vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T08:21:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2728Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set2024-02-06T08:21:58+01:00Thonier FlorianPouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/setUne réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer...Une réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer aussi pouvoir faire le switch directement depuis un patient, prendre un sample et visualiser le run/set associé par exemple.
*(Ci-dessous, pas forcément, pour l'instant on veut juste des liens)*
~~~Je n'ai pas encore d'idée clair sur la réalisation par contre. La méthode "simple" serait de pouvoir ouvrir un sample du point de vue DB et visualiser toutes ses informations :
* fichiers
* preprocess
* date d'échantillonnage
* ...
* les divers résultats en fonction de la configuration
* enfin une liste de ses implications dans les runs/set
En quelque sorte la vue d’édition d'un sample, avec quelques infos en plus, et sans les éditions.~~~
Web 2020.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2035Colonne "results" de la liste patient vide2023-11-09T11:04:13+01:00Thonier FlorianColonne "results" de la liste patient videSuite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué ...Suite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué que les patients concernés devaient avoir une analyse lancée mais non finalisée (ou non commencée), donc sans résultats disponibles lors de sa requete.
Solution (voir #2036) : Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" )
Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3280Les nouveaux samples sont ajoutés de multiple fois2022-12-20T13:40:26+01:00Thonier FlorianLes nouveaux samples sont ajoutés de multiple foisIl s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 ...Il s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 l'est 3 fois, ...).
Il me semble qu'il y avait déjà eu ce souci et que nous l'avions corrigé. Je ne me souviens pas si il s'agit d'une erreur dans l'entrée dans la base de données, ou bien d'une boucle dans le script d'affichage.
@RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2607ajouter une colonne statut dans le vue patient2022-06-21T13:56:48+02:00Thonier Florianajouter une colonne statut dans le vue patientUne idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris,...Une idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris, pas d'analyse lancée, mais des fichiers déposés
* orange : des jobs sont en attente/cours
* vert : tous les jobs du patient sont terminées.
* autre couleur (sur la ligne cette fois) : le patient a été ouvert par l'utilisateur depuis les dernières analyses. Permettrait de faire ressortir directement les patients ayant été récemment mis à jours.
Ps: comme pour l'autre nécessiterait un ajout dans la DB.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4971Rapport et log des accès2022-06-01T13:30:24+02:00Mathieu GiraudRapport et log des accèsmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1156css: noms plus explicites que db.column_12021-07-12T18:00:30+02:00Vidjil Teamcss: noms plus explicites que db.column_1
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4799Grande zone blanche sur la page du serveur2021-05-18T14:21:45+02:00Mikaël SalsonGrande zone blanche sur la page du serveurCela me semble nouveau. Suite à la mise à jour ?
@flothoni @magiraud chez vous aussi ?
![Screenshot_20210518_114823](/uploads/6dc0645d3981af6e7bd49d0ed33e8a6d/Screenshot_20210518_114823.png)Cela me semble nouveau. Suite à la mise à jour ?
@flothoni @magiraud chez vous aussi ?
![Screenshot_20210518_114823](/uploads/6dc0645d3981af6e7bd49d0ed33e8a6d/Screenshot_20210518_114823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1174samples/edit file : voir si un fichier est déjà là2020-12-11T12:58:47+01:00Vidjil Teamsamples/edit file : voir si un fichier est déjà là
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2927Savoir sur quel serveur on est loggué2020-11-19T12:04:30+01:00Mathieu GiraudSavoir sur quel serveur on est logguéAvec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement s...Avec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement sur quel serveur on est (comme #2848). Un `lil` quelque part devrait suffire, et si on ne met rien on est sur le serveur public.
Généralisation de #2348 ?
Changer une couleur quelque part (argh, non, on la garde pour les clones)prod-server-lilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2606My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur2020-11-18T16:50:47+01:00Thonier FlorianMy Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateurIl serait intéressant pour les utilisateur d'avoir une liste des dernier jobs lancés et leurs statut.
Exemple : aujourd’hui un hôpital vient de lancer une vingtaine de jobs d'un coup, sur divers patients. Lorsqu'ils reviendront vérifie...Il serait intéressant pour les utilisateur d'avoir une liste des dernier jobs lancés et leurs statut.
Exemple : aujourd’hui un hôpital vient de lancer une vingtaine de jobs d'un coup, sur divers patients. Lorsqu'ils reviendront vérifier l'avancement des analyses, ils auront peut-être envie d'éviter d'avoir a ouvrir un à un tous les patients pour en vérifier le statut.
Ce que je propose comme idée serait l'intégration d'une vue qui listerai, au choix :
* les XXX derniers jobs
* tous les jobs lancés depuis XXX jours
* (autres choses visualisées ou pas -> #2608 J'imagine que pour ce faire, il faudrait enregistrer l'information dans la db.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1097Ne pas afficher result tant qu'un fichier n'a pas fini de "runner"2020-11-13T19:54:19+01:00Vidjil TeamNe pas afficher result tant qu'un fichier n'a pas fini de "runner"
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4298Erreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.2020-06-09T11:08:37+02:00Thonier FlorianErreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on con...Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on continue d'afficher `still waiting server reply`.
Un cas: https://app.vidjil.org/?set=38056&config=49Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4206Des clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes données2020-04-22T18:47:42+02:00Thonier FlorianDes clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes donnéesEn lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en doubl...En lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en double.
Je viens de tester sur dev, et en effet, si on clic rapidement sur le boutons submit, on a de multiples chargement des données.
Il faudrait donc désactiver le bouton une fois qu'il a été cliqué pour éviter ce problème (solution la plus simple). Il faudrait aussi potentiellement voir du côté du serveur si il y a moyen de l’empêcher d’exécuter cette action en double, mais je ne sais pas comment faire pour qu'il le détecte.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3973L'autocomplétion des tags provoque une erreur CORS2019-09-04T09:39:55+02:00Mikaël SalsonL'autocomplétion des tags provoque une erreur CORSQue ce soit sur la page principale ou sur l'ajout de samples :
```
Cross-Origin Request Blocked: The Same Origin Policy disallows reading the remote resource at https://db.vidjil.org/vidjil
[…]
(Reason: CORS header ‘Access-Control-Allow...Que ce soit sur la page principale ou sur l'ajout de samples :
```
Cross-Origin Request Blocked: The Same Origin Policy disallows reading the remote resource at https://db.vidjil.org/vidjil
[…]
(Reason: CORS header ‘Access-Control-Allow-Origin’ missing)
```
À noter qu'on n'a pas ce problème pour l'autocomplétion des noms d'échantillons.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3202Plus d'enregistrement du first login/last login2018-10-02T17:50:19+02:00Thonier FlorianPlus d'enregistrement du first login/last loginJe viens de créer un compte utilisateur; Celui-ci, très rapide, à déposé des données dans l'heure. Pourtant, lorsque l'on accède au tableau users, aucune trace de sa connexion, ni des quelques derniers utilisateurs.
Un point de rappel, ...Je viens de créer un compte utilisateur; Celui-ci, très rapide, à déposé des données dans l'heure. Pourtant, lorsque l'on accède au tableau users, aucune trace de sa connexion, ni des quelques derniers utilisateurs.
Un point de rappel, le bug semble être apparut en même temps que la modification des noms de groupes (numérotation sur 4 chiffres).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2746Refactoriser views/{patient,run,sample_set}/index.html dans une unique vue2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudRefactoriser views/{patient,run,sample_set}/index.html dans une unique vueLa vue `index` des trois types de `sample_set` est très similaire. Idéalement, on aimerait n'avoir que celle de `sample_set`, avec des colonnes pouvant changer suivant le type.
Par contre, il parait normal (quoique) qu'il y ait pour cha...La vue `index` des trois types de `sample_set` est très similaire. Idéalement, on aimerait n'avoir que celle de `sample_set`, avec des colonnes pouvant changer suivant le type.
Par contre, il parait normal (quoique) qu'il y ait pour chaque type de `sample_set` un `add` / `edit` / `delete` / `confirm`, ces vues sont plus restreintes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1278Database Timeout2017-11-24T11:00:00+01:00Vidjil TeamDatabase TimeoutTimeout plus gros (> 3 secondes, et peut-être même 10 secondes).
On peut avoir un état intermédiaire ou on affiche un "sablier" sans faire d'erreur.
Et si timeout, pas rouge, rouge = critique (sauf si données pas enregistrées ?)
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cf7...Timeout plus gros (> 3 secondes, et peut-être même 10 secondes).
On peut avoir un état intermédiaire ou on affiche un "sablier" sans faire d'erreur.
Et si timeout, pas rouge, rouge = critique (sauf si données pas enregistrées ?)
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cf74fa8 : 5 secondes, pas rouge pour certains messages
à améliorer :)
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En ce moment le chargement de la page des patients provoque un timeout. L'accès direct à la page (https://rbx.vidjil.org/vidjil/patient/index) permet de mesurer le temps pour qu'elle arrive : environ une dizaine de secondes. Pendant ce temps sur rbx, le process uwsgi monte en flèche jusqu'à 100% pendant plusieurs secondes. Pourquoi ?
Un sudo restart uwsgi-emperor (entre deux runs de Prague…) permet de faire revenir le temps aux alentours de 3-4s. C'est peut-être juste une coïncidence, mais ça reste long pour quelque chose d'assez basique.
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Sablier mis sur une autre tâche
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>>bfa129f46
le controller ne fait plus que 2 requetes a la bdd (a la place de 3*nombre de patient)
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rhâaa... on veut voir :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2274URL: pushState() dans database.js écrase l'url2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudURL: pushState() dans database.js écrase l'urlIl y a deux `window.history.pushState` dans `database.js`. Au moins le premier d'entre eux, dans `load_data`, écrase tous les paramètres passés en ligne de commande et fait que `?clones=1,43` ne fonctionne pas.
À voir si c'est lié à #22...Il y a deux `window.history.pushState` dans `database.js`. Au moins le premier d'entre eux, dans `load_data`, écrase tous les paramètres passés en ligne de commande et fait que `?clones=1,43` ne fonctionne pas.
À voir si c'est lié à #2222 ou pas.
On peut déjà faire ce qu'il faut pour que `database.js` n'écrase pas... mais, à terme, ne faudrait-il pas que les manipulations d'url soit uniquement dans `url.js`? (avec le problème de #2201, déjà un m.url pour retomber sur la vue url si elle existe).
cc @mikael-s @RyanHerb @aurelBZHRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1905Les notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveur2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamLes notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveurDu coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
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Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window:...Du coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
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Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window: z-index = 5; notification: z-index = 100) et copier le html brut dans le flash-container s'affiche bien par dessus la fenêtre serveur.
En revanche, le flash-container n'est même plus remplit avec le message en question lorsque la fenêtre serveur est ouverte.
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fixed => d5a1f3a8ec88
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ok
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@RyanHerb @Duez