vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-29T14:57:42+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5140Show percentage by locus in addition that by sample2023-06-29T14:57:42+02:00THONIER FlorianShow percentage by locus in addition that by sampleA feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only ...A feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only few reads (wet lab/sequencing failure) can easily have a clonotype at a high level.Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4137Avoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?~"CRE-Créteil" aimerait savoir quels sont les V dans les `UNSEG V` (en particulier, compter les TRBV23 (?) pour normalisation ~"bio-capture" ?). Cela va dépendre des longueurs des séquences, sur certaines probablement c'est ambigu...
Av...~"CRE-Créteil" aimerait savoir quels sont les V dans les `UNSEG V` (en particulier, compter les TRBV23 (?) pour normalisation ~"bio-capture" ?). Cela va dépendre des longueurs des séquences, sur certaines probablement c'est ambigu...
Avant de réfléchir à un éventuel truc en ~cpp, on a évoqué avec Guillaume qu'il faudrait déjà étudier cela avec post-process en utilisant le `UNSEG_V.fa`. Guillaume pourrait peut-être regarder cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3848Index pour montrer la proportion d'un répertoire à se reconstruire2021-01-27T10:44:51+01:00Thonier FlorianIndex pour montrer la proportion d'un répertoire à se reconstruireCAR-T; analyse de la diversité, et de la propension à se reconstruire (Delfau-Larue)
A part des indexes classiques, je n'ai pas d'idées révolutionnaire en tête. Lire des publications pour voir si quelques choses de particulier émerge.
...CAR-T; analyse de la diversité, et de la propension à se reconstruire (Delfau-Larue)
A part des indexes classiques, je n'ai pas d'idées révolutionnaire en tête. Lire des publications pour voir si quelques choses de particulier émerge.
Voir #3851 pour l'aspect interaction/intégration dans l'interface de ces indices.