vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-15T11:16:31+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1547Mettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)2022-06-15T11:16:31+02:00Vidjil TeamMettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
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Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouv...Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
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Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouver dans tous ses clones
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En mono-système, le système actuel est le bon.
En multi...
Une solution pourrait être d'avoir toujours des labels "sémantiques" (clone 1 / clone 2 / clone 3 / standard ....) mais de multiplier cela par les couleurs de système.
Quelques part ce serait même plus logique, cela ferait un seul système de couleur pour tout, au lieu de deux (icônes locus + tags.)
On pourrait d'ailleurs ne multiplier que par 3-4 labels, et avoir des gris/noir pour les trucs autres.
Mais faire tout cela serait peut-être dommage pour le cas mono-système.
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@nobodyWeb 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3156Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation2022-05-12T11:10:25+02:00Mathieu GiraudPlot submenu: une icône .svg disparaît après utilisationRapporté par Michael ~"Paris-Pitié" : l'icône "bulles" disparaît de temps en temps après qu'on ait échangé de vue.
Lien avec #2474 ?Rapporté par Michael ~"Paris-Pitié" : l'icône "bulles" disparaît de temps en temps après qu'on ait échangé de vue.
Lien avec #2474 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4995Mauvaise position de la boîte d'édition des tags pour plusieurs clones2022-04-15T17:50:10+02:00Mathieu GiraudMauvaise position de la boîte d'édition des tags pour plusieurs clonesmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4972Apparition gênante de la fenêtre Plot Settings2022-04-08T13:06:30+02:00Anne de SeptenvilleApparition gênante de la fenêtre Plot SettingsBonjour à tous,
J'ai un problème avec les fenêtres de Plot Settings, notamment celle du graphique du bas, qui apparaît dès que j'approche la souris (avant il fallait cliquer dessus il me semble). Le problème c'est que je n'arrive plus ...Bonjour à tous,
J'ai un problème avec les fenêtres de Plot Settings, notamment celle du graphique du bas, qui apparaît dès que j'approche la souris (avant il fallait cliquer dessus il me semble). Le problème c'est que je n'arrive plus à sélectionner les clones qui se trouvent en haut à gauche du graphique à cause de la fenêtre qui apparaît !! Si la zone pouvait être un peu moins grande ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2423Cacher graph_menu quand le graphe est caché2021-11-23T16:56:11+01:00Ghost UserCacher graph_menu quand le graphe est cachéL'élément `graph_menu` (en haut à droite de `visu2`, avec les "...") est visible même quand on remonte `visu-separator` jusqu'en haut pour cacher le graphe.L'élément `graph_menu` (en haut à droite de `visu2`, avec les "...") est visible même quand on remonte `visu-separator` jusqu'en haut pour cacher le graphe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2382Sélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec Ctrl2021-11-08T12:12:35+01:00Ghost UserSélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec CtrlLa touche Ctrl (+ clic) permet de sélectionner plusieurs clones, que ce soit avec le graphe, le scatterplot ou la liste. Cependant, une sélection automatique de texte (surlignage en bleu) vient perturber ce fonctionnement dans le cas de ...La touche Ctrl (+ clic) permet de sélectionner plusieurs clones, que ce soit avec le graphe, le scatterplot ou la liste. Cependant, une sélection automatique de texte (surlignage en bleu) vient perturber ce fonctionnement dans le cas de la liste, tout au moins dans Firefox.
Il existe peut-être un moyen d'éviter ce comportement du navigateur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4799Grande zone blanche sur la page du serveur2021-05-18T14:21:45+02:00Mikaël SalsonGrande zone blanche sur la page du serveurCela me semble nouveau. Suite à la mise à jour ?
@flothoni @magiraud chez vous aussi ?
![Screenshot_20210518_114823](/uploads/6dc0645d3981af6e7bd49d0ed33e8a6d/Screenshot_20210518_114823.png)Cela me semble nouveau. Suite à la mise à jour ?
@flothoni @magiraud chez vous aussi ?
![Screenshot_20210518_114823](/uploads/6dc0645d3981af6e7bd49d0ed33e8a6d/Screenshot_20210518_114823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4605Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes2021-04-14T17:02:42+02:00Mikaël SalsonScatterplot : les légendes des locus sont sous les icônesQuand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Quand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1565Les affect values ne sont pas alignées avec la séquence dans le segmenteur2021-04-08T08:30:17+02:00Vidjil TeamLes affect values ne sont pas alignées avec la séquence dans le segmenteurPar exemple ici http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=481&config=26 et aller voir les affectations pour le clone à 1,5%
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Je me sens fautif :)
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Mais alors assigne-toi la tâche, pour soulager ta peine :)
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ah oui, je me sens très ...Par exemple ici http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=481&config=26 et aller voir les affectations pour le clone à 1,5%
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Je me sens fautif :)
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Mais alors assigne-toi la tâche, pour soulager ta peine :)
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ah oui, je me sens très soulagé :)
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à voir en novembre, avec IMGT/CSV
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-> François nov/déc
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François va regarder très bientôt.
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@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4738Nouvel aligneur : pas de scroll à 4 séquences2021-04-01T19:33:48+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur : pas de scroll à 4 séquencesJe sors cela de !836 pour faciliter le merge, mais à voir tout de même pour %"Web 2021.05" :
> @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_491284):
> Si je sélectionne 4 séquences, j...Je sors cela de !836 pour faciliter le merge, mais à voir tout de même pour %"Web 2021.05" :
> @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_491284):
> Si je sélectionne 4 séquences, je vois un scroll sur l'aligneur alors que les 4 tiennent bien en hauteur.
Le problème n'est pas tant que de voir le scroll que le fait que, quand la souris va sur l'aligneur, tout bouge alors qu'il y a la place pour que cela ne bouge pas.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4737Nouvel aligner : le premier span peut déborder sur la gauche2021-03-31T16:19:55+02:00Mathieu GiraudNouvel aligner : le premier span peut déborder sur la gaucheJe ne le mets pas dans !836 pour ne pas ralentir le merge, mais c'est tout de même ~"client-ugly", à traiter si possible pour %"Web 2021.05".
http://feature-c-aligner.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil&clone=1,25,36,37
![green...Je ne le mets pas dans !836 pour ne pas ralentir le merge, mais c'est tout de même ~"client-ugly", à traiter si possible pour %"Web 2021.05".
http://feature-c-aligner.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil&clone=1,25,36,37
![green](/uploads/d910db182d7517f14d8023cd4e1f3143/green.png)Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3988Saturation / Peu de place dans la barre des "to"2021-03-24T23:46:11+01:00Mathieu GiraudSaturation / Peu de place dans la barre des "to"@mikael-s, dans #3917 :
> il va falloir qu'on fasse un choix dans les différents boutons car on commence à manquer de place.
> Exemple (où le nombre de clones et de reads se retrouve poussé vers le bas) ![vidjil-place](https://gitlab.i...@mikael-s, dans #3917 :
> il va falloir qu'on fasse un choix dans les différents boutons car on commence à manquer de place.
> Exemple (où le nombre de clones et de reads se retrouve poussé vers le bas) ![vidjil-place](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/2a26b0b425a65962053def0aa0bc78c3/vidjil-place.png)
@magiraud :
> Plus généralement, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2245#note_29313 ? Un menu/cog ou on pourrait choisir les boutons à afficher (avec peut-être des "bons boutons" mis par défaut en fonction de LLC ou d'autres choses) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3890Changement de dénomination des clones sans VDJ ?2020-03-25T09:18:09+01:00Anne de SeptenvilleChangement de dénomination des clones sans VDJ ?Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:1114...Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:11148-[2,296]-#6 - 295 bp (99% of 297.5 bp)
Est-ce voulu ? Et cela va-t-il rester comme ça ?Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3562No horizontal scroll bar in the information panel2019-06-24T18:03:04+02:00Mathieu GiraudNo horizontal scroll bar in the information panelSeen by @meidanis.Seen by @meidanis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3805Le menu upload prend toute la largeur, et même plus2019-03-28T19:17:44+01:00Mikaël SalsonLe menu upload prend toute la largeur, et même plusAprès avoir uploadé un fichier je me rends compte que le menu upload prend toute la largeur et cache complètement le menu du client.
![upload](/uploads/cc242ba5311415bf925d8815bfe2e858/upload.png)
Lorsqu'on visualise un résultat le men...Après avoir uploadé un fichier je me rends compte que le menu upload prend toute la largeur et cache complètement le menu du client.
![upload](/uploads/cc242ba5311415bf925d8815bfe2e858/upload.png)
Lorsqu'on visualise un résultat le menu upload ne disparaît pas (ce qui est normal) mais ce qui empêche du coup d'accéder à n'importe quel menu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2844Les clones en hide sont toujours affichés dans le segmenter2019-01-17T13:20:53+01:00Thonier FlorianLes clones en hide sont toujours affichés dans le segmenterUn bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Un bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3578Fenêtre de la DB (.db_div / .db_msg) légèrement trop haute ?2018-11-15T11:39:06+01:00Mathieu GiraudFenêtre de la DB (.db_div / .db_msg) légèrement trop haute ?Au moins sous FF, cela fait plusieurs fois que j'ai l'impression de ne pas voir facilement "le bas" de la fenêtre de la db et d'accéder aux boutons qui y sont... alors même que je suis sur certaines pages quasi vides, sans ascenseur.
cc...Au moins sous FF, cela fait plusieurs fois que j'ai l'impression de ne pas voir facilement "le bas" de la fenêtre de la db et d'accéder aux boutons qui y sont... alors même que je suis sur certaines pages quasi vides, sans ascenseur.
cc @flothoni @RyanHerb
Autres issues ascenseurs, peut-être pas de liens: #2118 #1285https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3499Stats et animation2018-10-05T19:24:45+02:00Mathieu GiraudStats et animationL'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?L'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2840A quoi sert le bouton tag visibility ?2018-02-16T12:10:55+01:00Thonier FlorianA quoi sert le bouton tag visibility ?En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fo...En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fonction. Si tel est le cas, il n'est pas forcement très explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2827Le 'spinner' de requête tourne en permanence2018-01-18T10:35:18+01:00Ryan HerbertLe 'spinner' de requête tourne en permanenceIl se peut que le Spinner qui indique qu'une requête est en cours reste affiché, alors qu'il n'y a plus de requête en coursIl se peut que le Spinner qui indique qu'une requête est en cours reste affiché, alors qu'il n'y a plus de requête en cours