vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-04-14T10:36:43+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4243Login sur review server boucle alors que loggué2020-04-14T10:36:43+02:00Mathieu GiraudLogin sur review server boucle alors que logguéconfirmé aussi par @flothoniconfirmé aussi par @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4233Avoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une config2020-06-25T20:35:22+02:00Mikaël SalsonAvoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une configSuite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.Suite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4202Clones dans .analysis (et pas dans .vidjil): ne créer de nouveau locus que si...2020-02-25T19:37:07+01:00Mathieu GiraudClones dans .analysis (et pas dans .vidjil): ne créer de nouveau locus que si reads existe et est > 0 ?
Pour compléter !602 :
> éventuellement ne créer le clone que si le nombre de reads est > 0, mais il faudrait être sûr que cela ne gène pas les créations manuelles de clones
Évoqué avec @flothoni, ~"priority-1-low". Après #2603.
Pour compléter !602 :
> éventuellement ne créer le clone que si le nombre de reads est > 0, mais il faudrait être sûr que cela ne gène pas les créations manuelles de clones
Évoqué avec @flothoni, ~"priority-1-low". Après #2603.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4180Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus2020-12-04T14:19:03+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dessinant les chromosomes et les locusÉvoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se ...Évoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se sont passés les recombinaisons.
(En utilisant les dessins qui auraient du être fait il y a quelques temps par un graphiste ?)
Mais comment représenter les recombinaisons ? Des points/bars à des positions ?
#3192 (et #1887) sont probablement plus réalisables.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4179Rupture de l'axe des Y / broken Y-axis2020-02-12T16:48:49+01:00Mathieu GiraudRupture de l'axe des Y / broken Y-axisDiscuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". P...Discuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". Par exemple, si le clone 1 est > 3-4 fois le clone 2, couper l'axe pour qu'il soit toujours au moins 2x plus gros que le clone 2. Ces cas peuvent cependant être très fréquents pour des échantillons de diag.
(Au passage, pas exactement sur le même sujet, https://www.data-to-viz.com/caveat/cut_y_axis.html)
@duez : "si on fait un truc automatique, il faudra avoir une préférence pour l'enlever"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4177Courbes un peu plus angulées mais pas comme avant2020-02-12T16:40:31+01:00Mathieu GiraudCourbes un peu plus angulées mais pas comme avantVu avec @duez et @mikael-s: depuis !581, les courbes sont très smooth.
Possible qu'elles soient un tout petit plus anguleuses ?
Ou à terme, une préférence "smooth: off/on" ?Vu avec @duez et @mikael-s: depuis !581, les courbes sont très smooth.
Possible qu'elles soient un tout petit plus anguleuses ?
Ou à terme, une préférence "smooth: off/on" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4176Filtrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleur2020-02-12T16:38:33+01:00Mathieu GiraudFiltrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleurÉvoqué avec @duez
Cas particulier de #2059 et #2370, bonus, rien d'urgentÉvoqué avec @duez
Cas particulier de #2059 et #2370, bonus, rien d'urgenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4163AIRR: warnings pour IgBlast2020-01-24T10:49:25+01:00Mathieu GiraudAIRR: warnings pour IgBlast@flothoni : ~"bio-e-value"
mais "IgBlast n'est pas un bon candidat"@flothoni : ~"bio-e-value"
mais "IgBlast n'est pas un bon candidat"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4101Get the number of current logged-in users2020-09-23T20:27:49+02:00Thonier FlorianGet the number of current logged-in users@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc ...@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4059URL et sélection de clones non visibles2019-11-21T17:09:16+01:00Mathieu GiraudURL et sélection de clones non visibleshttps://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=26912&config=25&clone=8
Pas sûr que l'URL fonctionne. Plus généralement, que se passe-t-il si un clone n'est pas visible ? #4058, mais pas que: filtrage, locus, ... ?https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=26912&config=25&clone=8
Pas sûr que l'URL fonctionne. Plus généralement, que se passe-t-il si un clone n'est pas visible ? #4058, mais pas que: filtrage, locus, ... ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4031Meilleures barres de progresion2019-11-06T09:56:09+01:00Mathieu GiraudMeilleures barres de progresionFactoriser les barres de `windowExtractor` !530 et de `vidjil.cpp`.
Avoir un meilleur rendu (pourcentage en cours ?).
Nous-même ou une librairie ?Factoriser les barres de `windowExtractor` !530 et de `vidjil.cpp`.
Avoir un meilleur rendu (pourcentage en cours ?).
Nous-même ou une librairie ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3963gitlab-ci.yml: utiliser `default:`2019-08-02T14:19:13+02:00Mathieu Giraudgitlab-ci.yml: utiliser `default:`https://about.gitlab.com/2019/07/22/gitlab-12-1-released/#codedefaultcode-keyword-for-top-level-codegitlab-ciymlcode-configurations
voir aussi #3450https://about.gitlab.com/2019/07/22/gitlab-12-1-released/#codedefaultcode-keyword-for-top-level-codegitlab-ciymlcode-configurations
voir aussi #3450https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3887vidjil-algo: parse config.labels within CL11_json2019-04-02T16:45:19+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse config.labels within CL11_json!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3846User interface for entering spikes2023-06-28T17:35:35+02:00Mathieu GiraudUser interface for entering spikes~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3832Upload puis lancement multiple via .csv2021-12-21T11:17:34+01:00Mathieu GiraudUpload puis lancement multiple via .csvSuggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.Suggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3783Une séquence vide peut générer un bad_alloc ?2019-03-07T18:37:06+01:00Mathieu GiraudUne séquence vide peut générer un bad_alloc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3776app/analyze: info sur ligne de commande, version vidjil-algo, log...2019-03-15T19:58:52+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: info sur ligne de commande, version vidjil-algo, log...Avoir un bouton "info" similaire à celui du ~clientAvoir un bouton "info" similaire à celui du ~clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3775Vidjil-algo / CLI11: mieux utiliser et homogénéiser le mécanisme d'erreurs2019-03-14T16:12:34+01:00Mathieu GiraudVidjil-algo / CLI11: mieux utiliser et homogénéiser le mécanisme d'erreurshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3736FineSegmenter et séquences revcomp ?2020-05-28T12:09:12+02:00Mathieu GiraudFineSegmenter et séquences revcomp ?Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `se...Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `sequence_or_rc = revcomp(sequence, reversed);`)...
Peut-être qu'un ~"dev\-refactor" permettrait de séparer cela avec
- un `FineSegmenter` qui ne traite que des séquences dans le bon sens
- un wrapper qui fonctionne pour les deux senshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3732Output files depuis client ?2019-02-13T10:49:20+01:00Mathieu GiraudOutput files depuis client ?De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.