vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-15T11:16:31+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1547Mettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)2022-06-15T11:16:31+02:00Vidjil TeamMettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
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Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouv...Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
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Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouver dans tous ses clones
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En mono-système, le système actuel est le bon.
En multi...
Une solution pourrait être d'avoir toujours des labels "sémantiques" (clone 1 / clone 2 / clone 3 / standard ....) mais de multiplier cela par les couleurs de système.
Quelques part ce serait même plus logique, cela ferait un seul système de couleur pour tout, au lieu de deux (icônes locus + tags.)
On pourrait d'ailleurs ne multiplier que par 3-4 labels, et avoir des gris/noir pour les trucs autres.
Mais faire tout cela serait peut-être dommage pour le cas mono-système.
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@nobodyWeb 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3868Avoir les noms des patients dans la timeline lorsque l'on ouvre un run2022-05-12T11:06:36+02:00Thonier FlorianAvoir les noms des patients dans la timeline lorsque l'on ouvre un runPar défaut, on affiche le nombre de jours ou le nom du fichier. Or, lorsque l'on ouvre un run, on serait plus intéressé par avoir les liens patients si ceux-ci sont disponibles.
Rajouter une entrée dans le setting ? Ramener l'informatio...Par défaut, on affiche le nombre de jours ou le nom du fichier. Or, lorsque l'on ouvre un run, on serait plus intéressé par avoir les liens patients si ceux-ci sont disponibles.
Rajouter une entrée dans le setting ? Ramener l'information de quel endroit dans ce cas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2433algo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courte2021-11-23T16:33:29+01:00Thonier Florianalgo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courteLors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...).
Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, ...Lors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...).
Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, on a une identité de 100% sur plusieurs segments, et nous pourrions faire la distinction uniquement sur des données plus longues.
Cependant, nous n'avons aucun retour à l'écran sur la compatibilité de la séquence avec de nombreux sous-segments. Il faudrait donc intégrer un tel retour. C'est d'ailleurs ce que semble faire immonuSeq lorsqu'il y a des incertitudes. Il donne le segment V inconnu, et il a un champs étiquette du segmentV (segmentV-tiles) avec une liste de segments compatibles.
Concrètement, pour de la clinique, on sais que le CDR3 que l'on trouve est bon, mais le design de l'AJO peut être biaisé par cette erreur. Pour la recherche, l’interprétation aussi, puisque nombre de séquences se retrouvent finalement regroupées sous les même segments alors qu'ils s sont peut-être différents dnas la séquence manquante (et n'ont donc pas la même signification biologique).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3714Pouvoir supprimer les primers des séquences2021-11-22T13:49:42+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les primers des séquencesEn lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour...En lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour ce faire , il faudrait déjà avoir accès aux primers. Pour le moment, les nouveaux primers ne sont pas publiques. On ne peux en théorie pas les inclure en dur dnas le code.
il faut donc imaginer un moyen de charger un fichier de primer non ?
Cela doit-il passer par le cpp ou bien uniquement par le serveur, en live sur les données ?
@magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3972Supprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur2020-06-25T16:35:23+02:00Thonier FlorianSupprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me s...~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me suis aperçu que l'on passait de la ligne 11 à 13.
J'ai réessayé de provoquer l'erreur sur dev et il l'erreur est parfaitement reproductible.
J'ai localisé une ligne dans un fichier du serveur qui iter sur le nombre d’élément passé en POST je crois, et en déduisait des noms de lignes/div (ou une approche similaire). Comme elle était incapable de trouver la 12, il y avait une erreur.
Je recherche la ligne incriminée.
Ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3870Trier automatiquement les clones de la liste2020-03-18T08:40:50+01:00Thonier FlorianTrier automatiquement les clones de la listeRennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)Rennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1549Utiliser pour de vrai les séquences upstream/downstream2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamUtiliser pour de vrai les séquences upstream/downstreamIl y a des données d'Alice avec un D5-J5 qui a 12 délétions → il en reste 8.
Il faut mettre à jour les germlines (sur Vidjil-data), et mettre à jour les tests et le germline.cpp qui utilise certaines séquences.
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Fait pour DH-JH (9e16...Il y a des données d'Alice avec un D5-J5 qui a 12 délétions → il en reste 8.
Il faut mettre à jour les germlines (sur Vidjil-data), et mettre à jour les tests et le germline.cpp qui utilise certaines séquences.
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Fait pour DH-JH (9e16fee5). Met-on les J downstream pour tout le monde ?
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fait pour plusieurs germlines...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1546Rechercher sur le brin complémentaire aussi / revcomp2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamRechercher sur le brin complémentaire aussi / revcompDans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
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Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
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ok... mais pourquoi une accolade a sauté dan...Dans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dans list.js ? J'ai l'impression que cela ne passe plus tout à fait :)
Au fait, tu peux faire, pour revoir ton commit : git show 5c43ecaf
(Et c'est conseillé d'installer / utiliser gitk pour voir les commits)
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un fausse manip sur un copié-collé.
Corrigé.
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Super ! Idéalement, il faudrait faire un test.
Voir browser/test/QUnit/testFiles.list_test.js, ligne 85
list.filter("test2")
Le test est pour l'instant uniquement sur le nom du clone, il faudrait qu'il y en ait un sur la séquence, et un autre sur la séquence en revcomp (Les clones de test sont définis dans data_test.js).
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2176Sauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysis2017-05-18T10:06:17+02:00Thonier FlorianSauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysisBug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'a...Bug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'analysis est chargé, il y a une inversion du nom entre plusieurs samples.
![bug_ordre_liste](/uploads/2e7bbe44e1babc09f9e5eacca48df698/bug_ordre_liste.png)
![bug_ordre_liste2](/uploads/a0aace27f9957e28bb589afe01f04d3c/bug_ordre_liste2.png)
L'origine du bug est reproductible, d'ailleurs observable sur un second patient.
Lors de la création du patient, 5 samples ont été chargés, 3 ech réels, et deux "témoins", avec les bonnes date d'analyses renseignées.
Suite a une inversion entre deux patients, le point sample 3 de ces deux patients a été retiré et remplacé par le nouveau fichier.
Maintenant, lorsque l'on recharge l'analyse, on a dans un premier temps le bon affichage.
Je n'ai pas encore eu le temps de localiser l'origine de l'erreur, ni de la reproduire moi-même. Je présume cela dit qu'il y a une réassignation du titre dasn l'axe sur une liste non sorted par la date d'analyse (supposition)
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
PS : le bug est assez grave car on peux ainsi intervertir les observations entre deux dates, et n'est pas forcement facilement visualisable et a déjà pu passer inaperçu.Web 2017.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1548Problème de D7-J1 en complémentaire2017-03-09T10:21:19+01:00Vidjil TeamProblème de D7-J1 en complémentaireSéquence D7-J1 trouvée en IGH (et pas IGH+) quand elle est en complémentaire ?
Le problème vient peut-être de leur protocole de séquençage qui n'est pas équivalent dans les deux sens (du coup on ne se retrouve pas avec les mêmes séquen...Séquence D7-J1 trouvée en IGH (et pas IGH+) quand elle est en complémentaire ?
Le problème vient peut-être de leur protocole de séquençage qui n'est pas équivalent dans les deux sens (du coup on ne se retrouve pas avec les mêmes séquences en aval et en amont et on pourrait détecter des trucs qui ressemblent à du V). Avec la e-valeur, je ne pense pas que ça passe.
À tester…
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Probablement un problème similaire à 1 clone, 2 représentatives. Test ajouté, passe.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1545Résultat bizarre sur R1/R22016-12-08T11:36:57+01:00Vidjil TeamRésultat bizarre sur R1/R2Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
***
Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) :
I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequen...Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
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Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) :
I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequencing is quite accurate and PEAR (the program I used: http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html) is conservative and should even correct for decreasing base quality reads in Illumina seq.
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1) on pourrait avoir cette compétence, par exemple comprendre PEAR et voir s'il a des options potables, pour pouvoir nous-même nous en servir si besoin et/ou conseiller nos utilisateurs
2) par contre, savoir si on met cela dans Vidjil... cela risque de ne pas être facile, intégration à trouver avec le serveur bof bof.
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PEAR: de toute manière on ne peut pas l'intégrer, licence restrictive
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On a donc eu des questions à ce sujet de Alice, Thomas, Florian, et Manuel.
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PEAR: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/5/614.long
http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/
Cela a l'air solide et efficace.
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pRESTO : http://clip.med.yale.edu/presto/
... que du pre-processing, dont un assemblage
La license est un chouia mieux que celle de PEAR (ici, c'est du CC Legal Code Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0), mais ce n'est pas l'idéal non plus (pas si libre...)
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Même question de Marie.
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C'est peut-être la question qui revient le plus souvent de nos utilisateurs... il faudra faire quelque chose, au moins conseiller des options.
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Filip nous a envoyé des trucs sur pRESTO, à regarder
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presto : licence CC NC-BY
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Re-évoqué ce soir (Frédéric). Il faudrait planifier cela dans les prochains mois.
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À discuter tranquillement après le workshop
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Marc: "vendredi soir, c'est fait" ;-)
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Simona (Monza) comme Myriam (Paris) veulent être mises au courant quand c'est bon.
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- prod-server + prod-browser mis sur dev
- runs et pre-process mis en beta-mode, visible sur http://app.vidjil.org/beta
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Envoyé à Bruxelles
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Envoyé aussi à Davi/Myriam et à Simona.
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La Pitié a essayé (patients 2262 à 2265 entre autres). On a des reads de plus de 350bp en IGH :)
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7639&config=26 et choisir « Clone average read length » pour x et mettre l'histogramme
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Nos utilisatrices sont formidables. Jona a uploadé R1 et R2 séparément et a également testé le merge de R1 et R2 (en conservant R2). Résultat ici en IGH : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2339&config=2 ou ici en IGH + TRG : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2339&config=32
Petit hic : en IGH il y a moins de reads analysés pour les reads mergés que sur les reads R2. Je ne comprends pas comment cela est possible. Une idée ?
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Jona a remis des fichiers de ce genre, en testant toutes les combinaisons possibles. Pas de différence en nombre de reads (en prenant en compte les reads discardés par Pear) : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=16208&config=30
Les autres données ne sont plus accessibles. Considérons le problème résolu.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1601Changer les gènes V(D)J d'un clone2016-11-29T14:38:26+01:00Vidjil TeamChanger les gènes V(D)J d'un cloneImportant pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
***
Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroula...Important pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroulante pour choisir le bon V et le bon J)
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Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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Fait; Voir le changement de stats induit
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super !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1557V-D-D-J2016-11-29T14:37:53+01:00Vidjil TeamV-D-D-Jà traiter uniquement en FineSegmenter ?
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M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
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Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autr...à traiter uniquement en FineSegmenter ?
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M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
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Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autre tâche)
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Ça a aussi des conséquences sur nos options (delta_max) et… sur la taille de la fenêtre
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C'est quoi, au fait, l'exemple ?
VDDJ dans google donne quelques publis
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Yann nous a envoyé le 11 août des séquences VDDJ et DDJ.
À voir, pas si facile à traiter. On pourrait lancer une détection d'un deuxième D lorsqu'on a au moins 5-6 nucléotides en N1 ou N2. Mais cela implique de raffiner ensuite beaucoup de bornes.
***
Dans les Vd1 - Jd1 c'est assez fréquent d'après Patrick
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Mis en haut de la pile, 1/3 des données de Florian, à faire d'ici mi-février.
***
Quasi bon. En attente des commentaires de Florian.
Sur le reste des tests, uniquement deux petits trucs à vérifier :
should-vdj-tests/0118-lil-IGH-TRG.should-vdj.fa
IGHV3-9*01 11/A/5 IGHD2-2*02 1/GGAA/4 IGHD3-9*01 7//10 IGHJ6*03
--> yeah, un deuxième D trouvé, bonne solution, à vérifier
segment_simul.should_get *et* should-vdj-tests/segment_simul.should-vdj.fa
IGHV5-10-1*01 2/CTTC/3 IGHD1-14*01 1//23 IGHD3-16*01 8//7 IGHJ5*01
--> à vérifier, 6nt, limite
***
Les deux petits trucs ont été vérifiés et mis à jour.
***
Cela sort donc dans 2016.02. Il y aura des choses à régler par la suite, mis dans d'autres tâches.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1550selected locus est initialisé avec le nombre de segmented reads2016-11-29T14:37:48+01:00Vidjil Teamselected locus est initialisé avec le nombre de segmented readsAlors qu'en fait la somme des reads segmentés sur les locus montrés ne fait pas forcément le nombre total de reads segmentés (il peut y avoir des systèmes non montrés avec des clones n'apparaissant pas dans le top 100).
Pour voir le bu...Alors qu'en fait la somme des reads segmentés sur les locus montrés ne fait pas forcément le nombre total de reads segmentés (il peut y avoir des systèmes non montrés avec des clones n'apparaissant pas dans le top 100).
Pour voir le bug : désélectionner des locus et en ré-sélectionner.
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et de plus, si on déselectionne tout et resélectionne tout, le selected est... supérieur au nombre de segmented reads
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=11
***
Apparemment ce n'est plus reproductible.
L'exemple précédent était très vieux.
Plus de soucis : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=25
J'ai bien l'impression que, maintenant, à l'init, la somme est directement le segmented reads. Mikaël, tu confirmes ?
***
Oui ça semble bon. Marqué terminé.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1388Compare patients : debug2016-11-29T14:35:39+01:00Vidjil TeamCompare patients : debugmettre un log.debug() / log.error() dans controllers/patient.py.custom() pour pouvoir débugguer
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71a2e88
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@Duezmettre un log.debug() / log.error() dans controllers/patient.py.custom() pour pouvoir débugguer
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71a2e88
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/970Export pdf avec scientifique au lieu de %2016-11-29T14:30:00+01:00Vidjil TeamExport pdf avec scientifique au lieu de %
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@magiraud @nobody
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@magiraud @nobody