vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-22T19:15:28+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4807Mieux documenter le lien algo > client2021-06-22T19:15:28+02:00Mathieu GiraudMieux documenter le lien algo > client
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too lar...
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too large. What we have on the server is that the files are first post-processed with tools/fuse.py) You can also send us a few of these files, we will check with you whether everything worked.
> We advise you to go through the main tutorial, that covers most of the features → http://www.vidjil.org/doc/tutorial/mastering-vidjil.pdf
Voir aussi si l'on documente le dépôt de .vidjil sur le compte (la config existe-t-elle toujours ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4704Documenter / cacher -c detect / windows / germline ?2021-02-17T14:39:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / cacher -c detect / windows / germline ?Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?...Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?
Je penche pour cacher tout cela, ou au moins le mettre en "advanced options" (à voir comment, passer tout `-c` en advanced ? Et faire un preset pour `-c designations -2 -3` ?)
Ce n'est pas que du ~bikeshedding, c'est juste qu'une commande non documentée n'apporte pas de clarté. Dans tout vidjil-algo.md, il y a une seule occurrence de `-c designations`, et aucune des autres. Surtout que, selon la commande, plein d'autres options ne servent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4351Auto-logguer Démo ?2020-06-16T11:29:47+02:00Mathieu GiraudAuto-logguer Démo ?
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4155web et doc/vidjil-algo.md: indiquer les temps attendus sur des machines et op...2020-01-23T17:03:54+01:00Mathieu Giraudweb et doc/vidjil-algo.md: indiquer les temps attendus sur des machines et options typiquesNous devrions indiquer des temps typiques sur nos options recommandées, même si évidemment cela dépend de beaucoup de choses. Ce sont des informations que nous savons, qui sont peut-être même déjà sur certains fichiers/issues, mais autan...Nous devrions indiquer des temps typiques sur nos options recommandées, même si évidemment cela dépend de beaucoup de choses. Ce sont des informations que nous savons, qui sont peut-être même déjà sur certains fichiers/issues, mais autant les présenter clairement.
En plus résumé, sur www.vidjil.org on indique "1 Gbp in < 5 minutes for one locus", à voir si cette formulation est toujours bonne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4112Initialisation "Vidjil is loading" / splash screen2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialisation "Vidjil is loading" / splash screenÉvoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.Évoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4076Require (or suggest) that a user changes its password on her first login2019-12-02T19:01:01+01:00Mathieu GiraudRequire (or suggest) that a user changes its password on her first loginWhen a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.When a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4011Better document "slow" options that should be avoided2019-10-23T07:06:33+02:00Mathieu GiraudBetter document "slow" options that should be avoided(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended opti...(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended options are clearly docuemted as such:
- in `-h` / `-H` (we could also move options from `-h` to advanced usage `-H`)
- with `Warning for non-optimal use` on stdout (we have already some)
- in `doc/vidjil-algo.md`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3790Tester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py2019-03-12T14:53:48+01:00Mathieu GiraudTester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3788Avoir plus de jeux de données réels complets, montrant différentes situations...2020-12-09T15:42:35+01:00Mathieu GiraudAvoir plus de jeux de données réels complets, montrant différentes situations bioPour #2723 et d'autres choses, étendre `demo/get-sequences` pour récupérer plusieurs jeux de données publics avec une variété de situations :
- ~"bio\-amplicons", ~"bio\-capture"
- ~"sequencers\-Illumina", ~"sequencers\-Ion", ~"sequ...Pour #2723 et d'autres choses, étendre `demo/get-sequences` pour récupérer plusieurs jeux de données publics avec une variété de situations :
- ~"bio\-amplicons", ~"bio\-capture"
- ~"sequencers\-Illumina", ~"sequencers\-Ion", ~"sequencers\-Nanopore"
- ~"patho\-ALL" ~"patho\-LLC", mais aussi d'autres, et aussi du ~"bio\-immuno"
- des longueurs de reads / des qualités différentees
- des locus différents, des ~"bio\-germlines\-pseudo"
- des ~"bio\-species"
Sources :
- ce qu'on a déjà, L4 ?
- OAS vdj#677 ?
- ... ?
mais #3597
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3777app/analyze: séquences de démo2019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: séquences de démoAvoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.Avoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3741redéployer la doc2019-03-14T16:28:26+01:00Mathieu Giraudredéployer la dochttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3730Aho : ne le mettre par défaut qu'à partir d'une certaine taille ?2020-05-07T08:21:55+02:00Mathieu GiraudAho : ne le mettre par défaut qu'à partir d'une certaine taille ?Chez moi, `doc-examples.should-get` (7 lancements) met 50 secondes sur `dev` et 132 secondes sur !78.
Soit environ 10 secondes de plus par lancement. Vient de #3729 ou de la construction ?Chez moi, `doc-examples.should-get` (7 lancements) met 50 secondes sur `dev` et 132 secondes sur !78.
Soit environ 10 secondes de plus par lancement. Vient de #3729 ou de la construction ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3047vidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent2018-02-09T17:18:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3028La quatorzième séquence de X5 est en BUG, court DD2 non trouvé2020-05-20T16:18:52+02:00Mathieu GiraudLa quatorzième séquence de X5 est en BUG, court DD2 non trouvéTagguée depuis 5469353/348ba98, mais elle doit être en bug depuis longtemps.
`TRDV1*01 5//3 TRDD2*01 1//7 TRAJ29*01`, found instead `TRDV1*01 5/TCCTA/7 TRAJ29*01`
Vérifier cela (et peut-être on en parle déjà dans une autre issue ?). Ét...Tagguée depuis 5469353/348ba98, mais elle doit être en bug depuis longtemps.
`TRDV1*01 5//3 TRDD2*01 1//7 TRAJ29*01`, found instead `TRDV1*01 5/TCCTA/7 TRAJ29*01`
Vérifier cela (et peut-être on en parle déjà dans une autre issue ?). Étant donné que c'est notre jeu de démo principal, que ce soit sur `app` ou dans `demo/`, cette séquence mérite qu'on y prette attention :-)Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3022Mettre à jour Demo-X52019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu GiraudMettre à jour Demo-X5Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2870Mieux expliquer le "cluster" sur le client2017-11-22T13:00:23+01:00Tatiana RocherMieux expliquer le "cluster" sur le clientLors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologis...Lors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologistes, de faire le cluster. Les nouveaux utilisateurs pourraient être perdus.
Est ce qu'on pourrait rajouter des exemples de cluster, ou demander à quelqu'un de le faire ? Ou autre idée
?