vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-28T09:25:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3833Clone en R2 perdu en R1+R2 (+R2)2019-03-28T09:25:40+01:00Mathieu GiraudClone en R2 perdu en R1+R2 (+R2)Naïs ~"TOU\-Toulouse" a au moins deux cas en tête où un clone en R2 est perdu lorsqu'on fait un merge. Elle nous envoie un lien.Naïs ~"TOU\-Toulouse" a au moins deux cas en tête où un clone en R2 est perdu lorsqu'on fait un merge. Elle nous envoie un lien.Thonier FlorianThonier Florian2019-03-29https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2824Tutoriel : dire de filtrer par #Demo2020-09-28T00:25:09+02:00Mikaël SalsonTutoriel : dire de filtrer par #DemoQuand les gens ont plein d'échantillon, ils ne trouvent pas le Démo.Quand les gens ont plein d'échantillon, ils ne trouvent pas le Démo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2802Tip of the day : tips pour mettre en ligne2017-11-20T15:12:53+01:00Mathieu GiraudTip of the day : tips pour mettre en ligneProposition : d3f2ff5c, on met les tips T01 (même sans #2116/!107) , T02, T03 et T30, T31, T32.
Faire des images au moins pour T02 et T03 (300x300 pixels, comme pour `doc/tips/T01.png`)
cc @flothoni @aurelBZHProposition : d3f2ff5c, on met les tips T01 (même sans #2116/!107) , T02, T03 et T30, T31, T32.
Faire des images au moins pour T02 et T03 (300x300 pixels, comme pour `doc/tips/T01.png`)
cc @flothoni @aurelBZHWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2798Interaction avec bioinfos durant le workshop2017-11-29T09:16:55+01:00Mathieu GiraudInteraction avec bioinfos durant le workshop#1589 #2797 #2193
cc @RyanHerb @flothoni @aurelBZH#1589 #2797 #2193
cc @RyanHerb @flothoni @aurelBZHWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2776Mettre à jour le tutoriel pour les TPs2017-11-20T19:18:05+01:00Mathieu GiraudMettre à jour le tutoriel pour les TPsQue mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi...Que mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi, et on en discute ce mercredi à 14h.
Voir aussi #2058 vdj#195 vdj#352Web 2017.112017-11-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
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Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
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Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1781Indice/index de clonalité, diversité : par locus ?2022-02-17T09:53:37+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité, diversité : par locus ?Ce serait intéressant d'avoir aussi les mesures de diversité par locus.
- avec un Stats étendu ? (bof, va stocker bcp de choses redondantes)
- avec BinReadStorage ? (et supprimer définitivement Stats ?)
- ou bien, peut-être plus simp...Ce serait intéressant d'avoir aussi les mesures de diversité par locus.
- avec un Stats étendu ? (bof, va stocker bcp de choses redondantes)
- avec BinReadStorage ? (et supprimer définitivement Stats ?)
- ou bien, peut-être plus simple, tout laisser tel quel et faire des boucles dans windowStorage au moment de computeDiversity()
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Évoqué lors du VW16.
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@nobodyAlgo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
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Discuté lors du VW16.
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Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
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Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1639Export svg générique sur toute vue grid / bar2016-11-29T14:38:53+01:00Vidjil TeamExport svg générique sur toute vue grid / barEn fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
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Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
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Discuté lors du VW16. People want to expor...En fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
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Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
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Discuté lors du VW16. People want to export data.
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Marc, pourrais-tu regarder l'export svg s'il te plaît ? merci.
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Export svg : ok, merci Marc. Export csv: autre tâche
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1469Récupérer les reads d'un clone2019-09-18T15:20:16+02:00Vidjil TeamRécupérer les reads d'un clone- grep exact sur la window
- ou relancer vidjil, il kmer-segmente et renvoie ceux qui ont une certaine window.
(Pour ne pas faire long, on pourrait se limiter aux 1000 premières séquences matchantes... et encore)
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Remonté. Ce se...- grep exact sur la window
- ou relancer vidjil, il kmer-segmente et renvoie ceux qui ont une certaine window.
(Pour ne pas faire long, on pourrait se limiter aux 1000 premières séquences matchantes... et encore)
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Remonté. Ce serait vraiment bien.
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620027d..427bd13
Fonctionnel... pour les admins.
1) Charger des données (par exemple SOL(548) en IGH...)
2) Le menu dév doit être visible (Ctrl-A)
3) clone → info → "get_reads"
Cela schedule une task avec l'option "grep_reads"
4) en revenant sur la db, quand c'est fini, "dl"
5) effacer le task/run, pour ne pas polluer les prochains fuse :-)
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À discuter ensemble de comment rendre cela plus souple et fonctionnel pour les utilisateurs.
Est-ce une bonne idée, ou pas, d'utiliser db.results_file ? Quiite à tagguer pour que ce ne soit pas dans le fuse ?
En tout cas, pour que ce ne soit pas bloquant, il faut le scheduler... on a donc soit la solution de revenir, comme maintenant, sur la page db, soit de faire une attente bloquante uniquement pour l'utilisateur.
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-> donc oui, on peut stocker db.results_file, mais faire les choses proprement pour que cela ne pollue pas notre sortie principale (et pas que ce soit fusé !)
Donc à mettre sur une autre zone de l'écran patient/info.
Regarder aussi pourquoi cela ne marche pas sur certains fichiers.
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@magiraud2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/878Stockage des préférences2020-09-23T17:37:53+02:00Vidjil TeamStockage des préférences- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@Ry...- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@RyanHerb @Duezmarc duezmarc duez