vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-19T11:06:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1801CD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq2021-11-19T11:06:55+01:00Vidjil TeamCD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 ?)
On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dé...(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 ?)
On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)
Par exemple au moins les CD3, CD4, CD8, CD19, CD45RA/CD45RO... ou d'autres...
***
Cela est fortement tentant d'avoir une méthode de segmentation qui fait... uniquement du mapping sur des gènes connus #1724. Hum, c'est interdit par la doxa de Vidjil (recombinaisons)... mais l'intérêt serait toujours de suivre des populations et des ratios (par exemple, un pseudo-germline avec tous les CDx, et les ratios seraient intéressants).
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1485BCL2 / JH2019-04-03T15:41:17+02:00Vidjil TeamBCL2 / JHmerci Nathalie !
Elle doit nous envoyer une ref, on peut parier que c'est http://www.nature.com/leu/journal/v14/n9/full/2401889a.html
Lymphomes
***
BCL2.fa
MBR 1,2
MCR 1,2,3
5'MCR
***
- germlines mises sur rbx
- test de BCL2.fa ...merci Nathalie !
Elle doit nous envoyer une ref, on peut parier que c'est http://www.nature.com/leu/journal/v14/n9/full/2401889a.html
Lymphomes
***
BCL2.fa
MBR 1,2
MCR 1,2,3
5'MCR
***
- germlines mises sur rbx
- test de BCL2.fa (en gros les primers) négatif : après avoir tout relancé sur toutes les séquences du serveur, seulement 3 patients avec > 1% segmenté (BCL2/bcl2-more-than-1-percent.log), vérification manuelle, non, faux positifs, on reste sur Chr14 (mais recombinaisons bizarres dans locus IGH)
- mais... est-ce que BCL2.fa était la bonne germline ? prendre plutôt en amont/aval ? (essayé aussi avec BCL2-complete.fa, mais là trop gros, 200kb)
***
- et est-ce qu'on est censé trouver du BCL2 sur les séquences du serveur ? J'imagine oui, au moins en capture
***
Primers Biomed-2 : il y a plusieurs jeux de primers (dans l'exon 3 et en aval de celui-ci)
***
On peut avoir BCL2/JH ou IGH/BCL2. Le point de cassure n'est pas à position fixe.
***
Prendre les 6 séquences de Sarah et essayer de faire un .should-vdj avec...
Mais bon, pas si important que cela si on n'y arrive pas.
***
Rando 2016: Florian s'y met (ou s'y mettra à Rennes). merci !
***
@flothoni