vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-04-03T11:02:21+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5130Améliorer la doc sur CloneDB2023-04-03T11:02:21+02:00Mathieu GiraudAméliorer la doc sur CloneDBCe n'est plus expérimental, cela fonctionne.
Un screenshot.
Une ou deux phrases pour usage bio (surtout primers).
https://www.vidjil.org/doc/user/#detailed-information-from-clonedbCe n'est plus expérimental, cela fonctionne.
Un screenshot.
Une ou deux phrases pour usage bio (surtout primers).
https://www.vidjil.org/doc/user/#detailed-information-from-clonedbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4080CloneDB sur clones ayant déjà des warnings2019-12-03T17:50:49+01:00Mathieu GiraudCloneDB sur clones ayant déjà des warningsQuand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en I...Quand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en IGKV2D-30 du 2è sample
#3135 et priorité des warnings ? #4049 ? Ou séparer emplacement warnings et CloneDB (bof) ?
Au passage, on n'a jamais de retour visuel quand on n'a *pas de match* de ~"app-clonedb"...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3888"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur2020-06-09T11:19:14+02:00Anne de Septenville"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieurQuand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.Quand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3807CloneDB : hover sur warning bleu2019-03-17T23:12:57+01:00Mathieu GiraudCloneDB : hover sur warning bleuSans cliquer, on aimerait savoir par exemple s'il y a beaucoup d'occurrences ou pas.
(@mikael\-s proposait même de reréfléchir à réorganiser l'ensemble, trop de points d'interrogation ?)Sans cliquer, on aimerait savoir par exemple s'il y a beaucoup d'occurrences ou pas.
(@mikael\-s proposait même de reréfléchir à réorganiser l'ensemble, trop de points d'interrogation ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3720CloneDB : lien pour lancer un compare sample2019-02-11T19:02:21+01:00Mikaël SalsonCloneDB : lien pour lancer un compare sampleDans les résultats de la cloneDB, pour chaque sample set indiqué on pourrait ajouter un lien pour lancer un compare sample (le hic étant qu'on ne pourrait faire qu'un compare "sample set" puisqu'on n'a pas vraiment l'identité du sample c...Dans les résultats de la cloneDB, pour chaque sample set indiqué on pourrait ajouter un lien pour lancer un compare sample (le hic étant qu'on ne pourrait faire qu'un compare "sample set" puisqu'on n'a pas vraiment l'identité du sample concerné).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3717CloneDB : les sample sets peuvent être redondants2019-02-11T19:20:59+01:00Mikaël SalsonCloneDB : les sample sets peuvent être redondantsUn échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type d...Un échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type de sample set par rapport à un autre mais on pourrait montrer les résultats par sample set, ce qui laisse l'utilisateur la possibilité d'aller voir ce qui les intéresse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3716CloneDB : afficher les tags2019-12-03T17:48:36+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher les tagsIls sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.Ils sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3507CloneDB : après la réponse du serveur le plot est remis à zéro2019-04-02T18:04:41+02:00Mikaël SalsonCloneDB : après la réponse du serveur le plot est remis à zéroLorsqu'on clique sur le bouton et que la réponse est reçue, le plot revient dans son état initial (c-à-d avec les axes x/y sur les gènes V/J).
Peut-être un `refresh` un peu trop fort dans la fonction qui appelle CloneDB.Lorsqu'on clique sur le bouton et que la réponse est reçue, le plot revient dans son état initial (c-à-d avec les axes x/y sur les gènes V/J).
Peut-être un `refresh` un peu trop fort dans la fonction qui appelle CloneDB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3505CloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissant2018-10-04T07:53:36+02:00Mikaël SalsonCloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissantPour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.Pour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3504Axe cloneDB en logarithmique2019-02-11T12:28:49+01:00Mathieu GiraudAxe cloneDB en logarithmiqueDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment de #2431, un affichage en log serait pertinent pour CloneDB. Même sur le graphe du bas, on souhaite pouvoir distinguer les clones à 0, à 1 et à 100.
Voir #2363 : ici on s'attendrait à un axe 0 / 1 / 10 / 100 / ...
(En attendant, on pourrait transformer 0 en 0.2 pour que cela ne buggue pas, hum...)
Question secondaire : quelle est l'url / la manip pour avoir ces données ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3216Utilisation des séquences "cibles"2023-06-28T16:58:04+02:00Thonier FlorianUtilisation des séquences "cibles"Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra...Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra d’avoir des critères d’acceptation du run.
Pour ce faire, il faut faire une recherche de cette cible sur l’ensemble des samples sélectionnées:
* Premier point : il faut déjà pouvoir spécifier la cible.
* Pouvons-nous nous contenter de le faire sur la liste des clones disponible dans les fichiers vidjil ? Nous pourrions alors passer à côté d'une séquence qui ne correspond pas à un clone du top 100, mais qui pourrait avoir son intérêt quand même.
* Rechercher sur le fichier source de séquençage ? Certainement plus long d'un point de vue informatique, mais cela reste-t-il de l'ordre du raisonnable ?
* Faudra-t-il utiliser des séquences dégénérées ?
Autre solution: passer par cloneDB. Serait-ce plus simple d'un point de vue technique ? Cela permettrai-t-il la même granulométrie dans la recherche pour l'inclusion des divers échantillons ?
@Patrick : Aurais-tu un exemple de cible que tu cherches , les samples associés, et ce que tu as (ou t'attends) a retrouver stp ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3181Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline2019-02-14T18:19:54+01:00Mathieu GiraudLancer CloneDB depuis fuse.py ou en offlineExtrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #...Extrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #1744 (qui pourrait être fait séparément).
À voir aussi comment on indique que cela a été fait "à une certain moment" (et donc, si on revient plus tard, pas forcément à jour). Et/ou relancer périodiquement CloneDB sur le serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3135Faire utiliser à Clonedb les warnings2019-12-03T17:46:53+01:00Mathieu GiraudFaire utiliser à Clonedb les warningsFaire que clonedb génère un warning (éventuellement avec un nouveau level INFO_CLONEDB à 25) et enlever `if (this.hasSeg('clonedb'))` dans `clone.isWarned()`.
Je peux le faire, mais n'y a-t-il pas de conflit avec ce que fait Alexia ?Faire que clonedb génère un warning (éventuellement avec un nouveau level INFO_CLONEDB à 25) et enlever `if (this.hasSeg('clonedb'))` dans `clone.isWarned()`.
Je peux le faire, mais n'y a-t-il pas de conflit avec ce que fait Alexia ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2334cloneDB : ontologie des maladies2017-12-04T11:46:13+01:00Thonier FloriancloneDB : ontologie des maladiesDiscussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/ch...Discussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/chercheurs et ne pas flooder la DB en meta-data.
Exemple : World Health Organization et NCBO en fournissent au niveau international.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2332clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences2017-12-04T11:47:21+01:00Mathieu Giraudclonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquencesÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothoniÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2316Être plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDB2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudÊtre plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDBMettre "no occurrence of sequence ACACCATAC... in cloneDB" quand il n'y a pas d'occurrences
cc @mikael-sMettre "no occurrence of sequence ACACCATAC... in cloneDB" quand il n'y a pas d'occurrences
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2315Le lien "Results of CloneDB" dans l'info devrait contenir la requête2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudLe lien "Results of CloneDB" dans l'info devrait contenir la requêtecc @mikael-scc @mikael-s