vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-24T16:00:45+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/886attraper toute les exceptions (=> flash message)2021-06-24T16:00:45+02:00Vidjil Teamattraper toute les exceptions (=> flash message)
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#885
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#885https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1290Désélectionner un clone avec Ctrl+click2019-10-08T10:26:50+02:00Vidjil TeamDésélectionner un clone avec Ctrl+clickLorsqu'on sélectionne plusieurs clones et qu'on souhaite en désélectionner un, le seul moyen de le faire est de cliquer sur son nom dans l'aligneur. Ce n'est peut-être pas le moyen le plus intuitif. Il n'est pas possible, en maintenant a...Lorsqu'on sélectionne plusieurs clones et qu'on souhaite en désélectionner un, le seul moyen de le faire est de cliquer sur son nom dans l'aligneur. Ce n'est peut-être pas le moyen le plus intuitif. Il n'est pas possible, en maintenant appuyé Ctrl, de le désélectionner (ce qui est pourtant le comportement qu'on pourrait attendre).
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>>515f31905 comportement attendu
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1470Fuseaux horaires2020-11-13T19:25:44+01:00Vidjil TeamFuseaux horairesComment apparaissent les heures / dates pour nos utilisateurs d'ailleurs ? Je pense au "last processing", est-ce déjà dans leur fuseau horaire ?
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@magiraud @mikael-s @DuezComment apparaissent les heures / dates pour nos utilisateurs d'ailleurs ? Je pense au "last processing", est-ce déjà dans leur fuseau horaire ?
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1510Pouvoir facilement faire un 'compare' sur toutes les configs d'un même patient2022-06-21T14:20:23+02:00Vidjil TeamPouvoir facilement faire un 'compare' sur toutes les configs d'un même patient
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1511'Compare patients': afficher aussi le nom (ou le numéro) de la config dans le...2017-11-29T14:01:55+01:00Vidjil Team'Compare patients': afficher aussi le nom (ou le numéro) de la config dans le nom du point
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@nobody @RyanHerb
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@nobody @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1521Avoir un moyen, depuis le serveur, de signaler un m.wait()2020-12-11T13:08:01+01:00Vidjil TeamAvoir un moyen, depuis le serveur, de signaler un m.wait()Le message m.wait() est le bienvenu pour load_custom_data.
On aimerait aussi l'afficher pour certaines opérations serveur (par exemple, liste des compare_patient, génération des stats, ou d'autres trucs qui pourraient être longs...)
Bre...Le message m.wait() est le bienvenu pour load_custom_data.
On aimerait aussi l'afficher pour certaines opérations serveur (par exemple, liste des compare_patient, génération des stats, ou d'autres trucs qui pourraient être longs...)
Bref, mettre tout simplement un argument optionnel à db.call() pour lui dire d'afficher un message ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1739Jeu de couleurs visibles par tous (ou presque)2021-11-22T13:02:45+01:00Vidjil TeamJeu de couleurs visibles par tous (ou presque)Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-co...Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-content/uploads/2015/02/color-blindness-palette.png ou encore : http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_%28ggplot2%29/#a-colorblind-friendly-palette
Des recommandations plus globales : http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/color/
Voir aussi cette tâche : https://www.producteev.com/workspace/t/553f873ab0fa091c6b00000c
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Plus complet ici : http://mkweb.bcgsc.ca/colorblind/
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cf. branche colorblind
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- Faut-il que a) notre jeu de couleurs soit color-blind par défaut, ou bien b) avoir une palette color-blind proof ?
a) peut être le but, b) peut permettre d'avoir déjà *tout de suite* quelque chose d'accessible sans enlever au confort des non-color-blind
- Sur la palettre proposée (tags, pas vu les locus) : oui, clone-1/2/3 sont bien plus distinctifs que sur la palette actuelle ! Par contre, j'aurais bien inversé clone 1 et clone 2 (le clone 2 est plus lumineux, plus clair que pathologique). Cependant, je vois bien que l'ordre est mieux en achromatopsia
- Au passage, on n'utilise pas assez le vert (sauf pour locus).
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https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/colorblind-design/
Extension Firefox pour tester facilement.
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Avoir une palette séparée n'est, dans l'état actuel, pas user-friendly : la palette par défaut est toujours la même. Donc si on veut utiliser la palette colorblind, il faudra changer la palette utilisée à chaque chargement de Vidjil.
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Cela fait écho à une autre tâche, "sauvegarder les paramètres par défaut" ou quelque chose comme cela.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1754Select All / Exporter tous les clones2019-01-18T15:34:11+01:00Vidjil TeamSelect All / Exporter tous les cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25
Il y a 52 reads segmentées, j'aimerais pouvoir les récupérer...
Ne faudrait-il pas une fonction "Select All" pour tout sélectionner, pour faire ensuite un "Export Fasta" ou autre cho...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25
Il y a 52 reads segmentées, j'aimerais pouvoir les récupérer...
Ne faudrait-il pas une fonction "Select All" pour tout sélectionner, pour faire ensuite un "Export Fasta" ou autre chose ? Même dans les cas normaux, on serait content d'avoir un fasta des 100-200 clones chargés.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1945Tooltips riches dans la webapp : implémentation2019-01-10T15:21:23+01:00Vidjil TeamTooltips riches dans la webapp : implémentationDescription un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc duran...Description un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc durant la rando : on crée beaucoup de contenu dynamiquement, bref cela impose de relancer le .js (soit sur tout, soit sur l'objet nouvellement créé).
Solution purement CSS dans features/tooltip (ce qu'avait fait François), simplification/re-travail en cours.
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@magiraud @mikael-sWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2017Lorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparé...2022-06-20T12:07:06+02:00Vidjil TeamLorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparées) par dateCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2030Supprimer un groupe pour une personne2019-01-10T15:21:22+01:00Vidjil TeamSupprimer un groupe pour une personneDans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut al...Dans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut aller sur la page groupe et retirer l'utilisateur du groupe.
Il serait bien ou de retirer les croix inactives sur la page de l'utilisateurs, ou bien de les rendre actives.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2033Applications mobiles natives2017-04-06T12:54:25+02:00Mathieu GiraudApplications mobiles nativesSur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to...Sur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to-mobile/
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2036Afficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancés2023-11-09T11:04:57+01:00Mathieu GiraudAfficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancésSuite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rap...Suite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
Faire coucou à Aurélie si on fait cela.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2039Le créateur de la notification ne l'a pas visitée2021-03-17T14:54:36+01:00Mikaël SalsonLe créateur de la notification ne l'a pas visitéeActuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre...Actuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre compte que cela a bien fonctionné.
Il faudrait donc marquer la notification comme non vue par son créateur (idem si on modifie la notification).
@RyanHerb @magiraudmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2040Ajout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapport2021-11-26T11:42:42+01:00Thonier FlorianAjout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapportL'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur l...L'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur le contenu et la signification du graphique.
A minima cela passerait par un boutton permettant d'enregistrer le graphique, et de l'exporter au format image non ?
Pour ma part, je pense qu'il faudrait en plus sauvegarder/exporter des informations permettant de regénérer la figure (type locus choisi, filtre, nb clones, ...) à inclure dans le rapport.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2068Faire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texte2021-04-01T18:56:52+02:00Mathieu GiraudFaire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texteOn peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] ...On peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] 18.60%`
Ce serait particulièrement utile pour #2066, mais aussi en lien avec l'export.
Si on fait pareil dans le segmenteur, on pourrait avoir en plus la séquence (voire les annotations dans un certain format) ?
@tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2137À quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes2020-10-14T13:31:07+02:00Mathieu GiraudÀ quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerb#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2186Retour à l'utilisateur lors de l'AJAX new clone2018-06-13T17:41:58+02:00Mathieu GiraudRetour à l'utilisateur lors de l'AJAX new clonePar exemple au même endroit / à côté de l'indicateur `#live-ajax` pour la db.
cc @mikael-s @RyanHerbPar exemple au même endroit / à côté de l'indicateur `#live-ajax` pour la db.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2241Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fi...2024-01-19T18:30:10+01:00Mikaël SalsonTitre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)Lorsqu'on compare des résultats d'un même sample lancés à différentes époques (on compare donc l'évolution de Vidjil), les noms des samples dans le client ne sont pas du tout clairs… puisqu'il s'agit toujours du même.
Il faudrait donc m...Lorsqu'on compare des résultats d'un même sample lancés à différentes époques (on compare donc l'évolution de Vidjil), les noms des samples dans le client ne sont pas du tout clairs… puisqu'il s'agit toujours du même.
Il faudrait donc modifier temporairement les noms des samples pour y mettre une notion de date.
cc @magiraud @RyanHerbWeb 2024.04