vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-01-13T16:47:09+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5137Error of update on warings view2023-05-10T11:56:21+02:00THONIER FlorianError of update on warings viewA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5123Warning view; Ugly display on chrome2023-03-28T16:14:38+02:00THONIER FlorianWarning view; Ugly display on chromeWhile I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)While I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5118Warnings view; unknown warnings are not shown2023-03-28T16:00:55+02:00THONIER FlorianWarnings view; unknown warnings are not shownIf I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.If I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5102Fuse, bad merge of sample warnings2023-01-12T15:31:57+01:00Thonier FlorianFuse, bad merge of sample warningsWarnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of war...Warnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of warn (include sample position related to warning)
* [ ] Show warnings on the client ==> #5103https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5071Lever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?2022-10-04T16:32:42+02:00Mathieu GiraudLever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4881Spam de initMenu sur app2021-10-20T18:15:33+02:00Thonier FlorianSpam de initMenu sur appLorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On...Lorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On a donc cette erreur fictive qui s'affiche à charque chargement de page.
Je pense que l'on doit reparamètrer app pour ne pas chercher a afficher ces fichiers, et donc ne plus lever d'erreurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4849pre-process et warnings json : utiliser le même format que vidjil-algo et war...2021-09-17T16:57:50+02:00Mathieu Giraudpre-process et warnings json : utiliser le même format que vidjil-algo et warnings.mdhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4753Warning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage p...2021-04-08T18:56:34+02:00Mikaël SalsonWarning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage pris par fuseSur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en er...Sur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en erreur.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4701Non-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présent2021-04-14T17:49:49+02:00Mathieu GiraudNon-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présentTrès lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Très lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4673Suggestion de nouveaux warnings2021-02-03T09:06:40+01:00Mathieu GiraudSuggestion de nouveaux warningsDe @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenera...De @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenerated nucleotides
> Je repense aux preprocess. Il m'était arrivé un jour à Necker de me retrouver avec des fichiers corrompus pour lesquelles le `gz` sortait des fichiers très inférieurs à sa propre taille, mais qui restait ds les règles du format fastq. Ca mériterais un warning mais je ne pense pas que l'on ait d'outil pour détecter ça.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4669Warning sur certaines séquences en sortie des pre-process2021-01-27T18:45:13+01:00Mathieu GiraudWarning sur certaines séquences en sortie des pre-processEst-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans ...Est-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans le ~cpp pour propager ces warnings aux clones. Bof-bof.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4666Warning reads Illumina non mergés à 151bp ?2021-01-27T18:23:45+01:00Mathieu GiraudWarning reads Illumina non mergés à 151bp ?Vu avec @flothoni : on a des cas avec un pic à 151bp (en distribution) venant probablement de read non mergées.
Florian, c'est quelque chose que tu as vu souvent ?
Est-ce que cela ferait sens de mettre un warning sur les R1 dans "merge+...Vu avec @flothoni : on a des cas avec un pic à 151bp (en distribution) venant probablement de read non mergées.
Florian, c'est quelque chose que tu as vu souvent ?
Est-ce que cela ferait sens de mettre un warning sur les R1 dans "merge+R1" ? Est-on capable de mettre des ~"client-warning" sur les clones de distribution ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4654vidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score2021-01-19T15:48:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score
Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.
De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de ~"bio-e-value". Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simpl...
Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.
De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de ~"bio-e-value". Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simplement dire "on estime que le match entre cette séquence et le gène de la germline n'est pas aléatoire"...
... ce qui ne veut pas dire que c'est le bon gène, juste que c'est le moins pire. On a parfois des cas où l'alignement avec le gene est vraiment douteux, une des causes pouvant être certes, un très forte hypermutation, mais aussi des allèles voir gènes non référencés dans nos ~"bio-germlines". Dans ce cas on passe tout de même la ~"bio-e-value" car il y a une homologie entre les IGHV.
Pourrait-on par exemple lever un ~"client-warning" quand le score n'est "pas bon" ? Mais comment évaluer cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4652Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-product...2021-01-19T10:41:05+01:00Mathieu GiraudWarning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productivesÉvoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"Évoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4651Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes d...2022-01-05T16:20:03+01:00Mathieu GiraudWarning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivitéDisucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.Disucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4578Warnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur d...2021-02-23T10:33:35+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur différents samplesEn lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais...En lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais il faudrait possiblement mettre un niveau plus élevé pour le faire ressortir (en attendant une meilleur gestion du bruit des warnings).
De plus, comment faire ressortir que c'est le sample 3 qui présente la divergence sur les XXX présent ? E tque c'est les samples 3 et 5 sur les YYY présent ?
Il faudrait faire des fusions des warning pour permettre d'extraire l'information et la fusionner au besoin au sein d'une seule entrée plus lisible.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4566Warnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur di...2020-12-09T13:56:04+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur différents samplesUn cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je ...Un cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je propose de créer une nouvelle alerte, dans la catégorie `Comparisons between several samples` (W8x). (Bon il faudrait quand même améliorer la ratio signal/bruit pour la faire ressortir).
Cela passe par le fuse puisque qu'il faut plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4502Warning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les noms2020-09-30T11:13:23+02:00Thonier FlorianWarning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les nomsJ'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms di...J'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms diverges franchement: Je ne suis pas certain de la facilité ou de la propreté d'un tel code, mais on pourrait imaginer que des fichiers qui divergent par plus que R1/R2 ne sont pas conformes.
Ensuite dans les deux cas, ouvrir un popup/modal si l'utilisateur clique sur `submit samples`. Celui-ci listant les erreurs présentes et demandant de confirmer le choix si l'utilisateur pense que c'est bon quand même.
Pour autant que je sache, par défaut les séquenceurs appliquent déjà une politique de nommage par défaut assez strict.
Attention, j'ai déjà vu des associations de fichiers R1/R3 aussi (avec les UMI).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4444Filtrage des warnings2022-10-21T11:35:39+02:00Mathieu GiraudFiltrage des warningsÉvoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.Évoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.