faire une vrai i18n un jour.
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J'ai essayé le "," comme séparateur de milliers, argh, l'européen continental que je suis n'aime pas :
segmented 519,680 reads (89.39%)
2 clones, 1,212,434 reads
Bref, je préfère mettre pour l'instant cela sous le tapis... on verra si les Anglais s'en aperçoivent un jour :)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1620Vidjil-all-slaves directement après coverage ?2019-03-05T14:42:50+01:00Vidjil TeamVidjil-all-slaves directement après coverage ?Vidjil-coverage dure 4 min
valgrind-unit dure > 20 min
On doit donc souvent attendre ~ 25 minutes avant d'avoir des bugs (ou des résolutions) dans all-slaves.
Ne faudrait-il pas lancer all-slaves directement après coverage (quitte à su...Vidjil-coverage dure 4 min
valgrind-unit dure > 20 min
On doit donc souvent attendre ~ 25 minutes avant d'avoir des bugs (ou des résolutions) dans all-slaves.
Ne faudrait-il pas lancer all-slaves directement après coverage (quitte à supprimer valgrind-unit, puisque valgrind est inclus dans all-slaves) ?
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Vidjil-coverage lance déjà les tests. Ils passent sur meccano alors qu'ils ne passent pas sur all slaves, c'est pas de chance. Mais le rôle de valgrind-unit est de faire une première passe de valgrind sur les tests unitaires pour voir s'il n'y a pas de problème dessus avant de lancer ces tests unitaires avec valgrind sur *tous* les slaves (pour éviter d'avoir tous les slaves qui râlent en même temps, c'est même toi qui l'avait demandé).
Dans ce cas les tests semblent passer sous debian (c'est pour ça que ça franchit successivement coverage et valgrind-unit sans souci) mais foire sur le all-slaves.
Supprimer valgrind-unit n'améliorerait pas la situation actuelle mais obligerait à lancer les tests sur tous les slaves même quand il y a un problème basique impactant tous les slaves. Ici le problème n'impacte pas tous les slaves, donc on ne voit pas l'intérêt de valgrind-unit…
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ok. Effectivement, la dépendance unit > all-slaves-unit est justifée.
Pour boucler la boucle, on pourrait avoir:
coverage (meccano) 4' > all-slaves (sans unit) 4' > unit 20' > all-slaves (avec unit) 20 '
mais cela en fait un de plus...
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1604Le calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -t2018-04-10T12:28:09+02:00Vidjil TeamLe calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -tSi on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers...Si on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers V (et même x - s + 1) par exemple.
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ok
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Tout doit se faire dans kmerstore.h
- en entrée, les insert() reçoivent et utilisent keep_only : à stocker
- en sortie, getProbabilityAtLeastOrAbove()
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68fef14. Quitte à prendre en compte le -t, autant être plus générique : si on n'a inséré que des choses de 200 ou moins, le calcul devrait prendre en compte ces 200.
Pour faire le changement souhaité, il faut maintenant faire quelque chose du type :
int n_max = atMostMaxSizeIndexing(length) - getS() + 1;
dans getProbabilityAtLeastOrAbove()
Mais j'ai maintenant des doutes : veut-on remplacer vraiment n par n_max dans toute cette fonction ? Est-ce que le index_load n'a pas déjà pris cela en compte ?
Bref, je te laisse voir :-)
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Dans une séquence de longueur 200, même si on n'a inséré que des séquences de longueur 100 :
- la proba d'avoir exactement 18 k-mers est toujours la même ?
- et celle d'avoir 150 k-mers ? Elle est faible... mais pas nulle (et d'ailleurs, on trouvera des séquences chimériques avec cela). Est-ce que le but est de mettre cela à zéro ?
ou bien est-ce que cela doit être fait finalement dans affectanalyser.cpp:160 ? Qu'est-ce que cela signifie ?
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La proba d'avoir 18 k-mers par hasard est plus élevée dans une séquence de longueur 200 que de longueur 100. De manière générale, il existe au moins une valeur t pour laquelle t k-mers dans 100nt est significatif mais pas t dans 200nt.
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ok pour la longueur de la séquence observée, mais est-ce que cela dépend de la longueur de la séquence insérée ? (Cette dépendence ne serait-elle pas déjà dans le index_load ?)
En tout cas, si tu penses avoir la formule, vas-y :-)
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Je pense que je ne comprends pas ce que tu veux dire :)
Par exemple pour l'instant on calcule la probabilité à gauche sur toute la longueur jusqu'à first_pos_max. Ce qui est très bien puisque cela évite de prendre en compte le N (dans lequel on ne s'attend pas à avoir de k-mers). Là c'est la même chose : on ne veut pas prendre en compte le début du V puisqu'on ne s'attend pas à avoir de k-mers dedans.
Autrement dit, entre un read qui contient 100nt de V et un read qui contient 300nt du même V, on ne devrait pas avoir une e-valeur différente (avec -t 100).
***
Après réflexion collective, un segment de 200, même avec -t 100, contient aussi un certain nb de kmers "aléatoires" dans les 100 premiers nt, qui fait que le calcul de la e-valeur serait tout de même bon (à peu près).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1591server/apache2_install.sh2020-12-11T13:15:15+01:00Vidjil Teamserver/apache2_install.shContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
***
@nobodyContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1583Makefile: ne pas regénérer vidjil et align.cgi quand pas besoin2016-11-29T14:38:13+01:00Vidjil TeamMakefile: ne pas regénérer vidjil et align.cgi quand pas besoinMême sans rien modifier, un make refait toujours vidjil et align.cgi
- vidjil.o: c'est à cause de git-version.h, qui est toujours regénéré même si cela n'a pas changé
- align.cgi : je ne sais aps
***
ab1e8ea: git-version.h.
Il reste le...Même sans rien modifier, un make refait toujours vidjil et align.cgi
- vidjil.o: c'est à cause de git-version.h, qui est toujours regénéré même si cela n'a pas changé
- align.cgi : je ne sais aps
***
ab1e8ea: git-version.h.
Il reste les exécutables vidjil et align.cgi
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e04751b et 9f3e2d8
***
@nobody