vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-14T22:56:53+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1400Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamHeuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement ...Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement simple :
+V+V+V+V+V+V+V__________________________
À distinguer du cas TOO_FEW_J / trop court. Ici, c'est probablement autre chose, et on pourrait extraire une fenêtre centrée sur la fin du V
2) Et cas plus dur : idem... sans les +V. Bref, être capable de deviner le point de jonction... on se souvient de ce qui avait été fait avec David. On pourrait tout à fait rentrer cela dans le Vidjil actuel : avoir un CountSegmenter qui prédit un point de cassure... (Question subsidiaire : que donne CRAC si on lui donne un jeu de reads V(D)J ?)
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Séquences de Prague, sur rbx, collegues/pragues/IGH-UNSEG.affects
Il y a des trop petits... mais il y a aussi d'autres choses...
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Si on infère des choses bizarres, il faudra mettre des checks sur la representative et/ou de gros warnings partout (on est pas sûr que la fenêtre est pertinente, qu'autour c'est pareil...)
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b9994d1 et 196acbc
Sur Pee (217, Rennes)
- -g -i : 48% (110s)
- après max12: 85%
- après sortLeftRight : 99.1% (42s, car pas de -i)
Attention, est-on sûr de ce qu'on trouve ? Les longueurs des représentatives ont l'air plutôt bonnes, mais il faudrait quelque chose pour en être plus sûr et vérifier qu'on ne clustérise pas des bouts de V.
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http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1443&custom=1568&custom=1569&
À gauche, multi+inc, à droite, multi+xxx.
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Changements légers ce matin, marche avec -i, pas segmenté si < 5 kmers (DETECT_THRESHOLD)
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1585&custom=1443&custom=1586&
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ok pour "xxx"... mais il faudrait pouvoir avoir des choses plus méchantes, en devinant des germlines (à la David ?)
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12bcb3c: MAX1U, -4. Modèle de proba à discuter ensemble, pour l'instant c'est trop méchant.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2853Différencier les réarrangements incomplets et pseudo-incomplets2018-12-12T10:52:33+01:00Mikaël SalsonDifférencier les réarrangements incomplets et pseudo-incompletsSuggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'i...Suggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'info pour trouver le V.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2721Pre-process : essayer VDJPipe2023-06-28T17:06:58+02:00Mikaël SalsonPre-process : essayer VDJPipehttps://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2138Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J2020-10-14T11:10:04+02:00Mikaël SalsonLe FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du JEn l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du ...En l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du RNA-Seq (avec de longs reads), cela devient plus problématique.
La correction de ce bug aura aussi des conséquences pour la recherche du codon stop dans la séquence (voir #1824/#2142).
cc @magiraudAlgo 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4697Mieux afficher les ratios très faibles2021-02-12T18:30:41+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les ratios très faibles- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4137Avoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?~"CRE-Créteil" aimerait savoir quels sont les V dans les `UNSEG V` (en particulier, compter les TRBV23 (?) pour normalisation ~"bio-capture" ?). Cela va dépendre des longueurs des séquences, sur certaines probablement c'est ambigu...
Av...~"CRE-Créteil" aimerait savoir quels sont les V dans les `UNSEG V` (en particulier, compter les TRBV23 (?) pour normalisation ~"bio-capture" ?). Cela va dépendre des longueurs des séquences, sur certaines probablement c'est ambigu...
Avant de réfléchir à un éventuel truc en ~cpp, on a évoqué avec Guillaume qu'il faudrait déjà étudier cela avec post-process en utilisant le `UNSEG_V.fa`. Guillaume pourrait peut-être regarder cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2305De-duplication de reads de capture2023-06-28T17:04:37+02:00Mathieu GiraudDe-duplication de reads de captureDavid ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-p...David ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-process" qui fait cela.
C'est par contre problématique pour quantifier précisément (et/ou si on a beaucoup de reads. "Pour de la MRD il faudrait des UMI, mais pour le diag pas besoin."
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2142Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène2020-11-27T12:30:25+01:00Mathieu GiraudSéquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gèneTâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-...Tâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait ~repseq-IMGT ?
> @mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.
Lien à voir avec #2138Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1070Envoi d'un mail lorsque le job est terminé2023-03-02T08:41:01+01:00Vidjil TeamEnvoi d'un mail lorsque le job est terminéCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobody