vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-12-02T19:01:01+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4076Require (or suggest) that a user changes its password on her first login2019-12-02T19:01:01+01:00Mathieu GiraudRequire (or suggest) that a user changes its password on her first loginWhen a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.When a user logs for a first time, she should be redirected to the "change password" screen, maybe with a "Welcome to Vidjil!" greeting message.
See also #3367.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3718Tutoriel : mettre à jour en ajoutant les nouveautés2019-11-22T18:26:19+01:00Mikaël SalsonTutoriel : mettre à jour en ajoutant les nouveautésIl y a de nouvelles fonctionnalités depuis le dernier workshop (voire avant). Ce serait bien qu'elles soient mentionnées dans le tutoriel.
Il faut faire un peu le tour des nouvelles fonctionnalités et de ce qu'on devrait ajouter dans le...Il y a de nouvelles fonctionnalités depuis le dernier workshop (voire avant). Ce serait bien qu'elles soient mentionnées dans le tutoriel.
Il faut faire un peu le tour des nouvelles fonctionnalités et de ce qu'on devrait ajouter dans le tutoriel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4011Better document "slow" options that should be avoided2019-10-23T07:06:33+02:00Mathieu GiraudBetter document "slow" options that should be avoided(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended opti...(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended options are clearly docuemted as such:
- in `-h` / `-H` (we could also move options from `-h` to advanced usage `-H`)
- with `Warning for non-optimal use` on stdout (we have already some)
- in `doc/vidjil-algo.md`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2065Pre-process par défaut2019-10-07T16:10:55+02:00Mathieu GiraudPre-process par défautSuite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut cré...Suite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut créer tout de même les deux pre-process, en mettant les droits pour que cela ne soit pas accessible tant que l'admin ne les ait pas activés.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2740CLI: définir et utiliser ->advanced()2019-03-21T09:10:49+01:00Mathieu GiraudCLI: définir et utiliser ->advanced()Bloque #2732.
Les options `-h` / `-H` sont assez pertinentes, on ne veut pas montrer toujours toutes les options.
Pour retrouver cela en restant dans l'esprit de CLI11, on pourrait définir une `Option *advanced()` qui mettrait un flag ...Bloque #2732.
Les options `-h` / `-H` sont assez pertinentes, on ne veut pas montrer toujours toutes les options.
Pour retrouver cela en restant dans l'esprit de CLI11, on pourrait définir une `Option *advanced()` qui mettrait un flag `advanced` aux options en question.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2745Tooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web2019-03-19T19:37:56+01:00Mathieu GiraudTooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael e...@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael et @RyanHerb. Il devrait y avoir de l'aide (discrète) sur beaucoup d'éléments...
On peut débuter en mettant des choses du type :
~~`<span class='help'><a link="user#processing-samples-configs">Configs</a> are set of options to run an analysis program on the sample</span>`~~
-> non, compléter `js/doc.js`, voir ci dessous
Quand on le peut, on fait des liens vers des sections de `doc/user.md` (ici http://www.vidjil.org/doc/user#processing-samples-configs).
Cette tâche se concentre sur la rédaction de ce type liens d'aide pertinent (discussion sur l'implémentation et le rendu: #1945).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3719Tutoriel : ajouter les choses spécifiques à la CLL2019-03-15T09:33:34+01:00Mikaël SalsonTutoriel : ajouter les choses spécifiques à la CLLOn a des fonctionnalités plus spécifiques à la CLL, elles devraient apparaître dans le tutoriel. Voire avoir une partie plus LAL et une partie plus CLL ?On a des fonctionnalités plus spécifiques à la CLL, elles devraient apparaître dans le tutoriel. Voire avoir une partie plus LAL et une partie plus CLL ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3741redéployer la doc2019-03-14T16:28:26+01:00Mathieu Giraudredéployer la dochttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3790Tester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py2019-03-12T14:53:48+01:00Mathieu GiraudTester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3022Mettre à jour Demo-X52019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu GiraudMettre à jour Demo-X5Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3777app/analyze: séquences de démo2019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: séquences de démoAvoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.Avoir un bouton "examples" qui remplit la zone de texte avec quelque chose comme `Demo-X5` #3022.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3047vidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent2018-02-09T17:18:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2635Mettre des jeux de démo dans demo/2018-02-01T10:01:26+01:00Mathieu GiraudMettre des jeux de démo dans demo/Suite à #2611, on souhaiterait mettre dans `demo/` des jeux de séquences pertinents biologiquement, et en parler dans `doc/algo.org`. Par exemple déjà `Demo X5`.
Cela pourrait être aussi des jeux de données mis sur le serveur, voir vdj#...Suite à #2611, on souhaiterait mettre dans `demo/` des jeux de séquences pertinents biologiquement, et en parler dans `doc/algo.org`. Par exemple déjà `Demo X5`.
Cela pourrait être aussi des jeux de données mis sur le serveur, voir vdj#195.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2332clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences2017-12-04T11:47:21+01:00Mathieu Giraudclonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquencesÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothoniÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1706Couleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?2017-12-04T11:20:35+01:00Vidjil TeamCouleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?Comparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudComparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2611Ranger data2017-11-24T10:04:46+01:00Mathieu GiraudRanger dataVu les derniers jours : la plupart des données de `data/` devraient être dans quelque chose type `algo/tests/data`.
On ne devrait laisser facilement accessible que des données intéressantes pour les utilisateurs.
Voir aussi #1491.Vu les derniers jours : la plupart des données de `data/` devraient être dans quelque chose type `algo/tests/data`.
On ne devrait laisser facilement accessible que des données intéressantes pour les utilisateurs.
Voir aussi #1491.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2870Mieux expliquer le "cluster" sur le client2017-11-22T13:00:23+01:00Tatiana RocherMieux expliquer le "cluster" sur le clientLors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologis...Lors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologistes, de faire le cluster. Les nouveaux utilisateurs pourraient être perdus.
Est ce qu'on pourrait rajouter des exemples de cluster, ou demander à quelqu'un de le faire ? Ou autre idée
?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.