vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-07-27T09:02:57+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4783focus on selected clones modifie l'ordre des samples2021-07-27T09:02:57+02:00Mikaël Salsonfocus on selected clones modifie l'ordre des samplesSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothoniSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4375Pouvoir cacher les clones de distribution2020-07-28T13:26:08+02:00Mikaël SalsonPouvoir cacher les clones de distributionOn peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont ...On peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont pas cette même couleur) mais en tout cas il faut un moyen de les filtrer.
Souvent les clones de distribution ont pour effet d'élargir l'intervalle du genescan, ce qui peut le rendre moins lisible sur de petits écrans. Dans ces cas j'aimerais parfois pouvoir désativer les clones de distribution pour ne voir que les « vrais » clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4073Clones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement voulu2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement vouluSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gr...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gris ont été remplacés par des clones de distribution. Est-ce vraiment ce que nous souhaitons ?
Mon avis c'est que c'est perturbant puisque d'autres filtrages (comme hide) n'ont pas cet effet-là.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3714Pouvoir supprimer les primers des séquences2021-11-22T13:49:42+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les primers des séquencesEn lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour...En lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour ce faire , il faudrait déjà avoir accès aux primers. Pour le moment, les nouveaux primers ne sont pas publiques. On ne peux en théorie pas les inclure en dur dnas le code.
il faut donc imaginer un moyen de charger un fichier de primer non ?
Cela doit-il passer par le cpp ou bien uniquement par le serveur, en live sur les données ?
@magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3246Attribuer la même couleur à tous les clones sélectionnés2018-06-04T10:08:04+02:00Mikaël SalsonAttribuer la même couleur à tous les clones sélectionnésUne demande de ~"LIL\-Immuno" est de pouvoir mettre de côté les clones non productifs. Une manière un peu générique de faire cela est de tous les sélectionner (ce qui est simple, puisqu'on a un axe pour cela), ensuite de leur attribuer u...Une demande de ~"LIL\-Immuno" est de pouvoir mettre de côté les clones non productifs. Une manière un peu générique de faire cela est de tous les sélectionner (ce qui est simple, puisqu'on a un axe pour cela), ensuite de leur attribuer une couleur et de cacher cette couleur. Problème : on ne peut pas attribuer directement la même couleur à tous les clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2844Les clones en hide sont toujours affichés dans le segmenter2019-01-17T13:20:53+01:00Thonier FlorianLes clones en hide sont toujours affichés dans le segmenterUn bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Un bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2580Recherche sur la jonction et pas que le CDR32021-11-23T15:29:21+01:00Mathieu GiraudRecherche sur la jonction et pas que le CDR3Vu ensemble à Douai.Vu ensemble à Douai.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2227Cachez ce clone que je ne saurais voir2017-03-22T14:40:41+01:00Mathieu GiraudCachez ce clone que je ne saurais voirOn pourrait avoir un bouton "hide" (par exemple à côté de "focus") qui cacherait les clones sélectionnés.
Cela serait en particulier très pratique pour explorer un histogramme avec certains clones dominants.
cc @mikael-s @flothoniOn pourrait avoir un bouton "hide" (par exemple à côté de "focus") qui cacherait les clones sélectionnés.
Cela serait en particulier très pratique pour explorer un histogramme avec certains clones dominants.
cc @mikael-s @flothoniWeb 2017.03Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2121Recherche de séquence avec positions dégénérées / regexp2021-04-16T22:40:05+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence avec positions dégénérées / regexpCoucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact ...Coucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact sur les performance (des regexp partout au lieu d'un simple test), bref cela mérite un nouvelle branche `regexp` et qu'on en parle tranquillement, par exemple ici.
@mikael-s
Voir aussi #1693.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2054Pouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifs2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifsDemande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Li...Demande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Lien avec #1471 ?
@flothoni @RyanHerb @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1709Menu filter : les tags n'apparaissent plus2017-04-03T11:12:46+02:00Vidjil TeamMenu filter : les tags n'apparaissent plus
***
@nobody
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1547Mettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)2022-06-15T11:16:31+02:00Vidjil TeamMettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
***
Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouv...Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
***
Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouver dans tous ses clones
***
En mono-système, le système actuel est le bon.
En multi...
Une solution pourrait être d'avoir toujours des labels "sémantiques" (clone 1 / clone 2 / clone 3 / standard ....) mais de multiplier cela par les couleurs de système.
Quelques part ce serait même plus logique, cela ferait un seul système de couleur pour tout, au lieu de deux (icônes locus + tags.)
On pourrait d'ailleurs ne multiplier que par 3-4 labels, et avoir des gris/noir pour les trucs autres.
Mais faire tout cela serait peut-être dommage pour le cas mono-système.
***
@nobodyWeb 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1292Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés2019-02-05T12:20:51+01:00Vidjil TeamMettre le même tag à tous les clones sélectionnésParfois on sélectionne plusieurs clones et on veut leur attribuer le même clone. Il faut recommencer plusieurs fois la même opération et c'est fastidieux…
***
La zone de sélection (ou il y a `5 clones, .... focus`) pourrait avoir un ch...Parfois on sélectionne plusieurs clones et on veut leur attribuer le même clone. Il faut recommencer plusieurs fois la même opération et c'est fastidieux…
***
La zone de sélection (ou il y a `5 clones, .... focus`) pourrait avoir un champ `tag` (donc une étoile) qui fait apparaître un menu contextuel pour faire cela.
***
@nobody @RyanHerbThonier FlorianThonier Florian