vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-02-18T17:57:06+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4949Nommer correctement le Pielou's evenness index2022-02-18T17:57:06+01:00Mathieu GiraudNommer correctement le Pielou's evenness indexVu à l'occasion de !1120.
Je pense que nous ne nommons pas correctement notre indice d'équitabilité, et que ce n'est pas que du ~bikeshedding,
mais peut-être un [effet Matilda](https://en.wikipedia.org/wiki/Matilda_effect).
[Evelyn Chr...Vu à l'occasion de !1120.
Je pense que nous ne nommons pas correctement notre indice d'équitabilité, et que ce n'est pas que du ~bikeshedding,
mais peut-être un [effet Matilda](https://en.wikipedia.org/wiki/Matilda_effect).
[Evelyn Chrystalla Pielou](https://en.wikipedia.org/wiki/E._C._Pielou) a publié en 1966:
- Pielou, E. The measurement of diversity in different types of biological collections, https://doi.org/10.1016/0022-5193(66)90013-0
Le calcul que nous utilisons est le $`J'`$.
La dénomination "Pielou's evenness" est attestée dans plusieurs papiers
- https://doi.org/10.2307/1934984 1975
- Jost, The Relation between Evenness and Diversity, https://doi.org/10.3390/d2020207
- https://doi.org/10.1016/S1470-160X(03)00005-0
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4439415/
- https://en.wikipedia.org/wiki/Species_evenness
- http://scikit-bio.org/docs/0.4.1/generated/generated/skbio.diversity.alpha.pielou_e.html
Mais on trouve aussi des formulations de type "Shannon's equitability/evenness, also known as Pielou's evenness" (ou parfois même pas de mentions de Pielou), en particulier dans des posts parfois plus faciles à trouver que des articles:
- https://www.nhm.uio.no/english/research/infrastructure/past/help/diversity.html
- https://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:div-ind
- https://ag.arizona.edu/classes/rnr555/lecnotes/23.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/tabula/vignettes/diversity.html
- https://www.biotecharticles.com/Biology-Article/Indices-of-Species-Diversity-Part-II-687.html (probablement deux paragraphes différents pour la même chose)
De notre côté, ces calculs ont été introduits il y a 6 ans par e93eac3f2e5,
avec `" E = " << index_E_equitability << endl // Shannon's equitability`, mais ce nom n'était pas justifié.
Une formule correcte m'a l'air d'être "Pielou's evenness (also known as Shannon's equitability)"Mathieu GiraudMathieu Giraud