vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-05-25T10:05:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4076Require (or suggest) that a user changes its password on her first login2019-12-02T19:01:01+01:00Mathieu GiraudRequire (or suggest) that a user changes its password on her first loginWhen a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.When a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4011Better document "slow" options that should be avoided2019-10-23T07:06:33+02:00Mathieu GiraudBetter document "slow" options that should be avoided(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended opti...(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended options are clearly docuemted as such:
- in `-h` / `-H` (we could also move options from `-h` to advanced usage `-H`)
- with `Warning for non-optimal use` on stdout (we have already some)
- in `doc/vidjil-algo.md`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3790Tester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py2019-03-12T14:53:48+01:00Mathieu GiraudTester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3788Avoir plus de jeux de données réels complets, montrant différentes situations...2020-12-09T15:42:35+01:00Mathieu GiraudAvoir plus de jeux de données réels complets, montrant différentes situations bioPour #2723 et d'autres choses, étendre `demo/get-sequences` pour récupérer plusieurs jeux de données publics avec une variété de situations :
- ~"bio\-amplicons", ~"bio\-capture"
- ~"sequencers\-Illumina", ~"sequencers\-Ion", ~"sequ...Pour #2723 et d'autres choses, étendre `demo/get-sequences` pour récupérer plusieurs jeux de données publics avec une variété de situations :
- ~"bio\-amplicons", ~"bio\-capture"
- ~"sequencers\-Illumina", ~"sequencers\-Ion", ~"sequencers\-Nanopore"
- ~"patho\-ALL" ~"patho\-LLC", mais aussi d'autres, et aussi du ~"bio\-immuno"
- des longueurs de reads / des qualités différentees
- des locus différents, des ~"bio\-germlines\-pseudo"
- des ~"bio\-species"
Sources :
- ce qu'on a déjà, L4 ?
- OAS vdj#677 ?
- ... ?
mais #3597
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3777app/analyze: séquences de démo2019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: séquences de démoAvoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.Avoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1113Login ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe2020-09-24T15:02:03+02:00Vidjil TeamLogin ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2745Tooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web2019-03-19T19:37:56+01:00Mathieu GiraudTooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael e...@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael et @RyanHerb. Il devrait y avoir de l'aide (discrète) sur beaucoup d'éléments...
On peut débuter en mettant des choses du type :
~~`<span class='help'><a link="user#processing-samples-configs">Configs</a> are set of options to run an analysis program on the sample</span>`~~
-> non, compléter `js/doc.js`, voir ci dessous
Quand on le peut, on fait des liens vers des sections de `doc/user.md` (ici http://www.vidjil.org/doc/user#processing-samples-configs).
Cette tâche se concentre sur la rédaction de ce type liens d'aide pertinent (discussion sur l'implémentation et le rendu: #1945).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4704Documenter / cacher -c detect / windows / germline ?2021-02-17T14:39:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / cacher -c detect / windows / germline ?Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?...Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?
Je penche pour cacher tout cela, ou au moins le mettre en "advanced options" (à voir comment, passer tout `-c` en advanced ? Et faire un preset pour `-c designations -2 -3` ?)
Ce n'est pas que du ~bikeshedding, c'est juste qu'une commande non documentée n'apporte pas de clarté. Dans tout vidjil-algo.md, il y a une seule occurrence de `-c designations`, et aucune des autres. Surtout que, selon la commande, plein d'autres options ne servent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2332clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences2017-12-04T11:47:21+01:00Mathieu Giraudclonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquencesÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothoniÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4807Mieux documenter le lien algo > client2021-06-22T19:15:28+02:00Mathieu GiraudMieux documenter le lien algo > client
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too lar...
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too large. What we have on the server is that the files are first post-processed with tools/fuse.py) You can also send us a few of these files, we will check with you whether everything worked.
> We advise you to go through the main tutorial, that covers most of the features → http://www.vidjil.org/doc/tutorial/mastering-vidjil.pdf
Voir aussi si l'on documente le dépôt de .vidjil sur le compte (la config existe-t-elle toujours ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4526Client Vidjil standalone2021-01-22T12:46:56+01:00Mathieu GiraudClient Vidjil standalonePar @duez :
> Navigateur chromium bidouille pour pointer sur un vidjil serveur
- mettre vidjil en page d'acceuil
- supprimmer toute les features inutiles (barre d'adresse/settings/favoris/...)
- restreindre les connections au maximum (...Par @duez :
> Navigateur chromium bidouille pour pointer sur un vidjil serveur
- mettre vidjil en page d'acceuil
- supprimmer toute les features inutiles (barre d'adresse/settings/favoris/...)
- restreindre les connections au maximum (uniquement vidjil server)
- ajouter des features utiles ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4351Auto-logguer Démo ?2020-06-16T11:29:47+02:00Mathieu GiraudAuto-logguer Démo ?
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4155web et doc/vidjil-algo.md: indiquer les temps attendus sur des machines et op...2020-01-23T17:03:54+01:00Mathieu Giraudweb et doc/vidjil-algo.md: indiquer les temps attendus sur des machines et options typiquesNous devrions indiquer des temps typiques sur nos options recommandées, même si évidemment cela dépend de beaucoup de choses. Ce sont des informations que nous savons, qui sont peut-être même déjà sur certains fichiers/issues, mais autan...Nous devrions indiquer des temps typiques sur nos options recommandées, même si évidemment cela dépend de beaucoup de choses. Ce sont des informations que nous savons, qui sont peut-être même déjà sur certains fichiers/issues, mais autant les présenter clairement.
En plus résumé, sur www.vidjil.org on indique "1 Gbp in < 5 minutes for one locus", à voir si cette formulation est toujours bonne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4112Initialisation "Vidjil is loading" / splash screen2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialisation "Vidjil is loading" / splash screenÉvoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.Évoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3741redéployer la doc2019-03-14T16:28:26+01:00Mathieu Giraudredéployer la doc