vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-15T18:38:01+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5140Show percentage by locus in addition that by sample2023-06-29T14:57:42+02:00THONIER FlorianShow percentage by locus in addition that by sampleA feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only ...A feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only few reads (wet lab/sequencing failure) can easily have a clonotype at a high level.Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5082Un preset pour mieux voir la contamination ?2023-03-28T16:09:52+02:00Mathieu GiraudUn preset pour mieux voir la contamination ?
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-
- preset Main sample / Number of samples ?
- ou éventuellement un bouton pour sélectionner les clones présents dans plusieurs samples ?
-Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5079Faire un axe pour les warnings2022-10-21T13:04:09+02:00Mathieu GiraudFaire un axe pour les warnings
Compliqué quand il y a plusieurs warnings, mais on peut au moins faire "pas de warning / des warnings"
ou bien "pas de warning / W20 / W21 / ... / plusieurs warnings"
Compliqué quand il y a plusieurs warnings, mais on peut au moins faire "pas de warning / des warnings"
ou bien "pas de warning / W20 / W21 / ... / plusieurs warnings"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5068New axis: locus including incomplete2022-10-03T11:42:49+02:00Thonier FlorianNew axis: locus including incompleteA feature asked during a meeting: Possibility to merge locus+incomplete in some case (scatterplot).
Create this axis can be easy, but we need to think about the repercussion on other showed values or scatterplot with splitted locus val...A feature asked during a meeting: Possibility to merge locus+incomplete in some case (scatterplot).
Create this axis can be easy, but we need to think about the repercussion on other showed values or scatterplot with splitted locus value.
Axis `V/5' gene`automatically split scatterplot by locus. Should we create a new axis or add a new settings checkbox as "merge with incomplete". In this case, clonotype should keep their own color or not ? Limited to scatterplot or not ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5067Axis size: be able to invert values2022-10-03T11:30:28+02:00Thonier FlorianAxis size: be able to invert valuesA user asked to add a preset "locus by size", but I saw that in this case, biggest size are on the bottom of the grid and smaller value at the top. In this case, it is probably more accurate to show values in the other way.
Example with...A user asked to add a preset "locus by size", but I saw that in this case, biggest size are on the bottom of the grid and smaller value at the top. In this case, it is probably more accurate to show values in the other way.
Example with demo-X5 sample: ![Screenshot_20221003_112919](/uploads/0c244a57611f77873a36fc227b47158f/Screenshot_20221003_112919.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5066New scatterplot preset: locus by size2022-10-03T11:59:09+02:00Thonier FlorianNew scatterplot preset: locus by sizeA user ask to create a new preset "locus by size".
for the moment, they should do it by hand each time by selecting correct axis in lists.
Two options:
* Create a specific preset with this option
* Allow user to create their own prese...A user ask to create a new preset "locus by size".
for the moment, they should do it by hand each time by selecting correct axis in lists.
Two options:
* Create a specific preset with this option
* Allow user to create their own preset and "add" them locally by settings.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5054Axe "number of samples" ne fonctionne pas2022-11-10T17:13:12+01:00Mikaël SalsonAxe "number of samples" ne fonctionne pasL'axe pour connaitre le nombre de samples dans lequel apparait un clone ne fonctionne pas.
Exemple ici : https://app.vidjil.org/53266-25?
Erreur dans la console :
```
Uncaught TypeError: right-hand side of 'in' should be an object, ...L'axe pour connaitre le nombre de samples dans lequel apparait un clone ne fonctionne pas.
Exemple ici : https://app.vidjil.org/53266-25?
Erreur dans la console :
```
Uncaught TypeError: right-hand side of 'in' should be an object, got string
autofill https://app.vidjil.org/js/axis.js:159
compute https://app.vidjil.org/js/axis.js:134
changeSplitMethod https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1386
changeYaxis https://app.vidjil.org/js/scatterPlot_menu.js:459
onchange https://app.vidjil.org/js/scatterPlot_menu.js:149
```Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5042Afficher les V par similarity, tSNE 1D ?2023-03-02T15:17:22+01:00Mathieu GiraudAfficher les V par similarity, tSNE 1D ?évouqué ensemble: sans aller à une nouvelle vue #1726, pourrait-on avoir par exemple un axe V et un axe "similarité" type tSNE 1D ou autre ?
@duez : "crainte que tSNE 1D ne fonctionne pas trop". À voir, effectivement... https://stats.st...évouqué ensemble: sans aller à une nouvelle vue #1726, pourrait-on avoir par exemple un axe V et un axe "similarité" type tSNE 1D ou autre ?
@duez : "crainte que tSNE 1D ne fonctionne pas trop". À voir, effectivement... https://stats.stackexchange.com/questions/76549/is-it-feasible-to-use-t-sne-to-reduce-a-dataset-to-one-dimensionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5015Axes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec ...2022-05-12T10:24:46+02:00Mikaël SalsonAxes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec un axe continuQuand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les...Quand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les clones qui n'apparaissent que dans 1 sample ou uniquement les clones avec tel % d'identité, etc).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4909Pouvoir afficher les valeurs d'affect2021-11-19T17:16:46+01:00Thonier FlorianPouvoir afficher les valeurs d'affectJ'aimerai parfois afficher cette valeur. On l'a dans les données, et je pense que l'on pourrait l'afficher dans le segmenter comme la qualité.J'aimerai parfois afficher cette valeur. On l'a dans les données, et je pense que l'on pourrait l'afficher dans le segmenter comme la qualité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4899Couleurs : légende manquante pour les axes IMGT2021-11-09T10:49:02+01:00Mikaël SalsonCouleurs : légende manquante pour les axes IMGTOn a deux axes de couleur pour IMGT (productivité et % identité) mais il n'y a pas de légende, on ne sait donc pas à quoi correspondent les couleurs.
Testé sur : https://app.vidjil.org/3241-32? après avoir récupéré les infos d'IMGT pour...On a deux axes de couleur pour IMGT (productivité et % identité) mais il n'y a pas de légende, on ne sait donc pas à quoi correspondent les couleurs.
Testé sur : https://app.vidjil.org/3241-32? après avoir récupéré les infos d'IMGT pour ces clones : https://app.vidjil.org/3241-32?clone=1,3,26,33,89,132,140,170,200marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4868axis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labels2023-03-28T16:17:31+02:00Mikaël Salsonaxis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labelsDans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Qu...Dans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Quand on modifie un label, on ne s'attend pas à ce qu'il y ait des effets de bord
2. Il faut chercher tous les endroits où il est utilisé pour les modifier également (ex. 51c11e5f) (et puis avant cela il faut comprendre l'origine du problème… c'est du vécu)
3. Comme ces labels sont aussi des identifiants, ces labels sont aussi utilisés dans les URL. Toute modification d'un label rend donc obsolète les URL précédentes…
4. Comme les identifiants sont des chaînes de caractères, il y a toujours le risque de faire une typo à un endroit et donc d'indiquer un identifiant qui n'existe pas.
Je pense que la solution la plus propre serait que le nom des axes soient définis avec les autres propriétés des axes.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4842Remettre le slider auto quand on revient aux bornes extérieures ?2021-10-29T11:31:12+02:00Mathieu GiraudRemettre le slider auto quand on revient aux bornes extérieures ?Depuis !996 :
> @duez : "si on bouge un slider, plus de redimensionnement auto (c'est normal, c'est voulu), par contre si ensuite on veut reset, on n'a pas de moyen de revenir au dimensionnement auto. Bref faire quelque chose pour que...Depuis !996 :
> @duez : "si on bouge un slider, plus de redimensionnement auto (c'est normal, c'est voulu), par contre si ensuite on veut reset, on n'a pas de moyen de revenir au dimensionnement auto. Bref faire quelque chose pour que position extrême = relancer dimensionnement auto. Mais actuellement si on change de preset et si on revient, c'est bon, le redimensionnement auto revient."https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4822URL et sliders du sp12021-08-10T16:54:52+02:00Mathieu GiraudURL et sliders du sp1https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4814Axes; rajouter les evalues2023-06-14T17:24:04+02:00Thonier FlorianAxes; rajouter les evaluesAujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.Aujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4809Slider des bornes axe X2021-09-15T17:30:35+02:00Mathieu GiraudSlider des bornes axe X
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4808Focus ne doit pas sélectionner les clones non-visibles2021-09-15T19:34:58+02:00Mathieu GiraudFocus ne doit pas sélectionner les clones non-visiblesDiscuté ensemble à l'occasion de #4376.
En faisant cela, on va perdre la possibilité "focus puis plus de clones", mais sinon ce sera plus prévisible et on aura du zoom quand il le faut.Discuté ensemble à l'occasion de #4376.
En faisant cela, on va perdre la possibilité "focus puis plus de clones", mais sinon ce sera plus prévisible et on aura du zoom quand il le faut.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4757axes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longues2021-06-11T14:47:03+02:00Mathieu Giraudaxes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longuesSuite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)Suite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4756Axes dans un ordre arbitraire ?2021-09-02T16:14:45+02:00Mathieu GiraudAxes dans un ordre arbitraire ?Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezThonier FlorianThonier Florian