vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:17:20+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4975Récupérer les subsets ?2023-03-28T16:17:20+02:00Mathieu GiraudRécupérer les subsets ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4944Analyse chaîne légère et mutation R1102022-03-04T13:00:26+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse chaîne légère et mutation R110Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à ...Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à la jonction entre le J et la partie constante.
Par conséquent, nous aimerions analyser des séquences de chaînes légères sur vidjil, pour détecter la présence de cette mutation. dans un premier temps, avec des fastq ne contenant que des chaînes légères (au moins lambda, ou kappa + lambda), et dans l'idéal à terme, à partir de fastq contenant les IGH + les IGL.
Après un premier test, je vois qu'il y a un problème d'analyse de la productivité sur les clones lambda que j'ai importés.
Je voudrais aussi pouvoir analyser des fastq IGH + IGL, mais il me semble qu'avec les paramètres actuels de Vidjil, les clones IGH vont représenter la très grande majorité des 100 premiers clones et que je ne pourrai pas visualiser mes clones lambda, srutotu que pour l'instant ma PCR est peu efficace. Est-ce possible de remédier à cela d'une manière ou d'une autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4723Identifier le V dans les séquences non mergées2021-04-01T15:56:33+02:00Anne de SeptenvilleIdentifier le V dans les séquences non mergéesPour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'A...Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4412Avoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nom...2020-07-22T16:15:30+02:00Mikaël SalsonAvoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nombre d'hypermutations
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la...
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la même chose.
Mais il existe un V à une mutation près qu'on ne signale pas. En temps normal c'est probablement légitime : si on a l'intégralité d'un V qui matche à 100% avec le read, on n'a probablement pas envie de signaler les V qui sont à 1nt d'écart. En revanche quand on a 5%-10% de mutations, avoir seulement une différence dans le V c'est de l'ordre du bruit de fond et cela devrait probablement être signalé.
Cela m'évoque d'une certaine façon !157 où le score des délétions change en fonction du % de mutations.