vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-05-10T11:56:21+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5137Error of update on warings view2023-05-10T11:56:21+02:00THONIER FlorianError of update on warings viewA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5118Warnings view; unknown warnings are not shown2023-03-28T16:00:55+02:00THONIER FlorianWarnings view; unknown warnings are not shownIf I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.If I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5102Fuse, bad merge of sample warnings2023-01-12T15:31:57+01:00Thonier FlorianFuse, bad merge of sample warningsWarnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of war...Warnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of warn (include sample position related to warning)
* [ ] Show warnings on the client ==> #5103https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4881Spam de initMenu sur app2021-10-20T18:15:33+02:00Thonier FlorianSpam de initMenu sur appLorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On...Lorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On a donc cette erreur fictive qui s'affiche à charque chargement de page.
Je pense que l'on doit reparamètrer app pour ne pas chercher a afficher ces fichiers, et donc ne plus lever d'erreurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4425Vidjil-algo : les warnings sont affichés y compris pour des clones qui ne son...2021-04-28T14:38:32+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : les warnings sont affichés y compris pour des clones qui ne sont pas affichésEn lançant :
`./vidjil-algo -r 1 -g germline demo/LIL-L4.fastq.gz`
on obtient (depuis !711 ?) à la fin de nombreuses lignes consécutives :
```
[warning] (W50) Short or shifted window
```
Or on ne sait pas ce que ça veut dire puisque ...En lançant :
`./vidjil-algo -r 1 -g germline demo/LIL-L4.fastq.gz`
on obtient (depuis !711 ?) à la fin de nombreuses lignes consécutives :
```
[warning] (W50) Short or shifted window
```
Or on ne sait pas ce que ça veut dire puisque les clones ne sont plus affichés. Donc n'afficher ces warnings sur la sortie standard que si le clone lui-même est affiché.Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4701Non-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présent2021-04-14T17:49:49+02:00Mathieu GiraudNon-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présentTrès lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Très lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4578Warnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur d...2021-02-23T10:33:35+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur différents samplesEn lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais...En lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais il faudrait possiblement mettre un niveau plus élevé pour le faire ressortir (en attendant une meilleur gestion du bruit des warnings).
De plus, comment faire ressortir que c'est le sample 3 qui présente la divergence sur les XXX présent ? E tque c'est les samples 3 et 5 sur les YYY présent ?
Il faudrait faire des fusions des warning pour permettre d'extraire l'information et la fusionner au besoin au sein d'une seule entrée plus lisible.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4566Warnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur di...2020-12-09T13:56:04+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur différents samplesUn cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je ...Un cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je propose de créer une nouvelle alerte, dans la catégorie `Comparisons between several samples` (W8x). (Bon il faudrait quand même améliorer la ratio signal/bruit pour la faire ressortir).
Cela passe par le fuse puisque qu'il faut plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3811Les warnings ne sont pas produits avec `-c designations`2020-06-10T19:46:15+02:00Mikaël SalsonLes warnings ne sont pas produits avec `-c designations`Je ne sais pas si c'est le cas de tous mais par exemple pour cette séquence on a un warning en `-c clones -r 1` alors qu'il n'apparaît pas en `-c designations` (deux V ont la même proba). C'est gênant pour ~"app\-analyze"
```
>seq
GGAG...Je ne sais pas si c'est le cas de tous mais par exemple pour cette séquence on a un warning en `-c clones -r 1` alors qu'il n'apparaît pas en `-c designations` (deux V ont la même proba). C'est gênant pour ~"app\-analyze"
```
>seq
GGAGTTGCTCATTTACTTTAACAACAACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTCTCAGCTAAGATGCCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATCCAGCCCTCAGAACCCAGGGACTCAGCTGTGTACTTCTGTGCCAGCAGTTT
CTCGACCTGTTCGG
CTAACTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAA
```Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4032Warning dans le client et plusieurs samples : simplifier, factoriser2019-11-26T16:24:32+01:00Mikaël SalsonWarning dans le client et plusieurs samples : simplifier, factoriserDans le client dès qu'un warning est affiché pour un clone, il semble devoir y en avoir un pour chaque sample.
Par exemple [ici](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=1) le clone a deux warnings pour le premier sample puis n'...Dans le client dès qu'un warning est affiché pour un clone, il semble devoir y en avoir un pour chaque sample.
Par exemple [ici](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=1) le clone a deux warnings pour le premier sample puis n'en a plus, pour autant l'infobulle note "undefined: undefined" pour chacun des autres samples.
D'autre part, [parfois](http://app.vidjil.org/?set=34568&config=25&clone=0) le warning est le même pour tous les samples : il est alors affiché dans l'infobulle autant de fois qu'il y a de samples, ce qui n'apporte pas d'information.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3127Différents levels sur les warnings2019-02-13T16:00:49+01:00Mathieu GiraudDifférents levels sur les warningsAurélie ~"LIL-Lille" a des samples avec beaucoup ou énormément de warnings... s'ils sont partout, l'info utile est cachée.
- Vérifier s'il n'y a pas un soucis
- Même dans le cas où il y a beaucoup de warnings, baisser les seuils (hum...Aurélie ~"LIL-Lille" a des samples avec beaucoup ou énormément de warnings... s'ils sont partout, l'info utile est cachée.
- Vérifier s'il n'y a pas un soucis
- Même dans le cas où il y a beaucoup de warnings, baisser les seuils (hum, non...) ? Faire un warning global ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/981alertes à l'utilisateur en fonction de certaines raisons de non-segmentation2018-11-20T09:34:53+01:00Vidjil Teamalertes à l'utilisateur en fonction de certaines raisons de non-segmentation
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3575Warning si 2 assignations possibles avec le même score dans `align_against_co...2018-10-19T18:54:55+02:00Thonier FlorianWarning si 2 assignations possibles avec le même score dans `align_against_collection`J'ai une séquence issue d'un JURKAT pour lequel on s'attend a retrouvé un TRBV12-3. Or , on retourne un TRBV12-4.
En regardant, on a juste la portion de séquence qui est identique entre le 12-3 et le 12-4 (donc pas de discrimination pos...J'ai une séquence issue d'un JURKAT pour lequel on s'attend a retrouvé un TRBV12-3. Or , on retourne un TRBV12-4.
En regardant, on a juste la portion de séquence qui est identique entre le 12-3 et le 12-4 (donc pas de discrimination possible). Dans ce cas, comment justifier que l'on prenne l'un plutôt que l'autre ?
Si pas de justification possible (ce qui risque d'être le cas); on devrait peut-être levé une alerte pour le signaler.
Question bonus; l'utilisateur me demande de lui dire pourquoi vidjil-algo a fait ce choix (qui est le "mauvais" dans le cas présent).
@magiraud @mikael\-sAlgo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3137vidjil-algo: warning level de W53, similar clone2018-06-12T07:15:59+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: warning level de W53, similar cloneVoir #3127 et #3136.
Le W53 en `info`...
- pour tous les clones ?
- pour tous les clones sauf les 10 premiers (comme cela on voit tout de même le warning si gros clone) ?Voir #3127 et #3136.
Le W53 en `info`...
- pour tous les clones ?
- pour tous les clones sauf les 10 premiers (comme cela on voit tout de même le warning si gros clone) ?Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3136Générer les warning levels depuis vidjil-algo2018-04-17T14:40:05+02:00Mathieu GiraudGénérer les warning levels depuis vidjil-algoVoir #3127.Voir #3127.Algo 2018.04